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万見
- PDB-4nu8: Crystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nu8
タイトルCrystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high affinity inhibitory peptide from serine acetyl transferase of Salmonella typhimurium at 2.0 A
要素
  • Cysteine synthase
  • Peptide from Serine acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / alpha/beta fold / Rossmann fold CysK / catalytic activity cysteine synthase / transferase / serine acetyl transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine synthase / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine synthase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site ...Serine O-acetyltransferase / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / Serine acetyltransferase, N-terminal / : / Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / : / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Rossmann fold - #1100 / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Trimeric LpxA-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine acetyltransferase / Cysteine synthase / Serine acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
Salmonella enterica (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Ekka, M.K. / Kaushik, A. / Singh, A.K. / Kumaran, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of O-acetylserine sulfhydrylase from Haemophilus influenzae in complex with high affinity inhibitory peptide from serine acetyl transferase of Salmonella Typhimurium at 2.0 A
著者: Ekka, M.K. / Kaushik, A. / Singh, A.K. / Kumaran, S.
履歴
登録2013年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Cysteine synthase
A: Peptide from Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4733
ポリマ－35,3812
非ポリマー921
水1,45981
1
X: Cysteine synthase
A: Peptide from Serine acetyltransferase
ヘテロ分子

X: Cysteine synthase
A: Peptide from Serine acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,9476
ポリマ－70,7634
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area6730 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.322, 112.322, 45.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase / CSase / O-acetylserine (thiol)-lyase / OAS-TL / O-acetylserine sulfhydrylase


分子量: 34480.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG inducible
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
株: ATCC51907 / 遺伝子: cysK, HI_1103 / プラスミド: pET 28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P45040, cysteine synthase
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Serine acetyltransferase


分子量: 900.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Salmonella enterica (サルモネラ菌) / 参照: UniProt: Q8Z2E9, UniProt: P29847*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4M sodium Citrate, 0.1M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月12日
放射モノクロメーター: Graphite polar / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→35.618 Å / Num. all: 17594 / Num. obs: 17594 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 31.97 Å2 / Net I/σ(I): 54.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HO1

4ho1


解像度: 2.07→35.519 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8302 / SU ML: 0.27 / Isotropic thermal model: Isotropic Model / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2355 891 5.06 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
all0.189 17610 --
obs0.189 17594 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.38 Å / VDWプローブ半径: 0.7 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.275 Å2 / ksol: 0.412 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 87.63 Å2 / Biso mean: 31.7 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.1113 Å2-0 Å20 Å2
2---7.1113 Å2-0 Å2
3---14.2226 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→35.519 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2327 0 6 81 2414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0483242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.272859
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005419
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.0698-2.19950.24911530.17762745
2.1995-2.36920.2921380.20332771
2.3692-2.60760.2591420.1962777
2.6076-2.98480.25741530.18272777
2.9848-3.75980.21491680.17392772
3.7598-35.52450.22051370.19112861

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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