PDB-4nu2: Crystal structure of an ice-binding protein (FfIBP) from the Anta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nu2

タイトル

Crystal structure of an ice-binding protein (FfIBP) from the Antarctic bacterium, Flavobacterium frigoris PS1

要素

Antifreeze protein

キーワード

ANTIFREEZE PROTEIN / Beta-helical / antifreeze activity / ice crystal

機能・相同性

Ice-binding protein / Ice-binding-like / extracellular region / Ice-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Do, H. / Kim, S.J. / Lee, S.G. / Park, H. / Kim, H.J. / Lee, J.H.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure-based characterization and antifreeze properties of a hyperactive ice-binding protein from the Antarctic bacterium Flavobacterium frigoris PS1
著者: Do, H. / Kim, S.J. / Kim, H.J. / Lee, J.H.

履歴

登録	2013年12月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nu2.cif.gz	53.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nu2.ent.gz	37.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nu2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nu/4nu2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nu3C 4nuhC 3uyuS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4o6t-d 6jlg-2 4mcu-3 5e1l-d 4mcu-6 2zmw-1 5uwz-d 3lnz-1 2zti-d 4nuh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#120 - 2009年12月不凍タンパク質 (Antifreeze Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antifreeze protein

25.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.171, 69.171, 178.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	Antifreeze protein 分子量: 25461.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacterium frigoris PS1 (バクテリア) 遺伝子: HJ01_03463 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H7FWB6
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 0.1M sodium acetate, 3M sodium chloride, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月6日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→37.81 Å / Num. all: 25048 / Num. obs: 24497 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3UYU

3uyu

解像度: 2.1→37.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 3.741 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23901	1309	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20848	-	-	-
all	0.2193	25048	-	-
obs	0.21005	24497	97.83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.85 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1554	0	0	57	1611

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.02	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.047	1.948	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.97	3	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.582	5	217
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.293	25.962	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.079	15	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.66	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.129	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.151	3.984	868
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.127	3.979	867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.864	5.923	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.879	5.928	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.729	4.363	717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.726	4.367	718
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.805	6.375	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.438	32.067	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.414	32.062	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	80	-
R_work	0.281	1759	-
obs	-	-	96.89 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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