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- PDB-4nty: Cesium sites in the crystal structure of acid-sensing ion channel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nty
タイトルCesium sites in the crystal structure of acid-sensing ion channel in complex with snake toxin
要素
  • Acid-sensing ion channel 1
  • Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
  • Neurotoxin MitTx-alpha
キーワードTRANSPORT PROTEIN/TOXIN / Kunitz / phospholipase A2-like / ion channel / nociception / membrane / TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Stimuli-sensing channels / pH-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / ligand-gated sodium channel activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / sodium ion transmembrane transport ...Stimuli-sensing channels / pH-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to pH / ion channel regulator activity / calcium-dependent phospholipase A2 activity / ligand-gated sodium channel activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / sodium ion transmembrane transport / serine-type endopeptidase inhibitor activity / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel ...Acid-sensing ion channel domain / acid-sensing ion channel 1 fold / acid-sensing ion channel 1 domain / Acid-sensing ion channels like fold / Acid-sensing ion channels like domains / YojJ-like / Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Kunitz-type neurotoxin MitTx-alpha / Basic phospholipase A2 homolog MitTx-beta / Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
Micrurus tener tener (コブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Baconguis, I. / Bohlen, C.J. / Goehring, A. / Julius, D. / Gouaux, E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2014
タイトル: X-ray structure of Acid-sensing ion channel 1-snake toxin complex reveals open state of a na(+)-selective channel.
著者: Baconguis, I. / Bohlen, C.J. / Goehring, A. / Julius, D. / Gouaux, E.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22018年3月28日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,59620
ポリマ－72,2133
非ポリマー2,38317
水1,58588
1
A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子

A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子

A: Acid-sensing ion channel 1
B: Neurotoxin MitTx-alpha
C: Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,78960
ポリマ－216,6399
非ポリマー7,15051
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area33090 Å2
ΔGint-1032 kcal/mol
Surface area72920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.530, 151.530, 123.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

CS

21A-506-

CS

31A-507-

CS

41A-670-

HOH

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Acid-sensing ion channel 1 / ASIC1 / Amiloride-sensitive cation channel 2 / neuronal


分子量: 51327.352 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: ASIC1, ACCN2 / 細胞株 (発現宿主): human embryonic kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q1XA76
#2: タンパク質 Neurotoxin MitTx-alpha


分子量: 7117.976 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micrurus tener tener (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I929
#3: タンパク質 Basic phospholipase A2 homolog Tx-beta / svPLA2 homolog / MitTx-beta


分子量: 13767.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Micrurus tener tener (コブラ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G9I930

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非ポリマー , 4種, 105分子

#4: 化合物
ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン


分子量: 132.905 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細MODIFIED RESIDUE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM sodium acetate, 6-9% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.378 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月25日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) liquid N2 cooled
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.378 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 31004 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1402)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.65→46.044 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 1476 4.97 %Random
Rwork0.2164 ---
obs0.2184 31004 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4630 0 31 88 4749
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084772
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0926457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5971735
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004846
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.68310.30721400.28212551X-RAY DIFFRACTION95
2.6831-2.72710.36361400.28062638X-RAY DIFFRACTION100
2.7271-2.77410.29911400.27652657X-RAY DIFFRACTION100
2.7741-2.82460.32651380.26512716X-RAY DIFFRACTION100
2.8246-2.87890.32721420.24752676X-RAY DIFFRACTION100
2.8789-2.93760.34071380.24512736X-RAY DIFFRACTION100
2.9376-3.00150.26131320.24062672X-RAY DIFFRACTION100
3.0015-3.07130.32911440.24922656X-RAY DIFFRACTION100
3.0713-3.14810.28121440.2472724X-RAY DIFFRACTION100
3.1481-3.23320.31241440.24322678X-RAY DIFFRACTION100
3.2332-3.32830.32151400.24032688X-RAY DIFFRACTION100
3.3283-3.43570.22921480.22362678X-RAY DIFFRACTION100
3.4357-3.55850.29341380.22432697X-RAY DIFFRACTION100
3.5585-3.70090.2421300.20092660X-RAY DIFFRACTION100
3.7009-3.86920.21391460.19392731X-RAY DIFFRACTION100
3.8692-4.07310.20811360.18772645X-RAY DIFFRACTION100
4.0731-4.32810.24241440.18182670X-RAY DIFFRACTION100
4.3281-4.6620.21871380.17712694X-RAY DIFFRACTION100
4.662-5.13060.20061420.17732678X-RAY DIFFRACTION100
5.1306-5.87170.22651380.19482654X-RAY DIFFRACTION100
5.8717-7.39280.24621380.22392709X-RAY DIFFRACTION100
7.3928-46.0440.26091420.24332670X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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