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- PDB-4ntq: CdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Enterobacter cloacae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ntq
タイトルCdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Enterobacter cloacae
要素
  • Contact-dependent inhibitor A
  • ECL CdiI
キーワードTOXIN / RNase / immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA endonuclease activity / toxin activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Novel toxin 21 (CdiA), C-terminal domain / Secreted effector protein pipB2 fold - #20 / Novel toxin 21 / Novel toxin 21 superfamily / CdiI, C-terminal / : / Novel toxin 21 / CdiI N-terminal domain / Secreted effector protein pipB2 fold / Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551) ...Novel toxin 21 (CdiA), C-terminal domain / Secreted effector protein pipB2 fold - #20 / Novel toxin 21 / Novel toxin 21 superfamily / CdiI, C-terminal / : / Novel toxin 21 / CdiI N-terminal domain / Secreted effector protein pipB2 fold / Ribonuclease domain of colicin e3 (Residues 456-551) / Toxin CdiA-like, Filamentous hemagglutinin motif repeats / VENN motif-containing domain / Pre-toxin domain with VENN motif / Hemagglutinin repeat / Hemagglutinin repeat / Filamentous haemagglutinin FhaB/tRNA nuclease CdiA-like, TPS domain / TPS secretion domain / haemagglutination activity domain / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunity protein CdiI / 16S rRNA endonuclease CdiA
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Morse, R.P. / Goulding, C.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: CdiA from Enterobacter cloacae Delivers a Toxic Ribosomal RNase into Target Bacteria.
著者: Beck, C.M. / Morse, R.P. / Cunningham, D.A. / Iniguez, A. / Low, D.A. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Contact-dependent inhibitor A
B: ECL CdiI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3472
ポリマ－43,3472
非ポリマー00
水1,11762
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.250, 85.250, 74.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Contact-dependent inhibitor A


分子量: 25046.920 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3087-3321 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア)
株: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / 遺伝子: cdiA, ECL_04451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5CBA0
#2: タンパク質 ECL CdiI


分子量: 18299.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A023GPJ0*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN A RESIDUES 1-159 WERE PART OF THE PURIFIED PROTEIN SAMPLE, BUT THE PROTEIN UNDERWENT ...CHAIN A RESIDUES 1-159 WERE PART OF THE PURIFIED PROTEIN SAMPLE, BUT THE PROTEIN UNDERWENT DEGRADATION DURING THE LENGTHY CRYSTALLIZATION PROCESS AND THOSE RESIDUES ARE NOT IN THE FINAL STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis Tris pH 5.1, 1% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月3日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 11315 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 29.3 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHENIXAutoMRモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→38.125 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2373 538 4.76 %Random
Rwork0.1833 ---
obs0.1859 11291 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→38.125 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1750 0 0 62 1812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081807
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1532450
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.278647
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078255
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3996-2.64110.3161270.21062613X-RAY DIFFRACTION99
2.6411-3.02310.28791290.2242649X-RAY DIFFRACTION100
3.0231-3.80820.24621430.18542660X-RAY DIFFRACTION100
3.8082-38.12980.19591390.16272831X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4622-1.79072.43613.5681-1.76144.9110.38660.67182.19050.2545-0.35780.0403-0.91530.90330.10360.8489-0.2320.34170.0628-0.03381.0388-24.419328.729-6.8241
29.9843-7.67344.7617.9629-7.69571.9960.37431.8123-2.8695-2.4482-0.01491.66011.1936-0.8509-0.71160.9425-0.17170.11390.4981-0.09211.064-31.36818.8776-18.786
34.63340.2648-0.11063.55810.44762.19410.15620.06410.7580.48110.20730.5906-0.6308-0.3322-0.47310.46310.06180.22320.26410.06850.502-35.210619.1346-7.1378
47.26825.0836-3.01024.978-3.89083.45070.32750.17360.74260.3586-0.0620.475-0.45870.3367-0.17360.2916-0.01930.04270.3144-0.0480.2386-18.514811.497-17.4552
55.86631.6849-0.21712.9099-0.89255.3594-0.20650.7392-0.1848-0.20190.1978-0.0098-0.44160.36370.0410.2774-0.01840.03310.3018-0.03060.1698-19.718511.1651-13.1185
69.38936.114-5.89346.1072-6.10215.88220.2046-1.0125-0.62881.0666-0.7931-0.6985-1.08841.30880.51120.2983-0.0599-0.01380.3506-0.0170.2614-14.34442.11-4.4323
74.7211-1.2623-0.41190.65871.25254.18710.086-0.8919-0.06370.4495-0.01240.4489-0.16650.3029-0.01930.281-0.03280.03750.4058-0.03940.1528-22.56681.04560.9272
80.76260.60651.14692.43652.24222.68080.3676-0.65480.73570.57960.0278-0.3577-0.91591.3024-0.36060.5753-0.2580.07190.6477-0.13050.3992-12.903718.4618-3.0073
94.8883-2.5427-0.4411.31540.24014.24710.0711-0.2884-0.01580.73470.03220.564-0.02020.2423-0.06590.3685-0.07870.08440.2291-0.01960.2103-26.81636.6393-2.1162
100.43370.10860.1640.038-0.0440.79270.1292-1.08990.3620.87590.4514-0.33150.4896-0.4140.81810.7329-0.364-0.10161.5398-0.06760.4697-14.708818.99515.8882
116.1174.97590.59912.0033-3.74342.65341.5005-1.63160.76281.7075-0.47350.5541-1.13041.9803-0.26640.8996-0.3891-0.01680.8311-0.04440.3242-15.47898.63194.6342
124.6868-3.6624-1.07034.3070.20821.5812-0.0579-0.50260.30370.53320.18820.5295-0.3335-0.4736-0.17110.5793-0.03430.24180.3192-0.03470.4767-35.48811.11332.3465
136.364-3.4782-2.23946.9381-0.27493.4393-0.38560.193-0.65420.6011-0.17580.40720.5107-0.07170.52180.4461-0.05350.08420.2193-0.04890.2024-23.0514-4.0447-8.6144
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 162 through 203 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 204 through 213 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 214 through 235 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 25 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 26 through 40 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 41 through 58 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 59 through 65 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 66 through 75 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 76 through 97 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 98 through 105 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 106 through 112 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 113 through 128 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 129 through 144 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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