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Yorodumi- PDB-4ntq: CdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Enterobacter cloacae -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ntq | ||||||
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Title | CdiA-CT/CdiI toxin and immunity complex from Enterobacter cloacae | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / RNase / immunity | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / RNA endonuclease activity / toxin activity / host cell cytoplasm / Hydrolases; Acting on ester bonds Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Enterobacter cloacae subsp. cloacae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Morse, R.P. / Goulding, C.W. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2014 Title: CdiA from Enterobacter cloacae Delivers a Toxic Ribosomal RNase into Target Bacteria. Authors: Beck, C.M. / Morse, R.P. / Cunningham, D.A. / Iniguez, A. / Low, D.A. / Goulding, C.W. / Hayes, C.S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ntq.cif.gz | 104.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ntq.ent.gz | 84.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ntq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ntq_validation.pdf.gz | 433.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ntq_full_validation.pdf.gz | 435.2 KB | Display | |
Data in XML | 4ntq_validation.xml.gz | 10.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4ntq_validation.cif.gz | 13.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nt/4ntq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 25046.920 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 3087-3321 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (bacteria) Strain: ATCC 13047 / DSM 30054 / NBRC 13535 / NCDC 279-56 / Gene: cdiA, ECL_04451 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: D5CBA0 |
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#2: Protein | Mass: 18299.648 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Enterobacter cloacae subsp. cloacae (bacteria) Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A023GPJ0*PLUS |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | CHAIN A RESIDUES 1-159 WERE PART OF THE PURIFIED PROTEIN SAMPLE, BUT THE PROTEIN UNDERWENT ...CHAIN A RESIDUES 1-159 WERE PART OF THE PURIFIED PROTEIN SAMPLE, BUT THE PROTEIN UNDERWENT DEGRADATIO |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.57 Å3/Da / Density % sol: 21.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.1 Details: 1.5 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis Tris pH 5.1, 1% PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Aug 3, 2012 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. obs: 11315 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.49 Å / Redundancy: 29.3 % / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4→38.125 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.38 / Phase error: 23.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→38.125 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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