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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ntn | ||||||
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タイトル | E.coli QueD, SeMet protein, 2A resolution | ||||||
![]() | 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase | ||||||
![]() | LYASE / T-fold / 6-PTPS / queuosine biosynthesis enzyme / sepiapterin | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6-carboxytetrahydropterin synthase / 6-carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin synthase activity / queuosine biosynthetic process / zinc ion binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bandarian, V. / Roberts, S.A. / Miles, Z.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Biochemical and Structural Studies of 6-Carboxy-5,6,7,8-tetrahydropterin Synthase Reveal the Molecular Basis of Catalytic Promiscuity within the Tunnel-fold Superfamily. 著者: Miles, Z.D. / Roberts, S.A. / McCarty, R.M. / Bandarian, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 284.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 245.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13980.462 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-FMT / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 5% MPD, 50 mM sodium acetate, 40 mM CaCl2, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→55.8 Å / Num. all: 66155 / Num. obs: 66142 / % possible obs: 99.98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 10.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.553 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 9592 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.506 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→55.8 Å
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拘束条件 |
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