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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ntl
タイトルCrystal structure of a lipoprotein, YaeC family (EF3198) from Enterococcus faecalis V583 at 1.80 A resolution
要素Lipoprotein, YaeC family
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NLPA lipoprotein / PF03180 family / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Lipoprotein NlpA family / NlpA lipoprotein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Lipoprotein, YaeC family
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.799 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a lipoprotein, YaeC family (EF3198) from Enterococcus faecalis V583 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein, YaeC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,33112
ポリマ-27,6771
非ポリマー65411
5,044280
1
A: Lipoprotein, YaeC family
ヘテロ分子

A: Lipoprotein, YaeC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,66224
ポリマ-55,3532
非ポリマー1,30922
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area23480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.161, 97.161, 144.686
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

ZN

21A-571-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lipoprotein, YaeC family / YaeC family lipoprotein


分子量: 27676.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / : ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: EF_3198, I574_00285, NP_816800.1, OO5_00380 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q82Z74

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非ポリマー , 5種, 291分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT (RESIDUES 27-272) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THIS CONSTRUCT (RESIDUES 27-272) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.12 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6
詳細: 0.2000M zinc acetate, 10.0000% polyethylene glycol 8000, 0.1M MES pH 6.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.979347,0.918401,0.979261
検出器タイプ: ADSC Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9793471
20.9184011
30.9792611
反射解像度: 1.799→29.013 Å / Num. all: 32421 / Num. obs: 32421 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / Rsym value: 0.168 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.019 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.799-1.8513.60.33223723661.911100
1.85-1.914.10.33241923021.928100
1.9-1.9513.40.53008022431.232100
1.95-2.0114.313079421600.708100
2.01-2.0814.11.33010921310.543100
2.08-2.1514.21.82905020410.399100
2.15-2.23141.82784619830.393100
2.23-2.3213.41.82552119090.345100
2.32-2.4314.23.42590618280.211100
2.43-2.5514.13.92464917480.179100
2.55-2.6814.14.52351216710.157100
2.68-2.85145.32223615840.133100
2.85-3.0413.85.82074414980.117100
3.04-3.2913.861924713960.112100
3.29-3.613.36.11725912930.105100
3.6-4.0212.55.81480311840.109100
4.02-4.65137.11361810450.089100
4.65-5.6913.28.3118929000.075100
5.69-8.0513.58.997437200.069100
8.05-29.01312.31151604190.05497.9

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.799→29.013 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 4.326 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.106
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3.WATERS WERE EXCLUDED ...詳細: 1.HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2.ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3.WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT. 4.A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5. ZINC (ZN) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION HAS BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE. THE MODELING OF ZINC IS SUPPORTED BY ANOMALOUS DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAPS.6. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) USED AS A CRYOPROTECTANT WAS MODELED INTO THE STRUCTURE. 7.SODIUM (NA) FROM THE PURIFICATION BUFFER AND ACETATE (ACT) FROM THE CRYSTALLIZATION HAVE BEEN MODELED INTO THE STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2126 1640 5.1 %RANDOM
Rwork0.179 ---
obs0.1807 32352 99.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.29 Å2 / Biso mean: 29.1971 Å2 / Biso min: 11.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.15 Å20 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.799→29.013 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1886 0 26 280 2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021989
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5471.9942766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80734636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8595275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.45227.12894
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.30815367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg3.914152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2311
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02407
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2533.9571006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2043.9491003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1917.3661263
LS精密化 シェル解像度: 1.799→1.845 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 122 -
Rwork0.309 2161 -
all-2283 -
obs--96.98 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.2479 Å / Origin y: 34.2901 Å / Origin z: 19.3299 Å
111213212223313233
T0.0277 Å20.0152 Å20.0004 Å2-0.035 Å2-0.0005 Å2--0.0202 Å2
L0.652 °2-0.0582 °20.0908 °2-0.306 °20.0436 °2--0.2433 °2
S-0.0374 Å °0.0119 Å °-0.0088 Å °0.0554 Å °0.0883 Å °-0.0215 Å °0.0322 Å °-0.0117 Å °-0.0509 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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