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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nt9
タイトルCrystal structure of an L,D-carboxypeptidase DacB from Streptococcus pneumonia
要素Putative uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / zinc-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M15B / : / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Peptidase M15B domain-containing protein / VanY domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.705 Å
データ登録者Yang, Y.H. / Zhang, J. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an L,D-carboxypeptidase DacB from Streptococcus pneumonia
著者: Yang, Y.H. / Zhang, J. / Jiang, Y.L. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.
履歴
登録2013年12月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Putative uncharacterized protein
A: Putative uncharacterized protein
C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,12713
ポリマ－73,3853
非ポリマー74210
水7,080393
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6784
ポリマ－24,4621
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7705
ポリマ－24,4621
非ポリマー3094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6784
ポリマ－24,4621
非ポリマー2173
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.110, 68.080, 80.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.41, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / L / D-carboxypeptidase DacB


分子量: 24461.742 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 27-238 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP_0629 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q97RZ7, UniProt: A0A0H2UP74*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.68 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-Cl, pH 8.5, 30% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月26日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.705→50 Å / Num. obs: 58226 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.71→1.8 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.705→41.469 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.2 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2119 2949 5.07 %
Rwork0.1773 --
obs0.179 58192 94.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.528 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å2-0 Å20.75 Å2
2--1.53 Å2-0 Å2
3----0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.705→41.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4401 0 39 393 4833
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0134538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3756119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4981649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091609
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007801
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.705-1.7330.3097960.24481915X-RAY DIFFRACTION69
1.733-1.76280.32211230.25872177X-RAY DIFFRACTION80
1.7628-1.79490.24921360.24862657X-RAY DIFFRACTION95
1.7949-1.82940.26991450.23842650X-RAY DIFFRACTION96
1.8294-1.86680.28071430.23282652X-RAY DIFFRACTION96
1.8668-1.90740.23391290.22172694X-RAY DIFFRACTION96
1.9074-1.95170.23821390.20342665X-RAY DIFFRACTION96
1.9517-2.00050.24681410.19442660X-RAY DIFFRACTION96
2.0005-2.05460.23361480.18872670X-RAY DIFFRACTION96
2.0546-2.11510.2241500.1852674X-RAY DIFFRACTION97
2.1151-2.18330.22071280.1762690X-RAY DIFFRACTION97
2.1833-2.26140.26251360.1692682X-RAY DIFFRACTION97
2.2614-2.35190.19711560.16942706X-RAY DIFFRACTION97
2.3519-2.45890.2031270.17832709X-RAY DIFFRACTION97
2.4589-2.58860.21871550.17452717X-RAY DIFFRACTION97
2.5886-2.75070.21051370.17612728X-RAY DIFFRACTION98
2.7507-2.9630.21611760.17142682X-RAY DIFFRACTION98
2.963-3.26110.19481530.17022739X-RAY DIFFRACTION98
3.2611-3.73270.18061490.15272713X-RAY DIFFRACTION97
3.7327-4.70180.17391380.14762677X-RAY DIFFRACTION95
4.7018-41.48160.19771440.17862786X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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