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- PDB-4nt2: Crystal structure of Arabidopsis ACD11 (accelerated-cell-death 11... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nt2
タイトルCrystal structure of Arabidopsis ACD11 (accelerated-cell-death 11) complexed with lyso-sphingomyelin (d18:1) at 2.4 Angstrom resolution
要素accelerated-cell-death 11
キーワードTRANSPORT PROTEIN / protein-lipid complexes / GLTP-fold / lipid transfer protein / cell death / LysoSM / lysosphingomyelin / ceramide-1-phosphate / C1P
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingomyelin transfer activity / response to salicylic acid / cell death / defense response to bacterium / lipid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycolipid transfer protein domain / Glycolipid transfer protein superfamily / Glycolipid transfer protein (GLTP) / Glycolipid transfer protein, GLTP / Glycolipid transfer protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SPU / Accelerated cell death 11
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.403 Å
データ登録者Simanshu, D.K. / Brown, R.E. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2014
タイトル: Arabidopsis Accelerated Cell Death 11, ACD11, Is a Ceramide-1-Phosphate Transfer Protein and Intermediary Regulator of Phytoceramide Levels.
著者: Simanshu, D.K. / Zhai, X. / Munch, D. / Hofius, D. / Markham, J.E. / Bielawski, J. / Bielawska, A. / Malinina, L. / Molotkovsky, J.G. / Mundy, J.W. / Patel, D.J. / Brown, R.E.
履歴
登録2013年11月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: accelerated-cell-death 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,33310
ポリマ－22,7971
非ポリマー1,5369
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.827, 108.827, 105.007
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-451-

HOH

21A-466-

HOH

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要素

#1: タンパク質 accelerated-cell-death 11 / Glycolipid transfer protein / At2g34690


分子量: 22797.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ACD11, AT2G34690 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O64587
#2: 化合物 ChemComp-SPU / 2-{[(R)-{[(2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-N,N,N-trimethylethanaminium / sphingosylphosphorylcholine, sphingosine phosphorylcholine / スフィンゴシルホスホリルコリン


分子量: 465.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H50N2O5P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月22日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(220) side bounce
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 14869 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 41.62 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.451 / Mean I/σ(I) obs: 1.96

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NT1

4nt1


解像度: 2.403→35.622 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.44 / FOM work R set: 0.8254 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2233 738 5.08 %RANDOM
Rwork0.1908 ---
obs0.1924 14519 97.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 139.22 Å2 / Biso mean: 42.2653 Å2 / Biso min: 16.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.403→35.622 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1542 0 88 77 1707
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7862241
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053253
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004271
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.89628
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.403-2.58850.25331500.23432433258389
2.5885-2.84890.27811490.209827492898100
2.8489-3.26090.27771550.217827672922100
3.2609-4.10740.21111530.181428142967100
4.1074-35.62590.18441310.17430183149100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -33.6985 Å / Origin y: -27.2843 Å / Origin z: 5.0594 Å
111213212223313233
T0.1011 Å20.0037 Å20.0505 Å2-0.1334 Å2-0.0549 Å2--0.0956 Å2
L2.3566 °20.2776 °2-0.3273 °2-1.6846 °2-0.5959 °2--0.9197 °2
S0.0351 Å °0.0873 Å °0.1663 Å °0.0709 Å °0.1092 Å °-0.1315 Å °-0.0588 Å °-0.0566 Å °0.0372 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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