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万見
- PDB-4nss: A structural and functional investigation of a novel protein from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nss
タイトルA structural and functional investigation of a novel protein from Mycobacterium smegmatis implicated in mycobacterial macrophage survivability
要素Mycobacterial protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Mycobacterial survival
機能・相同性Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A - #40 / Bacterial SCP orthologue / Bacterial SCP ortholog / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Bacterial SCP orthologue domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Shahine, A.E. / Littler, D. / Brammananath, R. / Chan, P.Y. / Crellin, P.K. / Coppel, R.L. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: A structural and functional investigation of a novel protein from Mycobacterium smegmatis implicated in mycobacterial macrophage survivability.
著者: Shahine, A. / Littler, D. / Brammananath, R. / Chan, P.Y. / Crellin, P.K. / Coppel, R.L. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
履歴
登録2013年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mycobacterial protein
B: Mycobacterial protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5224
ポリマ－31,3382
非ポリマー1842
水1,15364
1
A: Mycobacterial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6691
ポリマ－15,6691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mycobacterial protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8533
ポリマ－15,6691
非ポリマー1842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.050, 50.050, 205.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Mycobacterial protein


分子量: 15668.760 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_5817, MSMEI_5660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R4F7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7
詳細: 1.42M Lithium Sulfate, 0.1M Tris HCl pH 7.7, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月26日
放射モノクロメーター: SYNCHROTRON / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50.05 Å / Num. obs: 10787 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1.65 / Biso Wilson estimate: 53.67 Å2
反射 シェル解像度: 2.4→2.67 Å / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→40.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9449 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9156 / SU R Cruickshank DPI: 0.309 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2287 519 4.82 %RANDOM
Rwork0.1885 ---
obs0.1904 10787 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 61.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.9486 Å20 Å20 Å2
2---3.9486 Å20 Å2
3---7.8972 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1672 0 12 64 1748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011714HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.042355HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.57
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.52
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.68 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 142 4.81 %
Rwork0.1967 2810 -
all0.1982 2952 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.62021.0879-0.87424.5911-1.48094.3769-0.0060.03960.0913-0.25530.16220.52290.197-0.5486-0.15620.1519-0.0605-0.0404-0.14550.0563-0.247124.099651.317690.7406
22.39131.47680.56126.3398-1.7725.42490.0012-0.07450.016-0.32390.0713-0.3221-0.1630.4019-0.07240.0743-0.05930.073-0.1054-0.0606-0.269245.673426.887489.337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|9 - A|128 }A9 - 128
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|8 - B|128 }B8 - 128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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