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- PDB-4ns5: Crystal structure of human BS69 Bromo-Zinc finger-PWWP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ns5
タイトルCrystal structure of human BS69 Bromo-Zinc finger-PWWP
要素Zinc finger MYND domain-containing protein 11
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / Zinc Finger / chromatin binding / histone / nucleus
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3K36me3 reader activity / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of JNK cascade / : / regulation of signal transduction / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor activity / chromosome / double-stranded DNA binding ...histone H3K36me3 reader activity / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / negative regulation of JNK cascade / : / regulation of signal transduction / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription corepressor activity / chromosome / double-stranded DNA binding / defense response to virus / negative regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / : / ZMYND11 protein coiled-coil / : / ZMYND11/ZMYD8, MYND zinc finger / : / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / Zinc finger MYND-type signature. ...: / : / : / ZMYND11 protein coiled-coil / : / ZMYND11/ZMYD8, MYND zinc finger / : / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type profile. / SH3 type barrels. - #140 / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Zinc finger, PHD-type, conserved site / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / SH3 type barrels. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc finger MYND domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, J.C. / Qin, S. / Li, F.D. / Li, S. / Zhang, W. / Wu, J.H. / Shi, Y.Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of human BS69 Bromo-ZnF-PWWP reveals its role in H3K36me3 nucleosome binding.
著者: Wang, J. / Qin, S. / Li, F. / Li, S. / Zhang, W. / Peng, J. / Zhang, Z. / Gong, Q. / Wu, J. / Shi, Y.
履歴
登録2013年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger MYND domain-containing protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3622
ポリマ－27,2961
非ポリマー651
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.760, 64.380, 73.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger MYND domain-containing protein 11 / Adenovirus 5 E1A-binding protein / Protein BS69


分子量: 27296.227 Da / 分子数: 1
断片: Bromo-Zinc finger-PWWP domains (UNP residues 154-371)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ZMYND11, BS69 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15326
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.3748.1
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2851蒸気拡散法, シッティングドロップ法90.1M Tris-HCl pH 9.0, 4% w/v Polyethylene glycol (PEG) 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K
2852蒸気拡散法, シッティングドロップ法8.40.1 M Bicine, pH8.4, 2% v/v 1, 4-Dioxane, 2% w/v PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9793
シンクロトロンSSRF BL17U20.9793
検出器
タイプID検出器日付
RAYONIX MX-2251CCD2010年9月22日
RAYONIX MX-2252CCD2010年11月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.4 Å / Num. all: 20832 / Num. obs: 20832 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.9-27.40.5481.32196729520.54898.4
2-2.127.40.332.22095628240.3398.7
2.12-2.277.40.2163.31973326590.21698.8
2.27-2.457.40.1664.11840024880.16699
2.45-2.697.40.1284.91700823020.12899
2.69-37.40.1015.91544321000.10199.5
3-3.477.30.0915.81369518790.09199.6
3.47-4.257.20.0856.31161016170.08599.8
4.25-6.017.10.0746.9892112630.07499.8
6.01-31.8836.50.0697.148347480.06998.9

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.24 / 反射: 17913
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se17.7470.9990.4640.261.655
2Se30.3330.6440.8110.1360.862
3Se59.8380.3830.4170.1911.386
4Se47.2770.1560.8690.1061.01
5Se39.5870.0550.5230.2370.919
6Se10.7160.3710.0490.208
7Se20.3030.9510.3780.2380.273
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
7.3-10000.34871
4.58-7.30.371495
3.57-4.580.331899
3.02-3.570.312230
2.66-3.020.272500
2.41-2.660.212740
2.22-2.410.162981
2.06-2.220.133197
Phasing dmFOM : 0.34 / FOM acentric: 0.36 / FOM centric: 0.28 / 反射: 9306 / Reflection acentric: 7831 / Reflection centric: 1475
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-31.8830.510.550.44446280166
4.5-7.10.480.520.361281993288
3.6-4.50.510.540.3315621298264
3.1-3.60.390.410.2715631339224
2.7-3.10.250.260.1827472403344
2.5-2.70.160.160.1317071518189

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
SOLVE2.13位相決定
RESOLVE2.15位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→31.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.22 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2506 1067 5.2 %RANDOM
Rwork0.2065 ---
obs0.2087 20667 98.17 %-
all-20832 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.58 Å2 / Biso mean: 37.0629 Å2 / Biso min: 19.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1558 0 1 94 1653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191601
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021492
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1281.9172157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70733421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5365183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.33823.59689
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.18315285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.9351512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2216
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02418
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9533.475738
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9543.473737
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1045.191919
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 65 -
Rwork0.277 1346 -
all-1411 -
obs--92.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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