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万見
- PDB-4nrw: MvNei1-G86D -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nrw
タイトルMvNei1-G86D
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
  • formamidopyrimidine-DNA glycosylase
キーワードHYDROLASE / LYASE/DNA / zinc-less finger domain / DNA glycosylase / helix two-turns helix motif / THF / DNA lyase / LYASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-formamidopyrimidine glycosylase / oxidized purine nucleobase lesion DNA N-glycosylase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / damaged DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase C-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. ...: / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase C-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / MutM-like, N-terminal / N-terminal domain of MutM-like DNA repair proteins / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase N-terminal domain / MutM-like, N-terminal / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase, catalytic domain / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase catalytic domain profile. / Formamidopyrimidine-DNA glycosylase H2TH domain / DNA glycosylase/AP lyase, H2TH DNA-binding / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #50 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Probable formamidopyrimidine-DNA glycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.845 Å
データ登録者Prakash, A. / Doublie, S.
引用ジャーナル: Dna Repair / 年: 2014
タイトル: Genome and cancer single nucleotide polymorphisms of the human NEIL1 DNA glycosylase: Activity, structure, and the effect of editing.
著者: Prakash, A. / Carroll, B.L. / Sweasy, J.B. / Wallace, S.S. / Doublie, S.
履歴
登録2013年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: formamidopyrimidine-DNA glycosylase
B: formamidopyrimidine-DNA glycosylase
C: 5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6096
ポリマ－84,6096
非ポリマー00
水1448
1
A: formamidopyrimidine-DNA glycosylase
C: 5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3043
ポリマ－42,3043
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
2
B: formamidopyrimidine-DNA glycosylase
E: 5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3043
ポリマ－42,3043
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.401, 121.682, 79.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain E
13chain D
23chain F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROGLNGLNchain AAA2 - 2861 - 285
21PROPROGLNGLNchain BBB2 - 2861 - 285
12DGDGDGDGchain CCC1 - 131 - 13
22DGDGDGDGchain EEE1 - 131 - 13
13DCDCDCDCchain DDD14 - 261 - 13
23DCDCDCDCchain FFF14 - 261 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 formamidopyrimidine-DNA glycosylase / Nei1 (MvNei1) DNA glycosylase / Fapy-DNA glycosylase / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / AP lyase


分子量: 34509.191 Da / 分子数: 2 / 変異: G86D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ウイルス)
遺伝子: Endonuclease VIII (nei) 1, MIMI_L315 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)PlysS
参照: UniProt: Q5UQ00, DNA-formamidopyrimidine glycosylase, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*AP*GP*AP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*CP*G)-3'


分子量: 4016.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: complementary DNA strand
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*AP*(3DR)P*GP*TP*CP*TP*AP*C)-3'


分子量: 3778.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: furan-containing DNA strand
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.46 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 4% w/v PEG8000, 0.125 M potassium chloride, 0.05 M magnesium sulfate, 100 mM MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 285K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月25日
放射モノクロメーター: MAR mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.845→15 Å / Num. obs: 17340 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 25.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Χ2: 1.064 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.845-2.953.10.52316960.813198.7
2.95-3.073.20.40217240.936198.2
3.07-3.213.40.30517251.053199.4
3.21-3.373.50.23217411.177199.1
3.37-3.583.60.20317531.196199.3
3.58-3.853.60.16417141.196199
3.85-4.233.60.16317341.196199.1
4.23-4.833.70.1317421.01199.1
4.83-6.023.70.14317340.99199.1
6.02-153.70.11417771.008199.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.85 Å14.97 Å
Translation2.85 Å14.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3A46

3a46


解像度: 2.845→14.966 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7381 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3145 1758 10.15 %
Rwork0.2599 --
obs0.2653 17318 98.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.52 Å2 / Biso mean: 29.6461 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.845→14.966 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4682 1032 0 8 5722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6148257
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041872
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003871
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5572293
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2596X-RAY DIFFRACTION7.536TORSIONAL
12B2596X-RAY DIFFRACTION7.536TORSIONAL
21C252X-RAY DIFFRACTION7.536TORSIONAL
22E252X-RAY DIFFRACTION7.536TORSIONAL
31D226X-RAY DIFFRACTION7.536TORSIONAL
32F226X-RAY DIFFRACTION7.536TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.845-2.92190.41251530.33351132128598
2.9219-3.00720.35911250.32611207133299
3.0072-3.10340.35811340.32731192132698
3.1034-3.21330.33251440.30481181132599
3.2133-3.34060.32611110.2761205131699
3.3406-3.49080.32071350.27081195133099
3.4908-3.67230.30631390.24811211135099
3.6723-3.89850.35641380.24681202134099
3.8985-4.19340.28561240.23991192131699
4.1934-4.60420.26991250.23081209133499
4.6042-5.24520.27991450.23271195134099
5.2452-6.51630.3051490.247212241373100
6.5163-14.96670.27321360.22221215135199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2139-0.01480.02831.08010.18430.4165-0.00470.0393-0.0143-0.13420.0411-0.033-0.0666-0.00820.00340.175-0.0017-0.00550.1345-0.0090.0799-8.74380.568115.2205
20.9328-0.33930.24571.9058-0.59670.52440.01390.10470.087-0.1217-0.06570.09170.1185-0.0217-0.00420.1753-0.02850.02450.1530.01120.1435-11.14818.854775.4367
30.17860.2090.15590.28590.18810.11670.0829-0.2157-0.20180.2983-0.1354-0.1521-0.21330.1263-0.01070.1977-0.02950.0560.5634-0.04110.3778-5.3344-8.5676137.4811
40.10260.04790.41470.04560.1831.99460.0051-0.3401-0.3921-0.07490.0049-0.10270.5314-0.5569-0.28090.1879-0.07590.04230.3787-0.1040.4067-25.6-7.0861130.4792
52.4777-0.13321.72912.17231.57612.5437-0.229-0.916-0.04040.1538-0.17380.67350.2054-0.3195-0.43140.2556-0.0324-0.05040.4740.14810.5694-23.5661-12.2666134.2221
60.189-0.25210.18610.5208-0.26770.2107-0.3112-0.07940.31530.19690.01340.1261-0.04980.198-0.02210.2744-0.0584-0.05040.7503-0.10690.7611-14.641528.717497.3204
70.445-0.334-0.50030.34450.1141.3735-0.0452-0.48610.4589-0.04420.0006-0.0521-0.60970.28720.15290.2904-0.0791-0.05260.3196-0.00180.42145.663427.043590.5099
80.28340.0943-0.34670.77490.13520.53570.0898-0.42390.00140.2712-0.1085-0.5814-0.1480.4706-0.3284-0.0532-0.1033-0.06580.6346-0.13080.95233.483332.413994.2263
91.0002-0.39450.72053.5977-0.73190.5789-0.2299-0.70860.29780.6056-0.06290.74710.0217-0.53190.06390.17-0.10550.11850.8646-0.22010.7005-17.360822.907993.4747
101.0438-0.03620.76520.85670.21830.9371-0.0803-0.10560.07620.9108-0.1541-0.6130.00450.2432-0.0394-0.0329-0.2004-0.40310.5290.18350.6786-2.5786-2.9646133.3387
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 286 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 2 through 286 )B0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 6 )C0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 7 through 13 )C0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 14 through 19 )D0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 1 through 6 )E0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'E' and (resid 7 through 13 )E0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'F' and (resid 14 through 19 )F0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'F' and (resid 21 through 26 )F0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 21 through 26 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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