PDB-4nrg: Crystal Structure of a human Mms2/Ubc13 D118G mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nrg

タイトル

Crystal Structure of a human Mms2/Ubc13 D118G mutant

要素

Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N
Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

キーワード

LIGASE / ubc13 / mms2 / E2 / ubiquitin conjugating enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

error-free postreplication DNA repair / : / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of intracellular signal transduction ...error-free postreplication DNA repair / : / UBC13-MMS2 complex / ubiquitin conjugating enzyme complex / ubiquitin-protein transferase activator activity / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / DNA double-strand break processing / postreplication repair / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of intracellular signal transduction / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / antiviral innate immune response / regulation of DNA repair / ubiquitin ligase complex / negative regulation of TORC1 signaling / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / positive regulation of DNA repair / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / ubiquitin binding / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / double-strand break repair via homologous recombination / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / NOD1/2 Signaling Pathway / G2/M DNA damage checkpoint / ISG15 antiviral mechanism / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Formation of Incision Complex in GG-NER / FCERI mediated NF-kB activation / Aggrephagy / Interleukin-1 signaling / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell receptor signaling pathway / Processing of DNA double-strand break ends / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / protein ubiquitination / ubiquitin protein ligase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein-containing complex / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Hodge, C.D. / Edwards, R.A. / Glover, J.N.M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Stochastic gate dynamics regulate the catalytic activity of ubiquitination enzymes.
著者: Rout, M.K. / Hodge, C.D. / Markin, C.J. / Xu, X. / Glover, J.N. / Xiao, W. / Spyracopoulos, L.

履歴

登録	2013年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年12月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nrg.cif.gz	135.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nrg.ent.gz	105.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nrg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4nrg_validation.pdf.gz	432.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nrg_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	4nrg_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	4nrg_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nrg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/4nrg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4nr3C 4nriC 1j7dS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4onl-d 3von-14 3von-17 3von-5 4onn-d 3von-18 3von-6 3von-11 3von-2 4nr3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (13) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (13) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (13)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (13)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2

B: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N

35.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.272, 73.616, 92.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 variant 2 / DDVit 1 / Enterocyte differentiation-associated factor 1 / EDAF-1 / Enterocyte differentiation- ...DDVit 1 / Enterocyte differentiation-associated factor 1 / EDAF-1 / Enterocyte differentiation-promoting factor 1 / EDPF-1 / MMS2 homolog / Vitamin D3-inducible protein 分子量: 17165.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMS2, UBE2V2, UEV2 / プラスミド: pHis-P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q15819
#2: タンパク質	Ubiquitin-conjugating enzyme E2 N / Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / Ubc13 / UbcH13 / Ubiquitin carrier protein N / ...Bendless-like ubiquitin-conjugating enzyme / Ubc13 / UbcH13 / Ubiquitin carrier protein N / Ubiquitin-protein ligase N 分子量: 17884.594 Da / 分子数: 1 / Mutation: D118G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BLU, UBE2N / プラスミド: pHis-P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: P61088, ubiquitin-protein ligase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 20% PEG 8000, 0.1 M sodium citrate, pH 6.8, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月4日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 21609 / Num. obs: 21609 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 26.98 Å² / R_merge(I) obs: 0.09 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 15.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.95-1.98	3.8	0.439	970	0.797	1	89.3
1.98-2.02	4	0.378	1050	0.919	1	92.8
2.02-2.06	4.1	0.342	1016	1.004	1	91.9
2.06-2.1	4.1	0.303	1056	1.083	1	93.5
2.1-2.15	4.2	0.263	1030	1.046	1	93.8
2.15-2.2	4.2	0.232	1056	1.024	1	94.4
2.2-2.25	4.2	0.22	1052	1.04	1	94.2
2.25-2.31	4.3	0.192	1056	1.027	1	94.4
2.31-2.38	4.3	0.167	1061	1.011	1	94.7
2.38-2.46	4.3	0.152	1079	1.014	1	95.6
2.46-2.54	4.3	0.137	1057	1.011	1	95.7
2.54-2.65	4.3	0.137	1069	0.984	1	96
2.65-2.77	4.3	0.128	1112	1.027	1	96.6
2.77-2.91	4.3	0.114	1085	0.985	1	96.4
2.91-3.1	4.3	0.101	1100	0.978	1	96.8
3.1-3.33	4.2	0.09	1106	0.989	1	97.5
3.33-3.67	4.2	0.081	1127	0.938	1	97.5
3.67-4.2	4.1	0.073	1139	1.041	1	98.5
4.2-5.29	4.1	0.062	1158	0.94	1	98.5
5.29-50	3.9	0.041	1230	1.022	1	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1J7D

1j7d

解像度: 1.95→22.136 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8427 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2108	1126	5.22 %	random
R_work	0.1782	-	-	-
obs	0.1799	21572	95.2 %	-
all	-	21572	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.81 Å² / B_iso mean: 36.1097 Å² / B_iso min: 9.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→22.136 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2278	0	0	165	2443

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2394
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	3256
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.801	936

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9485-2.0371	0.2905	128	0.2374	2357	2485	89
2.0371-2.1445	0.2747	118	0.2099	2479	2597	93
2.1445-2.2787	0.2311	165	0.19	2458	2623	94
2.2787-2.4544	0.2453	135	0.1858	2552	2687	95
2.4544-2.701	0.2267	153	0.1985	2517	2670	96
2.701-3.091	0.2395	149	0.1938	2600	2749	97
3.091-3.8908	0.1917	138	0.1694	2655	2793	98
3.8908-22.1374	0.1708	140	0.1542	2828	2968	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4792	-0.9644	0.4972	2.459	1.6907	7.7705	-0.0699	-0.037	-0.1723	0.3387	-0.1105	-0.1506	0.5303	0.0574	0.2149	0.13	-0.0136	-0.0243	0.1497	0.0024	0.1864	21.8344	13.9803	18.9881
2	3.0423	0.0554	1.8975	1.3719	0.139	5.0151	-0.2306	0.004	0.0802	0.1374	0.0087	-0.0339	-0.1811	0.1367	0.1677	0.1151	0.0172	0.0025	0.1194	-0.045	0.1848	15.765	19.9963	11.1504
3	3.6354	0.702	1.7854	2.6702	-1.2423	4.7275	-0.0706	-0.2848	0.0142	0.1339	0.1271	0.1395	0.0264	-0.3642	-0.0638	0.0966	0.0228	0.0208	0.1504	-0.0416	0.1354	6.9811	16.3273	10.3556
4	7.6025	0.2343	-1.0764	7.4418	-1.1938	8.2037	-0.3555	0.2842	0.3	-0.1745	0.2693	0.2644	-0.1486	0.2542	0.0843	0.1119	0.0237	-0.0497	0.1836	-0.0772	0.1555	5.8742	19.3085	-1.996
5	5.0616	2.1621	0.4389	8.3017	5.2709	9.6406	0.3577	-0.0871	0.5695	0.227	-0.3037	-0.3793	0.189	0.7698	-0.0193	0.5095	0.0821	0.0352	0.418	0.0878	0.4898	25.2218	12.0223	48.1338
6	4.3433	2.3263	4.355	5.1458	3.0163	4.8413	-0.8436	-1.0462	-0.1704	0.5191	0.5109	0.1445	0.0252	-1.4138	0.2165	0.6202	-0.1044	-0.029	0.5211	0.0918	0.2838	29.2361	25.0097	46.342
7	9.3955	7.125	-1.791	9.5831	-0.0586	2.4727	0.3728	0.0041	0.2798	0.8183	-0.0329	0.2267	0.1393	0.0119	-0.3052	0.3193	0.0571	-0.0548	0.1568	0.0157	0.118	28.8444	26.0011	37.6355
8	4.638	0.9208	0.2033	6.7551	-2.2469	2.8061	-0.1254	0.0841	-0.6279	-0.008	0.1907	0.2577	0.7155	0.2116	-0.0983	0.3566	0.0631	0.0067	0.1928	-0.0628	0.1915	29.3662	17.5121	32.5592
9	2.8011	0.0877	1.6268	5.1512	-2.7312	2.6077	-0.078	-0.0969	-0.8935	-0.372	0.0812	-0.1591	0.9834	0.4464	0.0667	0.4313	0.2185	0.044	0.3842	0.0171	0.3951	37.0987	16.6562	30.8206
10	4.7821	3.9543	-4.2239	3.5936	-3.5699	3.8454	0.0415	-1.5902	-1.0167	0.7972	-0.1694	-0.7342	-0.5454	0.1864	0.151	0.3816	0.085	-0.0956	0.4861	0.1181	0.3105	37.7531	21.4319	40.2244
11	7.7489	1.6871	3.72	1.9594	1.3606	5.4871	-0.1786	1.8645	-1.4361	-0.8339	1.1475	-0.6366	0.4346	-0.6829	-0.768	0.4816	-0.0913	0.1251	1.1196	-0.2541	0.6482	46.2575	27.4013	22.9479
12	4.9447	-3.5808	1.6936	6.7982	-0.6249	4.6541	-0.1157	0.5239	0.4887	0.1589	0.1767	-0.384	-0.6658	0.7433	-0.1292	0.17	-0.0542	0.0158	0.3262	-0.0085	0.1721	38.2733	38.5369	28.3558

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 35 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 78 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 79 through 127 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 128 through 145 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 2 through 17 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 18 through 27 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 28 through 57 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 58 through 76 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 77 through 100 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 101 through 113 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 114 through 132 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 133 through 150 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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