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- PDB-4nqd: Crystal structure of TCR-MR1 ternary complex and non-covalently b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nqd
タイトルCrystal structure of TCR-MR1 ternary complex and non-covalently bound 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Major histocompatibility complex class I-related gene protein
  • TCR alpha chain
  • TCR beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / immune complex / MR1 / T-Cell receptor / Ig-domain / protein binding / Schiff base / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / complement activation, classical pathway / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen binding / response to bacterium / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / antibacterial humoral response / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / blood microparticle / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2LJ / T cell receptor beta constant 1 / Beta-2-microglobulin / TRA@ protein / Major histocompatibility complex class I-related gene protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Birkinshaw, R.W. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: T-cell activation by transitory neo-antigens derived from distinct microbial pathways.
著者: Corbett, A.J. / Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Liu, L. / Patel, O. / Mahony, J. / Chen, Z. / Reantragoon, R. / Meehan, B. / Cao, H. / Williamson, N.A. / Strugnell, R.A. / Van Sinderen, D. / ...著者: Corbett, A.J. / Eckle, S.B. / Birkinshaw, R.W. / Liu, L. / Patel, O. / Mahony, J. / Chen, Z. / Reantragoon, R. / Meehan, B. / Cao, H. / Williamson, N.A. / Strugnell, R.A. / Van Sinderen, D. / Mak, J.Y. / Fairlie, D.P. / Kjer-Nielsen, L. / Rossjohn, J. / McCluskey, J.
履歴
登録2013年11月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22014年11月19日Group: Structure summary

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: TCR alpha chain
E: TCR beta chain
F: Beta-2-microglobulin
G: TCR alpha chain
H: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,06611
ポリマ－187,3138
非ポリマー7533
水9,818545
1
A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7903
ポリマ－43,4602
非ポリマー3301
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
2
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7903
ポリマ－43,4602
非ポリマー3301
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
3
D: TCR alpha chain
E: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2893
ポリマ－50,1972
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20460 Å2
手法PISA
4
G: TCR alpha chain
H: TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1972
ポリマ－50,1972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
5
C: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
D: TCR alpha chain
E: TCR beta chain
F: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子

A: Major histocompatibility complex class I-related gene protein
B: Beta-2-microglobulin
G: TCR alpha chain
H: TCR beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,06611
ポリマ－187,3138
非ポリマー7533
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_447-x-1/2,y-1/2,-z+21
Buried area19430 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area68500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.580, 68.874, 142.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 ACBFDGEH

#1: タンパク質 Major histocompatibility complex class I-related gene protein / MHC class I-related gene protein / Class I histocompatibility antigen-like protein


分子量: 31711.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95460
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, Beta-2 microglobulin, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質 TCR alpha chain


分子量: 22650.072 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR-alpha / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6P4G7*PLUS
#4: タンパク質 TCR beta chain


分子量: 27546.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TCR-beta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01850*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 548分子

#5: 化合物 ChemComp-2LJ / 1-deoxy-1-({2,6-dioxo-5-[(E)-(2-oxopropylidene)amino]-1,2,3,6-tetrahydropyrimidin-4-yl}amino)-D-ribitol / 5-(2-oxopropylideneamino)-6-D-ribitylaminouracil


分子量: 330.294 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N4O7
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 12% (w/v) PEG3350, 0.2 M sodium citrate, 0.1 M bis-tris propane, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 101222 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 9.7 / Biso Wilson estimate: 38.25 Å2

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→49.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9339 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU R Cruickshank DPI: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2273 5109 5.05 %RANDOM
Rwork0.1813 ---
obs0.1836 101214 97.69 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.807 Å20 Å25.0475 Å2
2---8.667 Å20 Å2
3---6.8599 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.255 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12482 0 52 545 13079
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0112928HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0817607HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5758SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes323HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1882HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12928HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.69
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1648SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14491SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 353 4.79 %
Rwork0.2058 7023 -
all0.2076 7376 -
obs--97.69 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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