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- PDB-4npx: Structure of hypothetical protein Cj0539 from Campylobacter jejuni -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npx
タイトルStructure of hypothetical protein Cj0539 from Campylobacter jejuni
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins / PCSEP
機能・相同性HP0242-like domain / HP0242-like fold / Protein of unknown function DUF2018 / HP0242-like superfamily / Domain of unknown function (DUF2018) / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Adkins, J.N. / Endres, M. / Nissen, M. / Konkel, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. ...Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Adkins, J.N. / Endres, M. / Nissen, M. / Konkel, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of hypothetical protein Cj0539 from Campylobacter jejuni
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Adkins, J.N. / Endres, M. / Nissen, M. / Konkel, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics ...著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Adkins, J.N. / Endres, M. / Nissen, M. / Konkel, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Program for the Characterization of Secreted Effector Proteins (PCSEP)
履歴
登録2013年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Structure summary
改定 1.22014年8月13日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5721
ポリマ－13,5721
非ポリマー00
水68538
1
A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1452
ポリマ－27,1452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area8580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.606, 58.606, 49.808
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 13572.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0539 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: Q0PAX7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.05 M Potassium Chloride, 0.01 M Magnesium Chloride, 15 % PEG 6000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日 / 詳細: MIRROR
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→30 Å / Num. all: 6872 / Num. obs: 6872 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 39.5
反射 シェル解像度: 1.93→1.96 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.93→25.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 8.999 / SU ML: 0.125 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2702 324 4.7 %RANDOM
Rwork0.18738 ---
obs0.19099 6530 98.97 %-
all-6530 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.579 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-0 Å20 Å2
2--0.28 Å2-0 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→25.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数636 0 0 38 674
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.019645
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.973865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93531433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.045579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16626.85735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.61815116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.077151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.295
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02142
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1062.03319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.9772.017318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.4452.98397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.4453.006398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.0552.355326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.0472.374327
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.2633.376469
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.5349.222747
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.5229.07738
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 23 -
Rwork0.248 461 -
obs--97.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.12172.23580.33933.4696-1.79884.26610.0537-0.02320.02380.05810.07050.09280.1051-0.1974-0.12430.24450.0150.06620.26130.00320.286619.138821.44682.23
27.3416-5.5759-0.128232.2301-4.5697.32050.14780.76370.6437-0.576-0.6105-0.93630.02340.81050.46270.0369-0.02740.01360.44010.07670.098836.976130.2269-5.0976
36.60421.65811.55591.1918-1.04833.38850.2427-0.1855-0.17090.1806-0.09170.01430.15270.0904-0.15110.31680.00310.01430.2154-0.03780.264927.453420.36957.828
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 47
2X-RAY DIFFRACTION2A48 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 85

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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