[日本語] English
万見
- PDB-4npq: The resting-state conformation of the GLIC ligand-gated ion channel -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npq
タイトルThe resting-state conformation of the GLIC ligand-gated ion channel
要素Proton-gated ion channel
キーワードTRANSPORT PROTEIN / pentameric ligand-gated ion channel / pH-gated / transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / transmembrane transporter complex / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.35 Å
データ登録者Sauguet, L. / Shahsavar, A. / Poitevin, F. / Huon, C. / Menny, A. / Nemecz, A. / Haouz, A. / Changeux, J.P. / Corringer, P.J. / Delarue, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of a pentameric ligand-gated ion channel provide a mechanism for activation.
著者: Sauguet, L. / Shahsavar, A. / Poitevin, F. / Huon, C. / Menny, A. / Nemecz, A. / Haouz, A. / Changeux, J.P. / Corringer, P.J. / Delarue, M.
履歴
登録2013年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel
F: Proton-gated ion channel
G: Proton-gated ion channel
H: Proton-gated ion channel
I: Proton-gated ion channel
J: Proton-gated ion channel
K: Proton-gated ion channel
L: Proton-gated ion channel
M: Proton-gated ion channel
N: Proton-gated ion channel
O: Proton-gated ion channel
P: Proton-gated ion channel
Q: Proton-gated ion channel
R: Proton-gated ion channel
S: Proton-gated ion channel
T: Proton-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)726,97620
ポリマ－726,97620
非ポリマー00
水00
1
A: Proton-gated ion channel
B: Proton-gated ion channel
C: Proton-gated ion channel
D: Proton-gated ion channel
E: Proton-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,7445
ポリマ－181,7445
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17500 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area69670 Å2
手法PISA
2
F: Proton-gated ion channel
G: Proton-gated ion channel
H: Proton-gated ion channel
I: Proton-gated ion channel
J: Proton-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,7445
ポリマ－181,7445
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16360 Å2
ΔGint-171 kcal/mol
Surface area72540 Å2
手法PISA
3
K: Proton-gated ion channel
L: Proton-gated ion channel
M: Proton-gated ion channel
N: Proton-gated ion channel
O: Proton-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,7445
ポリマ－181,7445
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16960 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area69960 Å2
手法PISA
4
P: Proton-gated ion channel
Q: Proton-gated ion channel
R: Proton-gated ion channel
S: Proton-gated ion channel
T: Proton-gated ion channel


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,7445
ポリマ－181,7445
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16190 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area71430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.533, 384.095, 148.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Proton-gated ion channel / GLIC / Ligand-gated ion channel / LGIC


分子量: 36348.805 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
株: PCC 7421 / 遺伝子: glvI, glr4197 / プラスミド: pET20B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 C43 / 参照: UniProt: Q7NDN8

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 13-15% PEG4000, 200mM KSCN, 10mM CaCl2, 3% Trimethylamine-N-oxyde dihydrate, 0.1M Na Hepes pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9725 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9725 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.35→48.9 Å / Num. all: 96186 / Num. obs: 95802 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 209.37 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.1 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym value% possible allNum. unique all
4.35-4.591.5810.8999.8
4.6-4.850.83520.47299.811726
4.35-48.940.08410.80.04899.695802

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
EDNAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.4精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4HFI

4hfi


解像度: 4.35→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9242 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2443 4703 5.01 %RANDOM
Rwork0.2401 ---
obs0.2403 93884 99.74 %-
all-94312 --
原子変位パラメータBiso mean: 239.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.9969 Å20 Å2-32.861 Å2
2---25.7402 Å20 Å2
3---3.7433 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 1.296 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数45859 0 0 0 45859
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00847110HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0264997HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d13906SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes756HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes7112HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it47110HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion6912SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact51605SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 4.35→4.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 315 4.54 %
Rwork0.253 6630 -
all0.2531 6945 -
obs--99.74 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る