PDB-4npj: Extended-Synaptotagmin 2, C2A- and C2B-domains

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4npj

タイトル

Extended-Synaptotagmin 2, C2A- and C2B-domains

要素

Extended synaptotagmin-2

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN / C2 domain / membrane traffic / protein targeting / Plasma membrane / ER to plasma membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / Glycosphingolipid transport / phosphatidylcholine binding / phosphatidylethanolamine binding / calcium-dependent phospholipid binding / lipid transport / phosphatidylinositol binding / cytoplasmic side of plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Xu, J.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure and ca(2+)-binding properties of the tandem c2 domains of e-syt2.
著者: Xu, J. / Bacaj, T. / Zhou, A. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.

履歴

登録	2013年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4npj.cif.gz	353.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4npj.ent.gz	295 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4npj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4npj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/np/4npj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4npkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1549 1547 7545 2b4j-d 6s30-d 7ap1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (5) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Extended synaptotagmin-2

B: Extended synaptotagmin-2

ヘテロ分子

68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Extended synaptotagmin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Extended synaptotagmin-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Extended synaptotagmin-2

ヘテロ分子

A: Extended synaptotagmin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
68.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.300, 62.300, 226.395
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	Extended synaptotagmin-2 / E-Syt2 / Chr2Syt 分子量: 34237.070 Da / 分子数: 2 / 断片: C2 and C2B domains (unp residues 363-660) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: ESYT2, extended-synaptotagmin 2, FAM62B, KIAA1228 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0FGR8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9 詳細: 2.25 M LiCl, 0.1 M sodium acetate, 0.125 M NaCl, 2.5% glycerol, 25% ethylene glycol, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	1.38592
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97912

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2012年8月8日	monochromator
ADSC QUANTUM 315r	2	CCD	2012年10月18日	monochromator

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	x-ray	1
2	SAGITALLY FOCUSED Si(111)	SAD	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.38592	1
2	0.97912	1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 48539 / Num. obs: 48539 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 41.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.066 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	3.2	0.501	1.46	1830	0.97	73.8
2.14-2.18	3.5	0.502		2096	0.98	83.3
2.18-2.22	3.8	0.548		2242	0.97	89.4
2.22-2.26	4	0.501		2363	1.014	95.8
2.26-2.31	4.5	0.434		2494	0.972	98.6
2.31-2.37	4.9	0.404		2472	0.936	100
2.37-2.42	5.2	0.373		2484	0.937	100
2.42-2.49	5.6	0.333		2521	0.954	100
2.49-2.56	5.9	0.309		2473	1.001	99.9
2.56-2.65	6.1	0.282		2482	0.999	100
2.65-2.74	6.1	0.205		2532	0.971	100
2.74-2.85	6.1	0.148		2510	0.983	99.8
2.85-2.98	6.1	0.108		2480	1.065	99.9
2.98-3.14	6.2	0.084		2500	1.187	100
3.14-3.33	6.1	0.068		2496	1.096	99.9
3.33-3.59	6.1	0.063		2496	1.173	99.8
3.59-3.95	6.1	0.059		2508	1.257	99.8
3.95-4.52	6.1	0.045		2499	1.26	99.8
4.52-5.7	6.3	0.041		2523	1.116	100
5.7-50	6.4	0.041		2538	1.181	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MLPHARE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.101→41.892 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2388	2468	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1999	-	-	-
obs	0.2019	48422	96.88 %	-
all	-	48422	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 183.48 Å² / B_iso mean: 78.5058 Å² / B_iso min: 28.14 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→41.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4637	0	12	148	4797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4735
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.904	6400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	721
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.858	1820

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.1005-2.1409	0.3929	108	0.2946	1979	2087	1979	74
2.1409-2.1846	0.3271	105	0.291	2169	2274	2169	84
2.1846-2.2321	0.3324	143	0.2937	2422	2565	2422	92
2.2321-2.284	0.3389	148	0.2824	2527	2675	2527	97
2.284-2.3412	0.2936	127	0.2719	2616	2743	2616	99
2.3412-2.4045	0.3258	162	0.261	2636	2798	2636	100
2.4045-2.4752	0.313	132	0.2528	2626	2758	2626	100
2.4752-2.5551	0.3152	133	0.2562	2618	2751	2618	100
2.5551-2.6464	0.3088	134	0.2552	2625	2759	2625	100
2.6464-2.7523	0.2542	131	0.2451	2674	2805	2674	100
2.7523-2.8776	0.292	143	0.2451	2596	2739	2596	100
2.8776-3.0292	0.2763	136	0.2315	2666	2802	2666	100
3.0292-3.219	0.2312	130	0.2293	2621	2751	2621	100
3.219-3.4674	0.2704	144	0.2149	2654	2798	2654	100
3.4674-3.8161	0.2284	150	0.1858	2600	2750	2600	100
3.8161-4.3678	0.1921	149	0.1582	2645	2794	2645	100
4.3678-5.501	0.177	169	0.143	2618	2787	2618	100
5.501-41.9006	0.2176	124	0.1726	2662	2786	2662	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0294	0.3915	-1.6642	-0.239	-0.8742	3.0794	0.0035	-0.1705	-0.2918	-0.5296	0.3407	-0.0336	-1.4824	-0.1756	-0.0791	1.0683	-0.2193	0.1319	0.4081	-0.0638	0.3668	8.7713	-14.718	-34.7645
2	0.8627	-1.15	-1.0617	0.6886	0.808	0.2538	-0.5707	-0.6669	-0.1086	0.7196	0.5097	0.1302	0.4564	1.5895	0.0423	0.5801	0.1746	-0.024	1.4239	-0.0852	0.3915	-2.4076	-17.2382	25.175
3	3.697	-0.2139	-2.1427	1.5554	1.8036	4.7632	-0.3361	-0.8848	0.0923	0.2417	0.4585	-0.2603	-0.4698	0.7832	-0.1394	0.3155	0.0982	-0.0048	1.3709	-0.0658	0.3836	5.4623	-16.5501	10.5215
4	3.7641	-0.0301	0.1869	2.0984	1.3789	6.4061	-0.0918	-0.2609	-0.677	-0.1158	0.2217	-0.1232	0.6161	0.9863	-0.0651	0.1966	0.1029	0.1052	0.5816	0.044	0.5594	9.5512	-32.0166	-16.6409
5	0.1172	-0.4746	-1.1225	1.0969	1.9327	2.7809	-0.2016	-0.165	0.0802	0.0185	0.0466	-0.0605	-0.9798	0.4094	0.0658	0.6508	0.1921	-0.0227	0.8193	-0.0999	0.3296	-14.1741	-10.0976	12.5902
6	4.2296	0.0742	-1.6655	2.5906	0.4375	6.4133	0.0848	0.7105	-0.3878	-0.6062	-0.2482	-0.257	-0.8134	-0.366	0.0716	0.4035	0.0971	0.0227	0.458	-0.0491	0.3992	-6.0062	-24.4256	-33.358
7	3.0696	0.3509	-1.3624	1.4734	0.8919	4.4849	0.0374	0.6492	-0.0762	-0.604	-0.2555	0.2155	-1.0349	-1.4584	0.0699	0.5498	0.3554	-0.0737	0.7435	-0.004	0.3919	-16.6402	-20.1125	-25.2579
8	3.8618	0.4276	-1.197	2.199	1.9488	4.1755	-0.1785	-1.2539	-0.8159	0.0712	-0.2435	0.1632	0.7491	-0.8106	0.1452	0.0787	0.0573	0.1247	0.9511	0.2312	0.5128	-15.5806	-30.7108	-0.5741

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 363 through 384 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 385 through 413 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 414 through 535 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 536 through 659 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 364 through 384 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 385 through 466 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 467 through 546 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 547 through 659 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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