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- PDB-4npj: Extended-Synaptotagmin 2, C2A- and C2B-domains -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4npj
タイトルExtended-Synaptotagmin 2, C2A- and C2B-domains
要素Extended synaptotagmin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN / C2 domain / membrane traffic / protein targeting / Plasma membrane / ER to plasma membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / Glycosphingolipid transport / phosphatidylcholine binding / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylethanolamine binding / lipid transport / phosphatidylinositol binding / cytoplasmic side of plasma membrane ...endoplasmic reticulum-plasma membrane tethering / endoplasmic reticulum-plasma membrane contact site / organelle membrane contact site / Glycosphingolipid transport / phosphatidylcholine binding / calcium-dependent phospholipid binding / phosphatidylethanolamine binding / lipid transport / phosphatidylinositol binding / cytoplasmic side of plasma membrane / endocytosis / cadherin binding / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Extended synaptotagmin, C2A domain / Extended synaptotagmin, C2B domain / Extended synaptotagmin, C-terminal C2 domain / : / Synaptotagmin, SMP domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) ...Extended synaptotagmin, C2A domain / Extended synaptotagmin, C2B domain / Extended synaptotagmin, C-terminal C2 domain / : / Synaptotagmin, SMP domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Extended synaptotagmin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rizo, J. / Xu, J.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2014
タイトル: Structure and ca(2+)-binding properties of the tandem c2 domains of e-syt2.
著者: Xu, J. / Bacaj, T. / Zhou, A. / Tomchick, D.R. / Sudhof, T.C. / Rizo, J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: E-Syts, a family of membranous Ca2+-sensor proteins with multiple C2 domains.
著者: Min, S.W. / Chang, W.P. / Sudhof, T.C.
履歴
登録2013年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Extended synaptotagmin-2
B: Extended synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7228
ポリマ－68,4742
非ポリマー2476
水2,666148
1
A: Extended synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3083
ポリマ－34,2371
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Extended synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4145
ポリマ－34,2371
非ポリマー1774
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Extended synaptotagmin-2
ヘテロ分子

A: Extended synaptotagmin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7228
ポリマ－68,4742
非ポリマー2476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z+1/41
Buried area3490 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area30060 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area29080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.300, 62.300, 226.395
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Extended synaptotagmin-2 / E-Syt2 / Chr2Syt


分子量: 34237.070 Da / 分子数: 2 / 断片: C2 and C2B domains (unp residues 363-660) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ESYT2, extended-synaptotagmin 2, FAM62B, KIAA1228
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0FGR8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 2.25 M LiCl, 0.1 M sodium acetate, 0.125 M NaCl, 2.5% glycerol, 25% ethylene glycol, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-ID11.38592
シンクロトロンAPS 19-ID20.97912
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年8月8日monochromator
ADSC QUANTUM 315r2CCD2012年10月18日monochromator
放射
IDモノクロメータープロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1SAGITALLY FOCUSED Si(111)SINGLE WAVELENGTHx-ray1
2SAGITALLY FOCUSED Si(111)SADx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.385921
20.979121
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 48539 / Num. obs: 48539 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 41.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.066 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.1-2.143.20.5011.4618300.9773.8
2.14-2.183.50.50220960.9883.3
2.18-2.223.80.54822420.9789.4
2.22-2.2640.50123631.01495.8
2.26-2.314.50.43424940.97298.6
2.31-2.374.90.40424720.936100
2.37-2.425.20.37324840.937100
2.42-2.495.60.33325210.954100
2.49-2.565.90.30924731.00199.9
2.56-2.656.10.28224820.999100
2.65-2.746.10.20525320.971100
2.74-2.856.10.14825100.98399.8
2.85-2.986.10.10824801.06599.9
2.98-3.146.20.08425001.187100
3.14-3.336.10.06824961.09699.9
3.33-3.596.10.06324961.17399.8
3.59-3.956.10.05925081.25799.8
3.95-4.526.10.04524991.2699.8
4.52-5.76.30.04125231.116100
5.7-506.40.04125381.18199.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.101→41.892 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / Isotropic thermal model: OVERALL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 2468 5.1 %RANDOM
Rwork0.1999 ---
obs0.2019 48422 96.88 %-
all-48422 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 183.48 Å2 / Biso mean: 78.5058 Å2 / Biso min: 28.14 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→41.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4637 0 12 148 4797
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9046400
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004835
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8581820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1005-2.14090.39291080.294619792087197974
2.1409-2.18460.32711050.29121692274216984
2.1846-2.23210.33241430.293724222565242292
2.2321-2.2840.33891480.282425272675252797
2.284-2.34120.29361270.271926162743261699
2.3412-2.40450.32581620.261263627982636100
2.4045-2.47520.3131320.2528262627582626100
2.4752-2.55510.31521330.2562261827512618100
2.5551-2.64640.30881340.2552262527592625100
2.6464-2.75230.25421310.2451267428052674100
2.7523-2.87760.2921430.2451259627392596100
2.8776-3.02920.27631360.2315266628022666100
3.0292-3.2190.23121300.2293262127512621100
3.219-3.46740.27041440.2149265427982654100
3.4674-3.81610.22841500.1858260027502600100
3.8161-4.36780.19211490.1582264527942645100
4.3678-5.5010.1771690.143261827872618100
5.501-41.90060.21761240.172626622786266299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.02940.3915-1.6642-0.239-0.87423.07940.0035-0.1705-0.2918-0.52960.3407-0.0336-1.4824-0.1756-0.07911.0683-0.21930.13190.4081-0.06380.36688.7713-14.718-34.7645
20.8627-1.15-1.06170.68860.8080.2538-0.5707-0.6669-0.10860.71960.50970.13020.45641.58950.04230.58010.1746-0.0241.4239-0.08520.3915-2.4076-17.238225.175
33.697-0.2139-2.14271.55541.80364.7632-0.3361-0.88480.09230.24170.4585-0.2603-0.46980.7832-0.13940.31550.0982-0.00481.3709-0.06580.38365.4623-16.550110.5215
43.7641-0.03010.18692.09841.37896.4061-0.0918-0.2609-0.677-0.11580.2217-0.12320.61610.9863-0.06510.19660.10290.10520.58160.0440.55949.5512-32.0166-16.6409
50.1172-0.4746-1.12251.09691.93272.7809-0.2016-0.1650.08020.01850.0466-0.0605-0.97980.40940.06580.65080.1921-0.02270.8193-0.09990.3296-14.1741-10.097612.5902
64.22960.0742-1.66552.59060.43756.41330.08480.7105-0.3878-0.6062-0.2482-0.257-0.8134-0.3660.07160.40350.09710.02270.458-0.04910.3992-6.0062-24.4256-33.358
73.06960.3509-1.36241.47340.89194.48490.03740.6492-0.0762-0.604-0.25550.2155-1.0349-1.45840.06990.54980.3554-0.07370.7435-0.0040.3919-16.6402-20.1125-25.2579
83.86180.4276-1.1972.1991.94884.1755-0.1785-1.2539-0.81590.0712-0.24350.16320.7491-0.81060.14520.07870.05730.12470.95110.23120.5128-15.5806-30.7108-0.5741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 363 through 384 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 385 through 413 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 414 through 535 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 536 through 659 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 364 through 384 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 385 through 466 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 467 through 546 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 547 through 659 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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