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万見
- PDB-4noo: Molecular mechanism for self-protection against type VI secretion... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4noo
タイトルMolecular mechanism for self-protection against type VI secretion system in Vibrio cholerae
要素
  • Putative uncharacterized protein
  • VgrG protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / self-protection / chitosanase-fold / three-helical bundle / glycoside hydrolase effector / immunity protein
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / hydrolase activity / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Type VI secretion system spike protein VgrG3-like, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1160 / : / : / Antitoxin TsiV3 / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain ...: / Type VI secretion system spike protein VgrG3-like, C-terminal / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1160 / : / : / Antitoxin TsiV3 / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / PGBD superfamily / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin protein TsiV3 / Type VI secretion system spike protein VgrG3
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, X. / Xu, M. / Jiang, T. / Fan, Z.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Molecular mechanism for self-protection against the type VI secretion system in Vibrio cholerae.
著者: Yang, X. / Xu, M. / Wang, Y. / Xia, P. / Wang, S. / Ye, B. / Tong, L. / Jiang, T. / Fan, Z.
履歴
登録2013年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VgrG protein
B: Putative uncharacterized protein
C: VgrG protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8694
ポリマ－69,8694
非ポリマー00
水9,458525
1
A: VgrG protein
B: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9342
ポリマ－34,9342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
2
C: VgrG protein
D: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9342
ポリマ－34,9342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.502, 116.034, 68.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.05, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 VgrG protein


分子量: 23576.129 Da / 分子数: 2 / 断片: VgrG3C catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0123 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9KN42
#2: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 11358.249 Da / 分子数: 2
断片: TsiV3 without the predicted 24aa N-terminal periplasm localization signal
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: VC_A0124 / プラスミド: pRSFduet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q9KN41
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 15% (m/v) PEG8000, 0.1M Sodium Cacodylate pH5.6, 0.2M Mg acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→29.5 Å / Num. all: 34369 / Num. obs: 34369 / % possible obs: 99.92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23441 1822 5 %RANDOM
Rwork0.18629 ---
obs0.18868 34369 99.92 %-
all-34369 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.487 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20 Å2-0.05 Å2
2---1.13 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4734 0 0 525 5259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.9516508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5973.00210454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3895586
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.74725.041246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.6715842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6321524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025542
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021158
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 115 -
Rwork0.233 2539 -
obs--99.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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