PDB-4noh: 1.5 Angstrom Crystal Structure of Putative Lipoprotein from Bacil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4noh

タイトル

1.5 Angstrom Crystal Structure of Putative Lipoprotein from Bacillus anthracis.

要素

Lipoprotein, putative

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / putative lipoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

Barwin-like endoglucanases - #60 / Alpha-Beta Plaits - #3060 / Putative lipoprotein, bacteria / Uncharacterised lipoprotein family / Barwin-like endoglucanases / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Plaits / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.502 Å

データ登録者

Minasov, G. / Shuvalova, L. / Halavaty, A. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 1.5 Angstrom Crystal Structure of Putative Lipoprotein from Bacillus anthracis.
著者: Minasov, G. / Shuvalova, L. / Halavaty, A. / Winsor, J. / Dubrovska, I. / Shatsman, S. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2013年11月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4noh.cif.gz	156.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4noh.ent.gz	126.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4noh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4noh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/no/4noh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5t0s-d 4o6s-d 1pkv-d 1cxu-d 6jlg-8 4k6x-1 3b4m-2 2xon-1 6jlg-6 3w8o-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: idp05511

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipoprotein, putative

B: Lipoprotein, putative

ヘテロ分子

38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipoprotein, putative

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipoprotein, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.927, 74.267, 47.382
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Lipoprotein, putative / Putative lipoprotein 分子量: 19315.027 Da / 分子数: 2 / 断片: putative lipoprotein / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BA_5634, BAS5236, GBAA_5634 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q81JR6, UniProt: A0A6L8PXC8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CRYSTAL GREW AFTER A YEAR AND IT IS BELIEVED THAT AN ADDITIONAL N-TERMINAL SEQUENCE (MSE) ...THE CRYSTAL GREW AFTER A YEAR AND IT IS BELIEVED THAT AN ADDITIONAL N-TERMINAL SEQUENCE (MSE)HHHHHHSSGVDLGTENLYFQ WAS CLEAVED IN THE PROCESS

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.98 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: Protein: 7.5 mG/mL, 0.5 M Sodium chloride, 0.01 M Tris-HCL buffer pH 8.3; Screen: PACT (C3), 0.1M MMT buffer pH 9.0, 25% (v/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97911 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月14日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 44692 / Num. obs: 44692 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / R_sym value: 0.086 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2214 / R_sym value: 0.57 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
SHELXS		位相決定
REFMAC	5.8.0046	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.502→29.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 3.043 / SU ML: 0.056
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Isotropically Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19709	2254	5 %	RANDOM
R_work	0.16098	-	-	-
all	0.16283	42391	-	-
obs	0.16283	42391	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.334 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.58 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	0.61 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.502→29.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2618	0	1	289	2908

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	2.015	3834
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.695	3	6700
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.592	5	371
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.171	27.414	116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.399	15	561
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.146	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	424
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.017	0.02	515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.182	1.298	1439
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.178	1.297	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.858	1.942	1825
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.859	1.943	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.206	1.612	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.204	1.612	1411
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.421	2.293	2009
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.072	11.927	3291
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.996	11.364	3178

LS精密化シェル

解像度: 1.502→1.541 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.273	143	-
R_work	0.234	2932	-
obs	-	2932	92.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6405	-0.1531	0.477	2.3411	-0.5321	1.3495	-0.0432	-0.0597	-0.0274	0.018	-0.0144	-0.1711	0.0628	-0.0903	0.0575	0.0378	0.0029	0.003	0.0188	-0.0055	0.0232	15.4328	13.8082	24.275
2	1.6516	-0.4415	-1.4854	3.093	0.6721	2.6973	0.0845	-0.0613	0.1845	0.0307	0.0457	-0.0445	-0.0397	-0.0624	-0.1302	0.0135	0.0013	0.0031	0.0196	-0.015	0.0369	12.4803	30.5971	15.5736
3	1.9416	-0.4019	-0.7057	1.4529	0.1807	2.4893	0.113	0.1647	0.0719	-0.0174	0.1454	0.0947	0.0657	-0.3911	-0.2584	0.0194	-0.0025	-0.0089	0.092	0.0532	0.0378	2.3352	29.8075	11.8601
4	1.3163	0.0851	-0.9922	1.5631	-0.8772	2.487	0.0988	0.0743	0.1409	0.0358	0.1219	-0.0322	-0.1934	-0.1268	-0.2207	0.0199	0.0119	0.0178	0.0259	0.0035	0.0322	8.2546	32.6954	14.325
5	2.0321	0.9422	0.3044	2.6034	-0.8818	1.8168	-0.0123	-0.1602	-0.0275	0.1224	-0.0237	0.0179	-0.0059	-0.1409	0.036	0.0415	0.0096	0.012	0.0628	-0.0178	0.0143	10.122	16.0727	27.132
6	3.0625	-0.3539	-0.3535	1.3996	0.0892	1.514	0.0981	0.1901	0.0992	-0.1131	-0.0418	0.0976	-0.146	-0.0993	-0.0564	0.0436	0.0124	0.0078	0.0218	0.0161	0.0343	17.4148	43.5953	33.6012
7	2.1295	0.328	-0.0173	2.0865	0.3683	2.0097	0.071	-0.1685	0.0925	0.1018	-0.0428	0.0617	0.0532	0.0417	-0.0282	0.0164	-0.0118	0.0062	0.0269	-0.0053	0.0084	30.9297	34.0508	42.5402
8	1.6868	-0.2798	-0.4741	1.767	0.0254	3.5805	-0.0059	-0.1815	-0.2336	-0.0654	0.0483	-0.1498	0.5026	0.2155	-0.0424	0.106	0.0262	-0.0132	0.0923	0.0224	0.0579	36.6631	23.0864	43.1027
9	2.5903	0.0874	-0.7941	1.1143	0.4871	1.7399	-0.0133	-0.0282	-0.1509	-0.0141	-0.0089	0.0365	0.0375	0.0103	0.0221	0.0175	-0.005	-0.0062	0.012	0.0112	0.0204	29.4301	29.009	38.8234
10	3.4144	-0.7903	-0.3934	1.0591	0.4534	3.1685	0.0922	-0.0489	-0.0065	0.0903	-0.0376	0.0507	-0.2763	-0.2099	-0.0546	0.0743	0.0145	0.0406	0.0269	0.0077	0.0344	14.8119	42.7885	40.2785

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 57
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	58 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	82 - 126
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	127 - 159
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	160 - 196
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	0 - 59
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	60 - 104
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	105 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	131 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	162 - 196

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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