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- PDB-4nnx: Crystal structure of PKD2 phosphopeptide bound to HLA-A2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nnx
タイトルCrystal structure of PKD2 phosphopeptide bound to HLA-A2
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Serine/threonine-protein kinase D2
キーワードIMMUNE SYSTEM/ANTIGEN / phosphoserine / phosphopeptide / MHC / post translational modification / tumor immunology / tumor antigens / neoepitope / IMMUNE SYSTEM-ANTIGEN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase C / endothelial tube morphogenesis / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis ...protein kinase C / endothelial tube morphogenesis / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of DNA biosynthetic process / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / CD8 receptor binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / TAP binding / : / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / detection of bacterium / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / positive regulation of interleukin-2 production / T cell receptor binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of cell adhesion / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / protein kinase C binding / : / Endosomal/Vacuolar pathway / positive regulation of interleukin-8 production / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of angiogenesis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of cellular senescence / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / MHC class II protein complex binding / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / antibacterial humoral response / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / protein refolding / ER-Phagosome pathway / angiogenesis / early endosome membrane
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C mu-related / : / Serine/threonine-protein kinase D1-like, ubiquitin-like domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily ...Protein kinase C mu-related / : / Serine/threonine-protein kinase D1-like, ubiquitin-like domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / PH domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / PH domain profile. / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / PH-like domain superfamily / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Serine/threonine-protein kinase D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.104 Å
データ登録者Mohammed, F. / Stones, D.H. / Willcox, B.E.
引用ジャーナル: Oncotarget / 年: 2017
タイトル: The antigenic identity of human class I MHC phosphopeptides is critically dependent upon phosphorylation status.
著者: Mohammed, F. / Stones, D.H. / Zarling, A.L. / Willcox, C.R. / Shabanowitz, J. / Cummings, K.L. / Hunt, D.F. / Cobbold, M. / Engelhard, V.H. / Willcox, B.E.
履歴
登録2013年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Serine/threonine-protein kinase D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0568
ポリマ－44,5143
非ポリマー5425
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.100, 79.800, 111.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2 / Class I histocompatibility antigen A*0201


分子量: 31725.088 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain (UNP residues 25-298) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Serine/threonine-protein kinase D2 / nPKC-D2


分子量: 1041.074 Da / 分子数: 1 / 断片: peptide (UNP residues 526-534) / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BZL6

-
非ポリマー , 3種, 209分子

#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.64 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11% PEG3350, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.15 M sodium chloride, 0.003 M magnesium chloride, 0.003 M cadmium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.104→19.734 Å / Num. obs: 31648 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 24.758 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.29
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.104-2.20.4064.85263403919196.4
2.2-2.30.3336.152466934251100
2.3-2.40.2916.922096728811100
2.4-2.70.2129.134600663021100
2.7-30.13313.552978740641100
3-40.06923.12468396368199.8
4-50.04635.27166912261198.3
5-60.04933.6174091017198.3
6-100.04933.6979191126197.4
10-19.7340.03843.051787285182.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BH9

3bh9


解像度: 2.104→19.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.2056 / WRfactor Rwork: 0.1764 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.849 / SU B: 4.164 / SU ML: 0.111 / SU R Cruickshank DPI: 0.1892 / SU Rfree: 0.1686 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2359 1572 5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.1998 31645 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.92 Å2 / Biso mean: 18.6489 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.104→19.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3137 0 10 204 3351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213190
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4641.9214335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2545379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61122.814167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.61715.03499
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2481529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8541.51901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53223056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41331289
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9314.51279
LS精密化 シェル解像度: 2.104→2.158 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 96 -
Rwork0.218 1710 -
all-1806 -
obs--78.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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