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- PDB-4nnj: Crystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nnj
タイトルCrystal structure of Uba1 in complex with ubiquitin-AMP and thioesterified ubiquitin
要素
  • Uba1
  • Ubiquitin-activating enzyme E1 1
キーワードPROTEIN BINDING / ubiquitin activating enzyme (E1) / Uba1 / ubiquitin / acyladenylate / ubiquitin thioester / Ubiquitin activation / AMP / thioesterified Ub
機能・相同性
機能・相同性情報


Josephin domain DUBs / RAS processing / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / UCH proteinases / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / Regulation of pyruvate metabolism ...Josephin domain DUBs / RAS processing / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / UCH proteinases / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / Regulation of pyruvate metabolism / Peroxisomal protein import / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / Metalloprotease DUBs / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Dual incision in TC-NER / Ub-specific processing proteases / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / peroxisome / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 2 / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, UFD domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, conserved site / Ubiquitin-activating enzyme signature 1. / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, Cys active site / Ubiquitin-activating enzyme active site. / Structural Genomics Hypothetical 15.5 Kd Protein In mrcA-pckA Intergenic Region; Chain A / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Beta Barrel / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Polyubiquitin / Ubiquitin-activating enzyme E1 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schaefer, A. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the ubiquitin-activating enzyme loaded with two ubiquitin molecules.
著者: Schafer, A. / Kuhn, M. / Schindelin, H.
履歴
登録2013年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
B: Uba1
C: Ubiquitin-activating enzyme E1 1
D: Uba1
E: Uba1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,75340
ポリマ－259,0045
非ポリマー3,74935
水18,3751020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.040, 195.651, 230.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 2種, 5分子 ACBDE

#1: タンパク質 Ubiquitin-activating enzyme E1 1


分子量: 116304.914 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 9-1024 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: UBA1, YKL210W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P22515
#2: タンパク質 Uba1 / Ubiquitin


分子量: 8798.001 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 1-76 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SCD2, UBI4, YLL039C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P0CG63

-
非ポリマー , 4種, 1055分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 100mM lithium sulfate and 100mM BisTris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日
放射モノクロメーター: horizontally diffracting monochromator Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→90 Å / Num. obs: 128882 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 40.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.01124 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 17394 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
EDNAデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm


解像度: 2.4→48.647 Å / SU ML: 0.29 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.23 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2012 1430 1.11 %random
Rwork0.1636 ---
all0.1641 130301 --
obs0.1641 128871 98.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.5 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a free: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→48.647 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17708 0 240 1020 18968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01118322
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35224738
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0546869
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44360.31390.311411386X-RAY DIFFRACTION87
2.4436-2.49060.32810.298911945X-RAY DIFFRACTION92
2.4906-2.54150.3080.29112279X-RAY DIFFRACTION94
2.5415-2.59670.28060.271912710X-RAY DIFFRACTION98
2.5967-2.65710.2780.245612842X-RAY DIFFRACTION100
2.6571-2.72360.26690.227513056X-RAY DIFFRACTION100
2.7236-2.79720.28110.209412950X-RAY DIFFRACTION100
2.7972-2.87950.25730.198612981X-RAY DIFFRACTION100
2.8795-2.97240.21020.192212944X-RAY DIFFRACTION100
2.9724-3.07870.28280.188412965X-RAY DIFFRACTION100
3.0787-3.20190.21250.179412991X-RAY DIFFRACTION100
3.2019-3.34760.23220.166412917X-RAY DIFFRACTION100
3.3476-3.5240.23570.156112914X-RAY DIFFRACTION100
3.524-3.74480.1990.142212883X-RAY DIFFRACTION99
3.7448-4.03380.14380.126912921X-RAY DIFFRACTION99
4.0338-4.43950.14270.109512781X-RAY DIFFRACTION98
4.4395-5.08130.13970.106212767X-RAY DIFFRACTION98
5.0813-6.39960.14630.140712873X-RAY DIFFRACTION99
6.3996-48.65690.17560.144212871X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0349-0.28280.13861.43550.13791.5071-0.0143-0.0765-0.0935-0.15190.05840.36630.046-0.3064-0.03260.2124-0.0135-0.0570.31460.03840.4024-24.845624.4568-42.4785
20.42930.91010.35964.34160.88851.0137-0.04010.0634-0.0063-0.19470.0446-0.1992-0.14440.18530.02670.2285-0.00010.01140.38930.02660.3095-0.429344.0596-45.9013
30.6597-0.03040.23960.92850.20520.86890.0177-0.1179-0.20510.12470.06060.09040.1953-0.0309-0.08570.25470.03770.00880.31170.05010.3322-8.63318.6776-28.3216
41.34670.5843-0.66851.9567-0.58413.13110.0037-0.52320.03090.2326-0.0769-0.1684-0.35410.28140.08530.4380.06650.00330.4621-0.03530.2811-10.47762.5795-4.647
50.1389-0.0880.03790.66690.15780.9037-0.0405-0.1185-0.07760.18820.07260.04050.01240.0317-0.01640.19710.00140.01010.30330.00880.2446-5.503233.5398-22.5825
62.21740.22032.22841.4759-0.84634.3537-0.0089-0.2814-0.02290.33280.31250.2806-0.4064-0.5104-0.27190.50220.18410.01290.43830.03150.389117.969915.09642.7543
73.06280.2888-2.57530.0254-0.23882.17360.20360.9691-0.2683-0.5181-0.0929-0.5665-0.35180.3359-0.01090.39860.04690.1930.72650.03170.569517.283434.2124-45.9338
82.011-4.19520.24546.22790.75494.4825-0.14640.58370.2967-0.419-0.1217-1.0579-0.49211.00640.03040.2866-0.02360.0290.55250.03410.557214.246335.7998-40.9683
96.4226-3.89760.36064.22181.0565.7110.227-0.16390.19890.2961-0.3395-1.0081-0.40270.8080.0750.2647-0.0701-0.11290.48470.02520.651516.644637.2737-32.0398
106.2833.34551.25667.07382.60146.95180.11910.3698-0.34480.2538-0.3392-0.80580.07250.40050.21480.18420.0199-0.03990.47480.090.381610.607825.9234-34.6972
114.0332.0448-4.13884.6086-3.2434.98050.0647-0.2921-1.14940.0057-0.0914-0.73880.73630.93750.2450.34180.252-0.03910.66820.09460.933620.786623.9589-34.9318
120.96982.2883-1.75045.8979-5.01844.7054-0.19821.54720.1575-1.6969-0.0034-1.47140.54320.81860.10950.5148-0.05950.13630.7216-0.0050.541815.128128.1714-46.2117
133.68153.2283-2.77492.8901-2.39342.15150.2446-0.69930.9770.3746-0.08110.1099-0.38270.005-0.49260.28880.0892-0.05180.3788-0.03730.2733-0.300131.2781-26.6934
140.7997-0.26080.00820.9214-0.11110.9813-0.1055-0.09720.00990.05760.15380.0934-0.1534-0.0506-0.0560.30380.0203-0.0040.26180.04440.2543-30.183170.7943-49.611
150.428-0.05130.1451.23850.39750.73360.06580.1842-0.1048-0.30340.077-0.0360.0391-0.0178-0.15580.3518-0.0142-0.03560.38110.01260.2637-29.380847.4191-77.67
161.0902-0.24770.57021.2986-1.32195.58240.06680.1196-0.11760.05140.11910.1882-0.0284-0.4638-0.15150.36540.02030.05320.40650.07850.3883-36.100989.829-95.8506
175.12323.7012-3.76285.1285-2.57883.76130.1599-0.93681.34120.7437-0.0054-0.4432-0.56550.79310.00130.3784-0.0979-0.09070.6156-0.12530.7693-3.588277.1094-61.0941
185.9818-4.16923.20574.8150.34676.52-0.2944-0.5450.2350.42660.287-0.29690.61190.15970.00150.38380.04170.03040.43580.0040.3193-9.053469.5788-61.7712
193.12081.4554-1.23940.6937-0.69081.3184-0.25990.4375-0.26020.0962-0.2314-1.6329-0.93421.20070.51830.5304-0.17350.12820.47550.20551.2148-0.155584.5112-68.8825
202.74561.73512.48113.0762-1.49147.02470.36550.82450.7519-1.09070.3442-1.1687-0.6510.8488-0.40150.5029-0.05110.24620.57950.05860.5667-6.372475.1799-72.8721
215.63681.7059-1.19666.97590.45243.42440.19160.64160.4349-0.7929-0.3246-0.1898-0.4671-0.12220.04510.4238-0.05320.06430.40910.10980.3201-14.916679.4044-70.2825
223.4826-3.28093.54193.3485-2.28747.7793-0.4104-0.27381.7950.33460.0594-1.174-1.35231.21520.5060.5839-0.17240.00220.565-0.08230.9013-6.058286.4619-62.3757
235.72071.0929-3.56143.1991-2.30984.50530.10420.3938-0.3849-0.20350.1764-0.19520.13290.1064-0.2470.35820.0152-0.01750.15960.02580.2735-22.057371.0211-65.6991
244.71425.5515-4.49696.5359-5.27954.6676-0.8104-0.0198-0.6933-0.07580.6848-0.88480.6767-0.06490.13090.5844-0.05870.19120.8027-0.28331.070311.389552.6548-80.5777
251.36550.98320.47767.6787-4.98664.2432-0.25730.924-0.7214-1.33540.6139-2.09480.15250.9548-0.13680.7604-0.29860.28560.9007-0.48810.849314.300253.0473-84.8933
263.49644.1790.21826.91262.11691.81190.04960.95150.0692-1.44360.7916-1.30850.52791.8023-0.88030.7269-0.26610.18080.8681-0.23010.919819.025866.1099-83.7608
275.4277-1.19991.16035.6442.68161.85510.21571.18060.2608-1.79860.1014-0.05380.04510.2806-0.51051.0842-0.32050.08321.1908-0.01090.44139.648360.6621-89.12
284.4843-4.1078-2.74477.82552.61765.79160.45170.84-0.1235-1.3786-0.45721.46160.3493-1.72760.18610.8933-0.3452-0.09071.181-0.04030.88261.593359.8764-87.0373
299.6965.4443-1.31158.5478-3.04914.43650.1803-0.1190.97451.5575-0.38021.195-0.051-0.470.23160.7653-0.04820.09580.57140.0050.59387.176166.6286-76.887
303.02994.9002-0.31688.71951.49249.0572-0.18630.7941-0.79420.07190.6491-1.48480.14810.5749-0.14470.5238-0.03680.09480.6342-0.02240.664716.764362.9285-75.1492
312.8054-1.5243-4.00772.13862.07365.7345-0.46241.2055-1.0082-0.2240.43870.35810.0904-0.50250.06250.5102-0.02120.21280.8834-0.02710.74956.059255.8815-78.1204
325.74632.808-2.83566.2105-4.7983.9121-0.67410.82340.626-0.92390.30532.8351-0.1798-0.38620.18430.974-0.1742-0.00851.42690.27332.0101-8.030157.5267-84.4906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 11:166 )A11 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 167:306 )A167 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 307:624 )A307 - 624
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 625:811 )A625 - 811
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 812:925 )A812 - 925
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 926:1024 )A926 - 1024
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID -1:6 )B-1 - 6
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 7:22 )B7 - 22
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 23:40 )B23 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 41:50 )B41 - 50
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 51:59 )B51 - 59
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 60:68 )B60 - 68
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND ( RESID 69:76 OR RESID 101:101 ) )B69 - 76
14X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND ( RESID 69:76 OR RESID 101:101 ) )B101
15X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN C AND RESID 11:545 )C11 - 545
16X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 546:909 )C546 - 909
17X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 910:1024 )C910 - 1024
18X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN D AND RESID 0:7 )D0 - 7
19X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN D AND RESID 8:16 )D8 - 16
20X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN D AND RESID 17:22 )D17 - 22
21X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN D AND RESID 23:34 )D23 - 34
22X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN D AND RESID 35:55 )D35 - 55
23X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN D AND RESID 56:65 )D56 - 65
24X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND ( RESID 66:76 OR RESID 101:101 ) )D66 - 76
25X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN D AND ( RESID 66:76 OR RESID 101:101 ) )D101
26X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN E AND RESID 0:11 )E0 - 11
27X-RAY DIFFRACTION25( CHAIN E AND RESID 12:17 )E12 - 17
28X-RAY DIFFRACTION26( CHAIN E AND RESID 18:22 )E18 - 22
29X-RAY DIFFRACTION27( CHAIN E AND RESID 23:34 )E23 - 34
30X-RAY DIFFRACTION28( CHAIN E AND RESID 35:44 )E35 - 44
31X-RAY DIFFRACTION29( CHAIN E AND RESID 45:56 )E45 - 56
32X-RAY DIFFRACTION30( CHAIN E AND RESID 57:65 )E57 - 65
33X-RAY DIFFRACTION31( CHAIN E AND RESID 66:71 )E66 - 71
34X-RAY DIFFRACTION32( CHAIN E AND RESID 72:76 )E72 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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