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- PDB-4nn0: Crystal structure of the C1QTNF5 globular domain in space group P63 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nn0
タイトルCrystal structure of the C1QTNF5 globular domain in space group P63
要素Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
キーワードCELL ADHESION / L-ORMD / late onset retinal macular degeneration / S163R / 10-strand jelly-roll fold / Cellular adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen trimer / inner ear development / protein secretion / bicellular tight junction / lateral plasma membrane / transport vesicle / cell projection / apical plasma membrane / extracellular space / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls ...: / C1q domain / C1q domain / C1q domain profile. / Complement component C1q domain. / Jelly Rolls - #40 / Tumour necrosis factor-like domain superfamily / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.42 Å
データ登録者Tu, X. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2014
タイトル: The macular degeneration-linked C1QTNF5 (S163) mutation causes higher-order structural rearrangements.
著者: Tu, X. / Palczewski, K.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
B: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
C: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,79626
ポリマ－49,2733
非ポリマー1,52423
水5,296294
1
A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子

A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子

A: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,97345
ポリマ－49,2733
非ポリマー2,70042
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area12630 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
2
B: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子

B: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子

B: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,95727
ポリマ－49,2733
非ポリマー1,68524
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area9780 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area16280 Å2
手法PISA
3
C: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子

C: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子

C: Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4596
ポリマ－49,2733
非ポリマー1863
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.603, 50.603, 268.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-313-

SO4

21A-313-

SO4

31B-306-

SO4

41B-306-

SO4

51A-401-

HOH

61A-429-

HOH

71A-510-

HOH

81A-514-

HOH

91A-518-

HOH

101B-401-

HOH

111B-427-

HOH

121B-503-

HOH

131B-509-

HOH

141C-401-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.496073, 0.868275, -0.003155), (0.868273, 0.496081, 0.002471), (0.00371, -0.001514, -0.999992)-25.2918, 14.73086, -11.95059

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要素

#1: タンパク質 Complement C1q tumor necrosis factor-related protein 5


分子量: 16424.301 Da / 分子数: 3 / 断片: globular domain (UNP residues 103-243) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C1QTNF5, CTRP5, UNQ303/PRO344 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BXJ0
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.42→134.27 Å / Num. all: 72461 / Num. obs: 72440 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1.42-1.53.90.1228.410017193.8
4.49-134.278.90.036562368199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
DPSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4F3J

4f3j


解像度: 1.42→134.265 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.173 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.01 / ESU R Free: 0.01 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14168 3645 5 %RANDOM
Rwork0.10438 ---
obs0.10622 68699 99.03 %-
all-72440 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.409 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.05 Å20 Å20 Å2
2--7.05 Å20 Å2
3----14.1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.14 Å0.14 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.07 Å0.07 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.42→134.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3241 0 95 294 3630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193476
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.9444707
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.38437269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5735425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.02223.077156
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.49815480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.561518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2486
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr19.7736638
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free38.543551
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.35656796
LS精密化 シェル解像度: 1.42→1.456 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.147 223 -
Rwork0.097 4530 -
obs--87.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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