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- PDB-4nmh: 11-beta-HSD1 in complex with a 3,3-Di-methyl-azetidin-2-one -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nmh
タイトル11-beta-HSD1 in complex with a 3,3-Di-methyl-azetidin-2-one
要素Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase INHIBITOR / NAD(P)-binding Rossmann-fold domains / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Glucocorticoid biosynthesis / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase / 7beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) / 7-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / Prednisone ADME / steroid metabolic process / lung development / NADP binding / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KG / Chem-NDP / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. ...McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. / Revill, J. / Scott, J.S. / Selmi, N. / Gerhardt, S. / Ogg, D.J. / Steinbacher, S. / Whittamore, P.R.O.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Identification and optimisation of 3,3-dimethyl-azetidin-2-ones as potent and selective inhibitors of 11 beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 (11-beta-HSD1)
著者: McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. / Revill, J. / Scott, J.S. / Selmi, N. / Gerhardt, S. / ...著者: McCoull, W. / Augustin, M. / Blake, C. / Ertan, A. / Kilgour, E.K. / Krapp, S. / Moore, J.E. / Newcombe, N.J. / Packer, M.J. / Rees, A. / Revill, J. / Scott, J.S. / Selmi, N. / Gerhardt, S. / Ogg, D.J. / Steinbacher, S. / Whittamore, P.R.O.
履歴
登録2013年11月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,61618
ポリマ－131,6204
非ポリマー4,99614
水59433
1
A: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
B: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3089
ポリマ－65,8102
非ポリマー2,4987
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
2
C: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
D: Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3089
ポリマ－65,8102
非ポリマー2,4987
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8490 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area21120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.132, 70.842, 95.653
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 30 - 285 / Label seq-ID: 34 - 289

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21DD
12BB
22CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Corticosteroid 11-beta-dehydrogenase isozyme 1 / 11-beta-hydroxysteroid dehydrogenase 1 / 11-DH / 11-beta-HSD1 / 11beta-HSD1A


分子量: 32905.098 Da / 分子数: 4 / 変異: M175V, Q177Y, I180V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hsd11b1, Hsd11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50172, 11beta-hydroxysteroid dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-2KG / (4S)-4-(2-methoxyphenyl)-3,3-dimethyl-1-[3-(methylsulfonyl)phenyl]azetidin-2-one


分子量: 359.439 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21NO4S
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.9 M ammonium sulphate, 0.1 M citrate at pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.037 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月3日 / 詳細: toroidal mirror
放射モノクロメーター: high resolution Si(311) cut and a lower resolution Si(111) cut
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.037 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→96.23 Å / Num. all: 25245 / Num. obs: 25245 / % possible obs: 87.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 40.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 3360 / % possible all: 80.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→96.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 15.504 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25139 1294 5.1 %RANDOM
Rwork0.19867 ---
all0.20132 25228 --
obs0.20132 25228 87.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.177 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å2-2.69 Å2
2---2.53 Å20 Å2
3---1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→96.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8142 0 322 33 8497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0228602
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025748
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9022.02611658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.592314109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.85851056
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.28823.851296
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.65151545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0091537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0480.21355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029149
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021632
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1810.21929
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.25638
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.24231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0760.24209
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1390.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.130.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.10.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.95626843
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.02722158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09738462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74643897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.57663188
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A1504tight positional0.010.05
2B1510tight positional0.010.05
1A1768medium positional0.360.5
2B1785medium positional0.370.5
1A1504tight thermal0.020.5
2B1510tight thermal0.020.5
1A1768medium thermal0.152
2B1785medium thermal0.152
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 99 -
Rwork0.285 1600 -
obs-1699 80.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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