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- PDB-4nlm: 1.18 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nlm
タイトル1.18 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo1340 from Listeria monocytogenes EGD-e
要素Lmo1340 protein
キーワードStructural genomics / Unknown function / Surface proteins / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性: / YqgU-like 6-bladed beta propeller domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lmo1340 protein
機能・相同性情報
生物種Listeria monocytogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.18 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.18 Angstrom resolution crystal structure of uncharacterized protein lmo1340 from Listeria monocytogenes EGD-e
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Shuvalova, L. / Grimshaw, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lmo1340 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2231
ポリマ－42,2231
非ポリマー00
水8,989499
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.224, 69.990, 52.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.61, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lmo1340 protein


分子量: 42223.316 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-363 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo1340 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic / 参照: UniProt: Q8Y7E3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.74 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: protein - 7.5 mg/mL in 10 mM Tris-HCl, pH 8.3, 0.5 M NaCl 5 mM BME, Crystallization - The PACT Suite (#D2: 0.1 M MMT buffer pH 5, 25 % (w/v) PEG1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月21日 / 詳細: Be lenses
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→30 Å / Num. all: 112400 / Num. obs: 112400 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 12.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 1.18→1.2 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.459 / Mean I/σ(I) obs: 2.33 / Num. unique all: 5714 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
MLPHARE位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.18→24.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.535 / SU ML: 0.031 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18116 5628 5 %RANDOM
Rwork0.14503 ---
obs0.14678 106618 95.86 %-
all-106618 --
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 19.499 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.41 Å2-0 Å2-0.02 Å2
2--2.4 Å20 Å2
3----2.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.18→24.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2670 0 0 499 3169
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023003
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5941.9664107
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71836561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8865381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.28525.625144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.11715531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.941159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02695
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr12.87235831
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.1787104
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.3676156
LS精密化 シェル解像度: 1.18→1.211 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 427 -
Rwork0.227 8018 -
obs-8018 97.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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