PDB-4nl3: Crystal Structure of Listeria monocytogenes Hfq in complex with U6 RNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nl3

タイトル

Crystal Structure of Listeria monocytogenes Hfq in complex with U6 RNA

要素

5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'
Protein hfq

キーワード

RNA BINDING PROTEIN/RNA / LSm/Sm proteins / RNA chaperone / sRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Listeria monocytogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Kovach, A.R. / Brennan, R.G.

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2014
タイトル: Recognition of U-rich RNA by Hfq from the Gram-positive pathogen Listeria monocytogenes.
著者: Kovach, A.R. / Hoff, K.E. / Canty, J.T. / Orans, J. / Brennan, R.G.

履歴

登録	2013年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software Item: _audit_author.name / _software.classification ..._audit_author.name / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nl3.cif.gz	183.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nl3.ent.gz	147.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nl3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nl3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nl/4nl3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nl2SC 4noyC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4noy-1 4noy-2 4nl2-1 4nl2-2 4hfq-d 1qcb-d 2wv6-2 4j5y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

D: Protein hfq

A: Protein hfq

B: Protein hfq

C: Protein hfq

E: Protein hfq

F: Protein hfq

J: Protein hfq

G: Protein hfq

H: Protein hfq

I: Protein hfq

K: Protein hfq

L: Protein hfq

R: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'

Z: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'

108 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

D: Protein hfq

A: Protein hfq

B: Protein hfq

J: Protein hfq

G: Protein hfq

H: Protein hfq

R: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Protein hfq

E: Protein hfq

F: Protein hfq

I: Protein hfq

K: Protein hfq

L: Protein hfq

Z: 5'-R(*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3'

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.1 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.028, 123.934, 67.595
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.060, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D
5	1	chain E
6	1	chain F
7	1	chain G
8	1	chain H
9	1	chain I
10	1	chain J
11	1	chain K
12	1	chain L
1	2	chain R
2	2	chain Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ASN	ASN	chain A	A	B	2 - 73	2 - 73
2	1	LYS	LYS	LEU	LEU	chain B	B	C	2 - 72	2 - 72
3	1	MET	MET	PRO	PRO	chain C	C	D	1 - 74	1 - 74
4	1	MET	MET	ASN	ASN	chain D	D	A	1 - 73	1 - 73
5	1	LYS	LYS	ASN	ASN	chain E	E	E	2 - 73	2 - 73
6	1	MET	MET	ASP	ASP	chain F	F	F	1 - 75	1 - 75
7	1	MET	MET	ASN	ASN	chain G	G	H	1 - 73	1 - 73
8	1	LYS	LYS	LEU	LEU	chain H	H	I	2 - 72	2 - 72
9	1	MET	MET	PRO	PRO	chain I	I	J	1 - 74	1 - 74
10	1	MET	MET	ASN	ASN	chain J	J	G	1 - 73	1 - 73
11	1	MET	MET	ASN	ASN	chain K	K	K	1 - 73	1 - 73
12	1	MET	MET	PRO	PRO	chain L	L	L	1 - 74	1 - 74
1	2	U	U	U	U	chain R	R	M	17 - 22	1 - 6
2	2	U	U	U	U	chain Z	Z	N	27 - 32	1 - 6

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Protein hfq 分子量: 8724.953 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Listeria monocytogenes (バクテリア) 遺伝子: hfq, LMHCC_1277 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8DG33, UniProt: Q92C58*PLUS
#2: RNA鎖	5'-R(UPUPUPUPUPU)-3' 分子量: 1792.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 40% 1,2-propanediol, 100 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月29日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 17828 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 53.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.114 / Χ²: 1.666 / Net I/σ(I): 7.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
3.1-3.15	2.1	0.303	639	1.114	1	70.5
3.15-3.21	2.3	0.263	749	1.346	1	79
3.21-3.27	2.5	0.269	796	1.049	1	87
3.27-3.34	2.7	0.247	863	1.258	1	92.6
3.34-3.41	3	0.229	855	1.373	1	95.5
3.41-3.49	3.2	0.204	895	1.328	1	97
3.49-3.58	3.3	0.211	944	1.549	1	99.4
3.58-3.68	3.4	0.209	924	1.666	1	99.5
3.68-3.78	3.6	0.17	903	1.643	1	99.9
3.78-3.91	3.6	0.183	946	1.456	1	100
3.91-4.04	3.7	0.152	903	1.526	1	99.8
4.04-4.21	3.7	0.114	934	1.613	1	100
4.21-4.4	3.6	0.095	945	1.962	1	100
4.4-4.63	3.6	0.086	922	1.908	1	99.9
4.63-4.92	3.6	0.094	920	2.038	1	99.9
4.92-5.3	3.6	0.098	942	1.831	1	99.8
5.3-5.83	3.6	0.113	945	1.888	1	99.8
5.83-6.67	3.6	0.098	913	2.011	1	99.8
6.67-8.4	3.5	0.073	946	1.794	1	99.8
8.4-50	3.3	0.041	944	1.791	1	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NL2

4nl2

解像度: 3.1→45.675 Å / FOM work R set: 0.7677 / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2827	907	5.11 %
R_work	0.2211	16853	-
obs	0.2242	17760	95.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 113.01 Å² / B_iso mean: 36.02 Å² / B_iso min: 11.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.675 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6932	234	0	2	7168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7292
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.182	9859
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1236
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.606	2733

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	2	B	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	3	C	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	4	D	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	5	E	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	6	F	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	7	G	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	8	H	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	9	I	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	10	J	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	11	K	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
1	12	L	4242	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
2	1	R	136	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL
2	2	Z	136	X-RAY DIFFRACTION	20.533	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.0997-3.2938	0.371	124	0.2527	2319	2443	80
3.2938-3.5481	0.3441	157	0.2484	2838	2995	96
3.5481-3.905	0.3046	150	0.2322	2910	3060	100
3.905-4.4696	0.254	152	0.2045	2945	3097	100
4.4696-5.6296	0.2593	161	0.2021	2927	3088	100
5.6296-45.6795	0.2548	163	0.2223	2914	3077	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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