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- PDB-4nkr: The Crystal structure of Bacillus subtilis MobB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nkr
タイトルThe Crystal structure of Bacillus subtilis MobB
要素Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
キーワードUNKNOWN FUNCTION / P-loop / Walker A motif / nucleotide binding / GTP / phosphate binding / Cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B (MobB) domain / : / Molybdopterin guanine dinucleotide synthesis protein B / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Choe, J. / Kim, D. / Choi, S. / Kim, H.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Insight into the Role of E.coli MobB in Molybdenum Cofactor Biosynthesis based on the high resolution crystal structure
著者: Mcluskey, K.
履歴
登録2013年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
B: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
C: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
D: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
E: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,65918
ポリマ－92,4105
非ポリマー1,24913
水4,125229
1
A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子

A: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5418
ポリマ－36,9642
非ポリマー5766
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area5730 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area14590 Å2
手法PISA
2
B: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
E: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4447
ポリマ－36,9642
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5550 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area15990 Å2
手法PISA
3
C: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
D: Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4447
ポリマ－36,9642
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5000 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area14960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)225.528, 42.107, 93.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.99, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Molybdopterin-guanine dinucleotide biosynthesis protein B


分子量: 18482.086 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. spizizenii (バクテリア)
株: ATCC 23059 / NRRL B-14472 / W23 / 参照: UniProt: E0U3U4
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% PEG 3350, 0.4M Ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PHILLIPS / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 2013年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 31830 / % possible obs: 98.8 %
反射 シェル最高解像度: 2 Å / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→29.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 11.044 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.542 / ESU R Free: 0.351 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32077 1682 5 %RANDOM
Rwork0.22669 ---
obs0.23146 31830 98.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.149 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.01 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→29.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5991 0 65 229 6285
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0196146
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9848315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.824313950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.7775748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.31324.779272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.38151114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1861530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021323
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.472 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.448 131 -
Rwork0.312 2260 -
obs--95.45 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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