PDB-4nk4: Crystal structure of FabI from Candidatus Liberibacter asiaticus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nk4

タイトル

Crystal structure of FabI from Candidatus Liberibacter asiaticus

要素

Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Enoyl-ACP Reductase I

機能・相同性

NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Liberibacter asiaticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Jiang, L. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures and kinetic properties of enoyl-acyl carrier protein reductase I from Candidatus Liberibacter asiaticus.
著者: Jiang, L. / Gao, Z. / Li, Y. / Wang, S. / Dong, Y.

履歴

登録	2013年11月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nk4.cif.gz	335.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nk4.ent.gz	271.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nk4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nk4_validation.pdf.gz	501.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nk4_full_validation.pdf.gz	513.5 KB	表示
XML形式データ	4nk4_validation.xml.gz	69.8 KB	表示
CIF形式データ	4nk4_validation.cif.gz	101.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nk4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nk/4nk4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4nk5C 3grkS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oa3-d 4a0d-d 4na5-d 6qo8-d 6oa1-d 1xpo-4 5ell-d 6hh6-d 1p45-d 4na6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

199 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

C: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

D: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

E: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

F: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH]

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	203.488, 203.488, 81.764
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-447- HOH
2	1	B-565- HOH
3	1	B-633- HOH

#1: タンパク質	Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] / FabI 分子量: 33032.586 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Liberibacter asiaticus (バクテリア) 遺伝子: WSI_01645 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: M4Q2P0, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.11 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, 200 mM sodium chloride, 50% PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年7月10日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 230676 / Num. obs: 230676 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 25.8
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique all: 11291 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GRK

3grk

解像度: 1.7→43.194 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2014	10619	5.02 %	RANDOM
R_work	0.1738	-	-	-
all	0.1752	212252	-	-
obs	0.1738	211615	99.71 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 29.718 Å² / k_sol: 0.336 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1967 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1967 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.3933 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→43.194 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11830	0	70	1442	13342

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12124
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.177	16378
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.745	4446
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1835
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2093

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.2873	358	0.2497	6589	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7193-1.7395	0.2789	348	0.2374	6714	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7395-1.7608	0.2584	362	0.2199	6569	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.7831	0.2462	352	0.2086	6668	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7831-1.8065	0.2363	351	0.199	6614	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.239	357	0.2084	6639	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8313-1.8574	0.2427	360	0.199	6660	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8852	0.228	342	0.1893	6656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.9146	0.2018	334	0.1826	6681	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.2117	380	0.1865	6688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9796	0.2062	345	0.1823	6683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9796-2.0155	0.2247	332	0.1859	6654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0543	0.2292	343	0.1867	6738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.2266	352	0.1868	6702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.2147	366	0.1726	6646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.2025	350	0.1734	6715	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2465	0.209	349	0.1743	6670	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2465-2.3072	0.1922	357	0.171	6761	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.3751	0.205	324	0.1704	6696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3751-2.4517	0.2085	340	0.1711	6714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5393	0.2112	372	0.1775	6711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5393-2.641	0.2194	323	0.1767	6807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.641-2.7612	0.2038	367	0.1744	6661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7612-2.9067	0.2035	378	0.176	6696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9067-3.0888	0.2079	335	0.1834	6784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0888-3.3272	0.2063	384	0.1782	6712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3272-3.6619	0.1953	363	0.1638	6749	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6619-4.1914	0.1576	339	0.1421	6783	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1914-5.2792	0.1522	379	0.1439	6780	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2792-43.2079	0.1933	377	0.1731	6856	X-RAY DIFFRACTION	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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