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- PDB-4njq: Structural and kinetic bases for the metal preference of the M18 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4njq
タイトルStructural and kinetic bases for the metal preference of the M18 aminopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
要素Probable M18 family aminopeptidase 2
キーワードHYDROLASE / metallopeptidase / aspartyl aminopeptidase / cobalt complex / Tetrahedral shape dodecameric structure / Metal binding
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
M18 family aminopeptidase 2, putative / Aminopeptidase i, Domain 2 / Aminopeptidase i, Domain 2 / Peptidase M18 / Peptidase M18, domain 2 / Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) / Zn peptidases / Aminopeptidase / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich ...M18 family aminopeptidase 2, putative / Aminopeptidase i, Domain 2 / Aminopeptidase i, Domain 2 / Peptidase M18 / Peptidase M18, domain 2 / Aminopeptidase I zinc metalloprotease (M18) / Zn peptidases / Aminopeptidase / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / CARBONATE ION / Probable M18 family aminopeptidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.702 Å
データ登録者Nguyen, D.D. / Pandian, R. / Kim, D.Y. / Ha, S.C. / Yun, K.H. / Kim, K.S. / Kim, J.H. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2014
タイトル: Structural and kinetic bases for the metal preference of the M18 aminopeptidase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Nguyen, D.D. / Pandian, R. / Kim, D. / Ha, S.C. / Yoon, H.J. / Kim, K.S. / Yun, K.H. / Kim, J.H. / Kim, K.K.
履歴
登録2013年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22014年4月23日Group: Database references
改定 1.32014年9月17日Group: Database references
改定 1.42019年11月20日Group: Derived calculations / カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
改定 1.52024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2
C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,18719
ポリマ－186,8544
非ポリマー1,33315
水1,856103
1
A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2
C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2
ヘテロ分子

A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2
C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2
ヘテロ分子

A: Probable M18 family aminopeptidase 2
B: Probable M18 family aminopeptidase 2
C: Probable M18 family aminopeptidase 2
D: Probable M18 family aminopeptidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)564,56157
ポリマ－560,56112
非ポリマー4,00045
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area85630 Å2
ΔGint-474 kcal/mol
Surface area151170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.205, 133.205, 322.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

-
要素

#1: タンパク質
Probable M18 family aminopeptidase 2


分子量: 46713.422 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N terminal 6 X His tag with TEV cutting site right after His tag
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: apeB, PA3247 / プラスミド: pVFT1S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: Q9HYZ3, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アミノペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#4: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.64 %
結晶化温度: 295 K / 手法: microbatch crystallization / pH: 8
詳細: 30% PEG400, 0.2M magnesium chloride, 0.1mM zinc chloride , pH 8.0, Microbatch Crystallization, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月7日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 54605 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.7→50 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / Mean I/σ(I) obs: 7.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.702→42.764 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 2920 5.08 %
Rwork0.1673 --
obs0.1702 54605 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.476 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.702→42.764 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12652 0 63 103 12818
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812962
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21117588
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7854732
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451954
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7024-2.74670.2691310.20152540X-RAY DIFFRACTION96
2.7467-2.7940.32961320.2112519X-RAY DIFFRACTION96
2.794-2.84480.26771330.19462558X-RAY DIFFRACTION96
2.8448-2.89950.27791470.1932521X-RAY DIFFRACTION97
2.8995-2.95870.28671460.18332586X-RAY DIFFRACTION97
2.9587-3.0230.2381650.17532564X-RAY DIFFRACTION98
3.023-3.09330.25251330.17622560X-RAY DIFFRACTION98
3.0933-3.17070.2581410.17952632X-RAY DIFFRACTION99
3.1707-3.25640.24091170.18532604X-RAY DIFFRACTION99
3.2564-3.35220.26531310.19152625X-RAY DIFFRACTION99
3.3522-3.46030.26851170.17732669X-RAY DIFFRACTION100
3.4603-3.58390.25251300.17662660X-RAY DIFFRACTION100
3.5839-3.72730.23381350.16362603X-RAY DIFFRACTION100
3.7273-3.89690.22021540.15482656X-RAY DIFFRACTION100
3.8969-4.10220.20011320.15052613X-RAY DIFFRACTION100
4.1022-4.35890.19511410.14492658X-RAY DIFFRACTION100
4.3589-4.69510.20621290.1372653X-RAY DIFFRACTION100
4.6951-5.16690.17511580.14772579X-RAY DIFFRACTION99
5.1669-5.91290.19871550.17042615X-RAY DIFFRACTION99
5.9129-7.44320.2221530.17732616X-RAY DIFFRACTION99
7.4432-42.76970.17841400.16972560X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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