PDB-4nht: X-ray structure of the complex between hen egg white lysozyme and...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nht

タイトル

X-ray structure of the complex between hen egg white lysozyme and pentachlorocarbonyliridate(III) (6 days)

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / peptidoglycan / bacterial cell wall

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Petruk, A.A. / Bikiel, D.E. / Vergara, A. / Merlino, A.

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2014
タイトル: Interaction between proteins and Ir based CO releasing molecules: mechanism of adduct formation and CO release.
著者: Petruk, A.A. / Vergara, A. / Marasco, D. / Bikiel, D. / Doctorovich, F. / Estrin, D.A. / Merlino, A.

履歴

登録	2013年11月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年9月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年6月24日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nht.cif.gz	42.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nht.ent.gz	28.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nht.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nht_validation.pdf.gz	443.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nht_full_validation.pdf.gz	444.4 KB	表示
XML形式データ	4nht_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	4nht_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nht ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nht	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n9rC 4nhpC 4nhqC 4nhsC 4nijC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lt0-d 6pl9-d 1hew-d 2z19-d 5apc-d 2hu3-d 3wxt-d 1yil-d 7lyz-d 3j6k-d 7jmu-1 1jj3-1 6agn-d 2lyo-d 4uwu-d 1vau-d 4x3b-d 3a90-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Lysozyme C

ヘテロ分子

16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.583, 78.583, 37.118
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1104- HOH
2	1	A-1106- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-2T8 / carbonyl(tetrachloro)oxidoiridium 分子量: 378.038 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CCl₄IrO₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
非ポリマーの詳細	THIS ENTRY REPORTS THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADDUCT RESULTING FROM THE REACTION OF [IR(CL)5CO]2- ...THIS ENTRY REPORTS THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE ADDUCT RESULTING FROM THE REACTION OF [IR(CL)5CO]2- WITH HEN EGG WHITE LYSOZIME (HEWL). THE STARTING METAL COMPLEX EXCHANGE A CL- ION WITH A WATER MOLECULE. THE DATA SUGGEST THAT THE ACTUAL MOLECULE BOUND TO HEWL IS [IRCL4CO(H2O)]-1. THIS EXCHANGE ALSO AGREES WITH PREVIOUS EXPERIMENTAL RESULTS OBTAINED USING THE SAME MOLECULE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Ir(Cl)5CO for 6 days, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	日付: 2012年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→55.567 Å / Num. all: 14522 / Num. obs: 14522 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
CrystalClear	データ収集
CNS	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
CNS	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.65→25.52 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	Selection details
R_free	0.2279	877	RANDOM
R_work	0.1988	-	-
all	0.2121	12517	-
obs	0.2121	11640	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→25.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	40	77	1118

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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