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万見
- PDB-4ng6: The effects of Lysine 200 and Phenylalanine 239 Farnesyl Pyrophos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ng6
タイトルThe effects of Lysine 200 and Phenylalanine 239 Farnesyl Pyrophosphate Synthase (FPPS) mutations on the catalytic activity, crystal structure and inhibition by nitrogen containing bisphosphonates
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / Alpha-Helical Prenyltransferase / Isoprene Biosynthesis / Lipid Synthesis / Steroid Biosynthesis / Isoprenoid Pathway / Cholesterol Synthesis / Bisphosphonates
機能・相同性
機能・相同性情報


geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome ...geranyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / Cholesterol biosynthesis / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase activity / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / peroxisome / mitochondrial matrix / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / Chem-RIS / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Tsoumpra, M.K. / Muniz, J.R.C. / Barnett, B.L. / Pilka, E. / Kwaasi, A.A. / Kavanagh, K.L. / Evdokimov, A. / Walter, R.L. / Ebetino, F.H. / Oppermann, U. ...Tsoumpra, M.K. / Muniz, J.R.C. / Barnett, B.L. / Pilka, E. / Kwaasi, A.A. / Kavanagh, K.L. / Evdokimov, A. / Walter, R.L. / Ebetino, F.H. / Oppermann, U. / Russell, R.G.G. / Dunford, J.E.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: The effects of Lysine 200 and Phenylalanine 239 Farnesyl Pyrophosphate Synthase (FPPS) mutations on the catalytic activity, crystal structure and inhibition by nitrogen containing bisphosphonates
著者: Tsoumpra, M.K. / Muniz, J.R.C. / Barnett, B.L. / Pilka, E. / Kwaasi, A.A. / Kavanagh, K.L. / Evdokimov, A. / Walter, R.L. / Ebetino, F.H. / Oppermann, U. / Russell, R.G.G. / Dunford, J.E.
履歴
登録2013年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: pdbx_database_related
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_database_related.db_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7316
ポリマ－43,1291
非ポリマー6025
水3,819212
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,46212
ポリマ－86,2582
非ポリマー1,20410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area6970 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area27610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.740, 111.740, 66.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-556-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase / FPP synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / ...FPP synthase / FPS / (2E / 6E)-farnesyl diphosphate synthase / Dimethylallyltranstransferase / Farnesyl diphosphate synthase / Geranyltranstransferase


分子量: 43128.961 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 67-419 / 変異: K200L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FDPS, FPS, KIAA1293 / プラスミド: Pet 11 derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P14324, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase, dimethylallyltranstransferase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-IPE / 3-METHYLBUT-3-ENYL TRIHYDROGEN DIPHOSPHATE / ISOPENTENYL PYROPHOSPHATE / イソペンテニル二りん酸


分子量: 246.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O7P2
#4: 化合物 ChemComp-RIS / 1-HYDROXY-2-(3-PYRIDINYL)ETHYLIDENE BIS-PHOSPHONIC ACID / Risedronate / リセドロナ-ト


分子量: 283.112 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H11NO7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M NH4CL, PEG 6000, 10% Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: 2011-02-03
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→33.98 Å / Num. all: 17999 / Num. obs: 17960 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 46.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.161 / Rsym value: 0.161 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CP6

3cp6


解像度: 2.35→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9463 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9111 / SU R Cruickshank DPI: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 914 5.09 %RANDOM
Rwork0.1777 ---
obs0.1803 17960 99.2 %-
all-17999 --
原子変位パラメータBiso mean: 46.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.925 Å20 Å20 Å2
2--3.925 Å20 Å2
3----7.85 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.285 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2735 0 34 212 2981
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012895HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.983941HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1380SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes79HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes419HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2895HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion366SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3680SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.49 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 145 5.16 %
Rwork0.218 2663 -
all0.22 2808 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8608-0.3238-2.85383.1879-2.39310.1206-0.04-0.0894-0.04190.1140.0909-0.04030.1856-0.3002-0.0508-0.096-0.10360.0295-0.08840.101-0.0016-29.9387-0.190626.7052
20.5631.0080.85310.4108-0.60671.29440.0082-0.2231-0.0940.2686-0.069200.05210.15880.0609-0.0512-0.00210.0483-0.0392-0.02730.2538-24.405915.820433.5271
30.8316-0.56220.28293.29560.04661.1720.0445-0.0213-0.13620.1455-0.06450.35470.1889-0.07040.02-0.0987-0.0477-0.0007-0.1290.00220.1592-28.53945.503418.6291
42.3631-0.45-0.14580.26560.29330.4346-0.0184-0.1861-0.05150.38950.00150.07780.1616-0.0080.0168-0.0327-0.0173-0.0228-0.09070.00220.0829-17.925410.349123.154
50.00520.56080.36750.03650.82680-0.01980.08610.0729-0.13940.01590.0093-0.00610.03550.0038-0.0544-0.0225-0.01-0.1299-0.0190.1437-18.978313.13438.3697
62.08010.3630.79242.1773-0.07540-0.0220.21090.1331-0.52120.1182-0.0251-0.04950.1018-0.0962-0.01630.0011-0.0123-0.1677-0.05490.1557-29.701417.5351-1.846
70.5551-0.47640.57672.3605-0.54051.3221-0.00360.09850.0646-0.35160.0247-0.01580.24910.0984-0.0211-0.0345-0.016-0.0745-0.2033-0.06490.1152-26.27592.30973.854
81.407-0.86480.85632.5477-0.73880.07570.13780.1670.0012-0.54420.02510.54420.0182-0.2215-0.1629-0.03180.0084-0.1358-0.1636-0.01840.1958-43.042921.3347-2.1507
90.0110.1954-0.51770.52580.55011.1351-0.06070.16180.1063-0.37170.08780.25310.147-0.2146-0.0271-0.0653-0.026-0.152-0.1861-0.01410.2243-41.9448.0732-4.5873
101.09442.38411.20532.21111.69990.4238-0.01880.0507-0.0469-0.12680.06060.18140.2591-0.0627-0.0418-0.0225-0.0214-0.0721-0.14410.02230.158-32.5302-5.19355.5256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|10 - 28}A10 - 28
2X-RAY DIFFRACTION2{A|29 - 52}A29 - 52
3X-RAY DIFFRACTION3{A|53 - 124}A53 - 124
4X-RAY DIFFRACTION4{A|125 - 152}A125 - 152
5X-RAY DIFFRACTION5{A|153 - 177}A153 - 177
6X-RAY DIFFRACTION6{A|178 - 206}A178 - 206
7X-RAY DIFFRACTION7{A|207 - 249}A207 - 249
8X-RAY DIFFRACTION8{A|250 - 294}A250 - 294
9X-RAY DIFFRACTION9{A|295 - 332}A295 - 332
10X-RAY DIFFRACTION10{A|333 - 353}A333 - 353

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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