PDB-4ng3: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase from Sphing...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ng3

タイトル

Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase from Sphingomonas paucimobilis complexed with 4-Hydroxy-3-methoxy-5-nitrobenzoic acid

要素

5-carboxyvanillate decarboxylase

キーワード

LYASE / Amidohydrolase fold / 5-carboxyvanillate decarboxylase / 4-Hydroxy-3-methoxy-5-nitrobenzoic acid

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolic process / : / : / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.751 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of 5-carboxyvanillate decarboxylase from Sphingomonas paucimobilis complexed with 4-Hydroxy-3-methoxy-5-nitrobenzoic acid
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Vladimirova, A. / Raushel, F.M. / Almo, S.C.

履歴

登録	2013年11月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年11月13日	ID: 4L5P
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ng3.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ng3.ent.gz	935.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ng3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ng3_validation.pdf.gz	496.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ng3_full_validation.pdf.gz	507.4 KB	表示
XML形式データ	4ng3_validation.xml.gz	116.5 KB	表示
CIF形式データ	4ng3_validation.cif.gz	175.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/4ng3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ng/4ng3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4icmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ni8-3 4icm-2 4l6d-4 4ni8-1 4l6d-1 4icm-3 4l6d-3 4l6d-2 6gc1-3 4ni8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 5-carboxyvanillate decarboxylase

B: 5-carboxyvanillate decarboxylase

C: 5-carboxyvanillate decarboxylase

D: 5-carboxyvanillate decarboxylase

E: 5-carboxyvanillate decarboxylase

F: 5-carboxyvanillate decarboxylase

G: 5-carboxyvanillate decarboxylase

H: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

300 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 5-carboxyvanillate decarboxylase

H: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 5-carboxyvanillate decarboxylase

G: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: 5-carboxyvanillate decarboxylase

F: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: 5-carboxyvanillate decarboxylase

E: 5-carboxyvanillate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.544, 100.399, 100.024
Angle α, β, γ (deg.)	66.64, 67.96, 88.24
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	5-carboxyvanillate decarboxylase 分子量: 37071.203 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア) 遺伝子: ligW / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RJ47

-
非ポリマー , 5種, 2806分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-1DF / 4-hydroxy-3-methoxy-5-nitrobenzoic acid 分子量: 213.144 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇NO₆
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 10000, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月14日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.751→48.714 Å / Num. all: 257266 / Num. obs: 257266 / % possible obs: 96.69 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ICM

4icm

解像度: 1.751→48.714 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1884	12933	5.03 %	RANDOM
R_work	0.1519	-	-	-
all	0.1537	257266	-	-
obs	0.1537	257266	96.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.751→48.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20872	0	195	2777	23844

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	21701
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.124	29513
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.359	7978
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	3232
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	3897

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7506-1.7705	0.2807	408	0.2314	7658	X-RAY DIFFRACTION	92
1.7705-1.7913	0.2707	457	0.2275	8053	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7913-1.8132	0.261	452	0.2182	7932	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8132-1.8361	0.2593	438	0.205	8088	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8361-1.8603	0.2613	394	0.2004	8054	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8603-1.8858	0.2503	417	0.1951	7971	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8858-1.9127	0.2373	438	0.186	8066	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9127-1.9413	0.2184	416	0.179	8016	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9413-1.9716	0.22	436	0.1837	8194	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9716-2.0039	0.2447	414	0.1819	8111	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0039-2.0385	0.1993	417	0.1609	8084	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0385-2.0755	0.22	453	0.1596	8062	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0755-2.1155	0.1907	420	0.1545	8134	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1155-2.1586	0.172	438	0.1383	8108	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1586-2.2056	0.1909	412	0.1467	8141	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2056-2.2569	0.2051	430	0.1488	8127	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2569-2.3133	0.1979	452	0.1467	8193	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3133-2.3759	0.1935	463	0.1458	8191	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3759-2.4458	0.1894	417	0.1492	8146	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4458-2.5247	0.1957	455	0.1495	8181	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5247-2.6149	0.2015	410	0.1513	8254	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6149-2.7196	0.1967	421	0.1489	8212	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7196-2.8434	0.1889	423	0.1542	8234	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8434-2.9933	0.1945	408	0.1492	8302	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9933-3.1808	0.1941	443	0.1522	8233	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1808-3.4263	0.1585	460	0.146	8263	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4263-3.771	0.1616	416	0.135	8290	X-RAY DIFFRACTION	99
3.771-4.3164	0.1523	444	0.1266	8342	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3164-5.4371	0.1387	437	0.1191	8343	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4371-48.7331	0.1644	444	0.1496	8350	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5012	0.1371	0.0056	0.4451	0.0759	0.3837	-0.0289	0.0576	0.0534	-0.0542	0.0235	-0.0115	-0.0353	0.0138	0.0037	0.0679	0.0097	-0.0001	0.0752	0.0057	0.0693	34.9863	-69.4113	41.4529
2	0.367	-0.0089	0.0297	0.3363	-0.0426	0.3768	0.0007	-0.0421	0.0289	0.0306	0.0028	-0.0484	-0.0207	0.0713	-0.0016	0.0527	0.0066	-0.0008	0.094	-0.0136	0.0734	50.2913	-65.6704	84.0294
3	0.5238	-0.04	-0.0566	0.349	0.0963	0.4268	-0.011	-0.0423	-0.0682	0.0276	0.0002	-0.0276	0.0569	0.0531	0.0062	0.0614	0.015	-0.0006	0.0807	0.0116	0.0733	48.1034	-110.5233	88.7878
4	0.2826	0.0451	0.0284	0.262	0.0079	0.3929	-0.0107	0.0322	-0.0252	-0.0509	0.009	-0.027	0.0347	0.0345	0.0035	0.0648	0.014	0.0079	0.0764	-0.0116	0.0625	33.1327	-114.6657	46.2871
5	0.3091	0.0366	-0.0359	0.3082	-0.0469	0.333	-0.0025	0.0055	-0.014	-0.007	-0.0024	0.0295	0.0339	-0.0506	0.0038	0.0566	0.0076	-0.0017	0.0777	-0.0108	0.0664	4.2687	-116.0341	62.5997
6	0.4477	0.006	-0.0692	0.4149	0.0378	0.413	0.0027	-0.0778	-0.0262	0.0727	-0.0213	0.0169	0.0141	-0.0165	0.0162	0.0636	-0.0002	0.0044	0.0865	-0.0035	0.0616	19.5008	-102.0462	102.9065
7	0.3962	-0.0681	0.008	0.33	-0.0587	0.4116	-0.0032	-0.0453	0.0643	0.0387	0.0002	0.0406	-0.0523	-0.0273	0.0022	0.0603	0.014	0.0047	0.0746	-0.0162	0.0822	17.9936	-59.0632	88.7834
8	0.4236	0.0529	-0.0078	0.4369	0.033	0.4027	-0.0109	0.0604	0.0544	-0.047	0.0119	0.0898	-0.0208	-0.0786	0.0006	0.0585	0.0144	-0.0154	0.0999	0.0047	0.0909	2.7292	-72.972	48.3987

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

-
非ポリマー , 5種, 2806分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

-非ポリマー , 5種, 2806分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

-
非ポリマー , 5種, 2806分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)