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- PDB-4nfr: Human brain aspartoacylase mutant E285A complex with intermediate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfr
タイトルHuman brain aspartoacylase mutant E285A complex with intermediate analog (N-phosphonomethyl-L-aspartate)
要素Aspartoacylase
キーワードHYDROLASE / Canavan disease / N-acetyl-L-aspartate / Zinc-dependent hydrolase / aspartoacylase family / aminoacylase-2
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartoacylase / aspartoacylase activity / acetate metabolic process / aspartate metabolic process / central nervous system myelination / Aspartate and asparagine metabolism / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / identical protein binding ...aspartoacylase / aspartoacylase activity / acetate metabolic process / aspartate metabolic process / central nervous system myelination / Aspartate and asparagine metabolism / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / hydrolase activity, acting on ester bonds / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-terminal domain of TfIIb - #160 / Aspartoacylase / Succinylglutamate desuccinylase/aspartoacylase / Succinylglutamate desuccinylase / Aspartoacylase family / N-terminal domain of TfIIb / Zn peptidases / Single Sheet / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[HYDROXY(METHYL)PHOSPHORYL]-L-ASPARTIC ACID / Aspartoacylase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wijayasinghe, Y.S. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Aspartoacylase catalytic deficiency as the cause of canavan disease: a structural perspective.
著者: Wijayasinghe, Y.S. / Pavlovsky, A.G. / Viola, R.E.
履歴
登録2013年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartoacylase
B: Aspartoacylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,0056
ポリマ－71,4522
非ポリマー5534
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area25220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.736, 147.736, 102.738
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21B-606-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 10 - 310 / Label seq-ID: 10 - 310

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Aspartoacylase / Aminoacylase-2 / ACY-2


分子量: 35726.047 Da / 分子数: 2 / 変異: E285A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACY2, ASP, ASPA / プラスミド: PPICZA / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P45381, aspartoacylase
#2: 化合物 ChemComp-AS9 / N-[HYDROXY(METHYL)PHOSPHORYL]-L-ASPARTIC ACID / N-PHOSPHONOMETHYL-L-ASPARTIC ACID / (2S)-2-(HYDROPEROXY(METHOXY)PHOSPHORYLAMINO)SUCCINIC ACID


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 211.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.64 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 14% PEG 3350, 0.05M sodium citrate, 0.3M potassium phosphate (dibasic), 3% ethylene glycol, 0.01M DTT, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月29日 / 詳細: Kirkpatrick-Baez mirrors
放射モノクロメーター: Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 17286 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 49.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 377 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
CCP4モデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB Entry 2o4h

2o4h


解像度: 3→46.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 16.388 / SU ML: 0.288 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.445 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24052 886 5.1 %RANDOM
Rwork0.19089 ---
obs0.19344 16360 73.79 %-
all-39582 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.64 Å20 Å20 Å2
2--3.64 Å20 Å2
3----7.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→46.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4834 0 28 33 4895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0194980
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024766
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1481.976752
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.897311010
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8995600
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69624.397232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.24515866
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9481524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2817.0192412
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.287.022413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.38710.523008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.38110.523008
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2417.4522568
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.247.4542569
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.53811.0143745
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.66155.1685406
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.62755.1625404
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 18108 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.432 16 -
Rwork0.28 242 -
obs--15.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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