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万見
- PDB-4nfl: Crystal structure of human mitochondrial 5'(3')-deoxyribonucleoti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nfl
タイトルCrystal structure of human mitochondrial 5'(3')-deoxyribonucleotidase in complex with the inhibitor NPB-T
要素5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HAD-like / nucleotidase / mitochondria / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide catabolic process / nucleotidase activity / dUMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / 5'-nucleotidase activity / DNA replication / mitochondrial matrix / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2JW / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.375 Å
データ登録者Pachl, P. / Rezacova, P. / Brynda, J.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Conformationally constrained nucleoside phosphonic acids - potent inhibitors of human mitochondrial and cytosolic 5'(3')-nucleotidases.
著者: Simak, O. / Pachl, P. / Fabry, M. / Budesinsky, M. / Jandusik, T. / Hnizda, A. / Sklenickova, R. / Petrova, M. / Veverka, V. / Rezacova, P. / Brynda, J. / Rosenberg, I.
履歴
登録2013年10月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,25319
ポリマ－23,1681
非ポリマー2,08418
水5,260292
1
A: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,50538
ポリマ－46,3372
非ポリマー4,16836
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area10580 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.650, 73.650, 105.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-484-

HOH

21A-575-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial / 5' / 3'-nucleotidase / mitochondrial / Deoxy-5'-nucleotidase 2 / dNT-2


分子量: 23168.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5M, DNT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NPB1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 7種, 310分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-2JW / 1-{2-deoxy-3,5-O-[(4-nitrophenyl)(phosphono)methylidene]-beta-D-threo-pentofuranosyl}-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 455.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18N3O10P
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20 mM potassium phosphate monobasic, 8% PEG8000, 10% glycerol, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.97826 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月31日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97826 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.375→52.078 Å / Num. obs: 56940 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 26.11
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.375-1.450.6741.9126774617661.9
1.45-1.550.4044.1348600806586.1
1.55-1.670.238.8371625875799.8
1.67-1.830.12815.3167365806399.6
1.83-2.050.06627.3461312730799.2
2.05-2.360.0442.3154343644398.7
2.36-2.890.03254.9745929544597.9
2.89-4.080.02768.6335350424696.6
4.080.02672.8519342243794.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4L6A

4l6a


解像度: 1.375→46.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / WRfactor Rfree: 0.1674 / WRfactor Rwork: 0.1463 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8897 / SU B: 1.57 / SU ML: 0.033 / SU R Cruickshank DPI: 0.0474 / SU Rfree: 0.0502 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.05 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.176 2886 5.1 %RANDOM
Rwork0.1526 ---
obs0.1538 56839 92.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.24 Å2 / Biso mean: 22.2308 Å2 / Biso min: 8.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å2-0 Å2
2---0.11 Å2-0 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.375→46.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1633 0 123 292 2048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021876
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021776
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0442.0152538
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9553.0044108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0065224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.93323.18288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.73315302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.021515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212030
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02435
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6271.495831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6261.496832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6022.2321044
LS精密化 シェル解像度: 1.375→1.411 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 146 -
Rwork0.261 2516 -
all-2662 -
obs--60.02 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6208-0.34931.58580.208-0.89834.05550.141-0.0954-0.0545-0.10030.02130.03390.3859-0.2296-0.16230.0916-0.00280.03580.0624-0.0140.0896-4.1839-0.29514.1889
20.4871-0.1222-0.15150.55010.2110.110.0217-0.00140.0552-0.02980.0119-0.0693-0.0158-0.0069-0.03350.02150.00190.02030.0239-0.00410.0301-7.255226.031720.0036
30.61050.2814-0.25570.23820.05040.3883-0.0011-0.0286-0.1076-0.01690.0027-0.0957-0.01430.0462-0.00160.00790.00430.01980.02260.01010.06874.727813.751718.794
42.27664.17031.31917.65652.43480.79780.0792-0.0372-0.17240.1369-0.0632-0.27870.0554-0.0298-0.01610.04590.00430.04280.0563-0.01510.2384-3.834624.837428.6956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A27 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 159
3X-RAY DIFFRACTION3A160 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4A303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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