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- PDB-4ney: Crystal Structure of an engineered protein with ferredoxin fold, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ney
タイトルCrystal Structure of an engineered protein with ferredoxin fold, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target OR277
要素Engineered protein OR277
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / ferredoxin fold / protein engineering / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性Ribosomal protein S10 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / tetrabutylphosphonium
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.323 Å
データ登録者Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. ...Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target OR277
著者: Guan, R. / Lin, Y.-R. / Koga, N. / Koga, R. / Castellanos, J. / Seetharaman, J. / Maglaqui, M. / Sahdev, S. / Mao, L. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Baker, D. / Montelione, G.T.
履歴
登録2013年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Engineered protein OR277
B: Engineered protein OR277
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,2944
ポリマ－40,9122
非ポリマー3822
水2,324129
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3487.5 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area17601.5 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.282, 79.289, 97.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and segid
21chain B and segid

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain A and segidA0
211chain B and segidB0
詳細dimer,39.48 kD,98.5%

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要素

#1: タンパク質 Engineered protein OR277


分子量: 20456.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This is a designed protein. / 由来: (合成) artificial gene (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-4NE / tetrabutylphosphonium / テトラブチルホスホニウム


分子量: 259.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H36P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 129 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: Protein solution - 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution - 25% PEG 3350, 5% w/v Tetrabutylphosphonium bromide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月28日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 15080 / Num. obs: 15080 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 38.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069
反射 シェル解像度: 2.32→2.36 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 7.08 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.323→39.645 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.6 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.8 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2599 1473 9.96 %
Rwork0.2159 --
obs0.2201 14793 97.97 %
all-15038 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.323→39.645 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 25 129 2948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8523812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2991125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034401
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003492
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1486X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL12.402
12B1486X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL12.402
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.323-2.3980.28961170.27021065X-RAY DIFFRACTION89
2.398-2.48370.32771300.24211183X-RAY DIFFRACTION98
2.4837-2.58310.31071350.24341203X-RAY DIFFRACTION99
2.5831-2.70060.27151340.24711201X-RAY DIFFRACTION99
2.7006-2.8430.29261330.24651210X-RAY DIFFRACTION99
2.843-3.0210.30081360.25751222X-RAY DIFFRACTION100
3.021-3.25420.26351340.23431226X-RAY DIFFRACTION100
3.2542-3.58150.25751320.22071221X-RAY DIFFRACTION99
3.5815-4.09930.27521380.19811240X-RAY DIFFRACTION99
4.0993-5.16280.19751390.18021257X-RAY DIFFRACTION100
5.1628-39.65030.25061450.20511292X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7228-0.4335-0.08750.95840.40071.6176-0.2602-0.1520.1982-0.03940.0536-0.2511-0.8073-0.326-0.03950.2295-0.0363-0.04420.1181-0.00260.211128.446746.361966.7763
20.8636-0.28651.51462.4179-1.30492.44160.1321-0.0805-0.1745-0.51860.12050.3350.607-0.15170.32360.30350.0076-0.02360.1522-0.01330.23122.023931.077164.8447
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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