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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nei | ||||||
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タイトル | Alg17c PL17 Family Alginate Lyase | ||||||
![]() | alginate lyase | ||||||
![]() | LYASE / PL17 | ||||||
機能・相同性 | ![]() oligo-alginate lyase / exo-oligoalginate lyase activity / polysaccharide catabolic process / periplasmic space / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Park, D.S. / Nair, S.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a PL17 Family Alginate Lyase Demonstrates Functional Similarities among Exotype Depolymerases. 著者: Park, D. / Jagtap, S. / Nair, S.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 304.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 244.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 434.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 58.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 88.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81670.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 2-40 / ATCC 43961 / DSM 17024 / 遺伝子: alg17A, Alg17c, Sde_3284 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG 6000, 5% MPD, 100 mM Tris, pH=8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
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検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97852 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 144904 / Num. obs: 144904 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.88 Å / % possible all: 99.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.753 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25 Å
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拘束条件 |
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