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万見
- PDB-4ndt: Crystal structure of L. decastes alpha-galactosyl-binding lectin,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ndt
タイトルCrystal structure of L. decastes alpha-galactosyl-binding lectin, orthorhombic crystal form
要素Alpha-galactosyl-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin
機能・相同性: / Alpha-galactosyl binding lectin / galactose binding / Alpha-galactosyl-binding lectin
機能・相同性情報
生物種Lyophyllum decastes (ハタケシメジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.03 Å
データ登録者Van Eerde, A. / Grahn, E. / Krengel, U.
引用ジャーナル: Glycobiology / 年: 2015
タイトル: Atomic-resolution structure of the alpha-galactosyl binding Lyophyllum decastes lectin reveals a new protein family found in both fungi and plants.
著者: van Eerde, A. / Grahn, E.M. / Winter, H.C. / Goldstein, I.J. / Krengel, U.
履歴
登録2013年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22015年4月8日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-galactosyl-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3872
ポリマ－10,2911
非ポリマー961
水3,603200
1
A: Alpha-galactosyl-binding lectin
ヘテロ分子

A: Alpha-galactosyl-binding lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7754
ポリマ－20,5832
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area8350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.365, 44.230, 62.133
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 Alpha-galactosyl-binding lectin


分子量: 10291.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lyophyllum decastes (ハタケシメジ) / 器官: fruiting bodies / 参照: UniProt: A7UNK4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 30% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.03→20 Å / Num. all: 50532 / Num. obs: 50528 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 7.38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.93
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.03-1.090.591.61186.6
1.09-1.170.3364.15199.9
1.17-1.260.2386.25199.9
1.26-1.380.1619.09199.9
1.38-1.540.114.11199.7
1.54-1.780.06321.11199.8
1.78-2.180.04230.09199.3
2.18-3.080.03437.12199
3.080.02941.04196.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NDS

4nds


解像度: 1.03→18.756 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 11.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1352 2531 5.02 %
Rwork0.1142 --
obs0.1152 50408 97.55 %
all-50528 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 11.078 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.03→18.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数722 0 5 200 927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.481149
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.771311
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083116
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.03-1.04980.311040.26212120X-RAY DIFFRACTION79
1.0498-1.07130.24951230.22952356X-RAY DIFFRACTION88
1.0713-1.09450.23561350.19492554X-RAY DIFFRACTION95
1.0945-1.120.14791410.16312685X-RAY DIFFRACTION100
1.12-1.1480.16591410.13312699X-RAY DIFFRACTION100
1.148-1.1790.15731400.12032699X-RAY DIFFRACTION100
1.179-1.21370.14221530.11482693X-RAY DIFFRACTION100
1.2137-1.25290.1561380.11452693X-RAY DIFFRACTION100
1.2529-1.29770.11821330.10472723X-RAY DIFFRACTION100
1.2977-1.34960.11631290.08832711X-RAY DIFFRACTION100
1.3496-1.4110.12861570.08832692X-RAY DIFFRACTION100
1.411-1.48540.10621430.0822720X-RAY DIFFRACTION100
1.4854-1.57840.1081580.0782693X-RAY DIFFRACTION100
1.5784-1.70020.10431460.07962738X-RAY DIFFRACTION100
1.7002-1.87120.10321390.08582732X-RAY DIFFRACTION100
1.8712-2.14160.10371510.0892730X-RAY DIFFRACTION99
2.1416-2.69690.12661440.11062778X-RAY DIFFRACTION99
2.6969-18.75960.15051560.13442861X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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