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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ndj
タイトルCrystal Structure of a computational designed engrailed homeodomain variant fused with YFP
要素Green fluorescent protein, chimeric construct,GFP-like fluorescent chromoprotein FP506, related
キーワードfluorescent protein / de novo protein / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GFP-like fluorescent chromoprotein FP506, related
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Eimeria acervulina (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Mou, Y. / Mayo, S.L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Using Molecular Dynamics Simulations as an Aid in the Prediction of Domain Swapping of Computationally Designed Protein Variants.
著者: Mou, Y. / Huang, P.S. / Thomas, L.M. / Mayo, S.L.
履歴
登録2013年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Other
改定 1.22015年7月15日Group: Database references
改定 1.32015年8月19日Group: Database references
改定 1.42017年10月18日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _struct_ref_seq.db_align_beg ..._entity.pdbx_description / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 1.52024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein, chimeric construct,GFP-like fluorescent chromoprotein FP506, related


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5431
ポリマ－34,5431
非ポリマー00
水5,999333
1
A: Green fluorescent protein, chimeric construct,GFP-like fluorescent chromoprotein FP506, related

A: Green fluorescent protein, chimeric construct,GFP-like fluorescent chromoprotein FP506, related


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0862
ポリマ－69,0862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554-x,y,-z-11
Buried area4730 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area25260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.420, 104.420, 80.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-377-

HOH

21A-502-

HOH

31A-514-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein, chimeric construct,GFP-like fluorescent chromoprotein FP506, related


分子量: 34542.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Eimeria acervulina (真核生物)
遺伝子: GFP, EAH_00062270 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: U6GSR1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CRYSTALLIZED SEQUENCE REPRESENTS A FUSED PROTEIN. THE N-TERMINAL SEQUENCE, WHICH IS ...THE CRYSTALLIZED SEQUENCE REPRESENTS A FUSED PROTEIN. THE N-TERMINAL SEQUENCE, WHICH IS COMPUTATIONALLY DESIGNED, IS BASED ON THE WILD-TYPE PROTEIN ENGRAILED HOMEODOMAIN (UNIPROT P02836). THE COMPUTATIONAL DESIGN PROCESS IS PURELY PHYSICAL-BASED WITHOUT USING ANY DATABASE ALIGNMENTS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.8 M monosodium phosphate, 1.2 M dipotassium phosphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.85 Å / Num. obs: 39983

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BlueIceデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→28.961 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 1891 4.97 %
Rwork0.1731 --
obs0.1745 38078 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.961 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2294 0 0 333 2627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1913167
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.561884
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08331
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005412
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89630.22961150.19222577X-RAY DIFFRACTION100
1.8963-1.94760.20291440.17032542X-RAY DIFFRACTION100
1.9476-2.00490.18221340.16072570X-RAY DIFFRACTION100
2.0049-2.06960.19491430.16632558X-RAY DIFFRACTION100
2.0696-2.14350.18471100.16762587X-RAY DIFFRACTION100
2.1435-2.22930.21581310.17412602X-RAY DIFFRACTION100
2.2293-2.33070.20911410.17322547X-RAY DIFFRACTION100
2.3307-2.45350.24031290.17962600X-RAY DIFFRACTION100
2.4535-2.60720.20291470.18012578X-RAY DIFFRACTION100
2.6072-2.80830.21341440.17872609X-RAY DIFFRACTION100
2.8083-3.09060.21811500.18052603X-RAY DIFFRACTION100
3.0906-3.53720.1751380.16892635X-RAY DIFFRACTION100
3.5372-4.45390.18451410.15392641X-RAY DIFFRACTION99
4.4539-28.96440.2041240.19072538X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0906-0.14370.51613.3086-0.29411.31660.09950.3668-0.3599-0.41150.0439-0.48660.07730.1955-0.0920.20240.02030.00810.1322-0.03260.33515.2967.1238-43.7959
20.90420.50260.96561.86251.05794.71820.1727-0.03680.03260.16360.01180.5223-0.1425-0.17370.05250.2728-0.0218-0.05450.08810.00430.3516-10.321617.0803-36.3319
30.96640.30190.18531.46940.26320.91320.0162-0.1257-0.1880.1669-0.0275-0.13850.2080.02470.00470.32180.0136-0.01110.10460.0230.16647.369533.8042-17.7245
41.1554-0.09880.51261.3138-0.03040.7482-0.05520.08190.0492-0.0438-0.0054-0.1367-0.12860.17550.0130.2990.00780.01580.14380.00630.17719.733844.3445-23.7799
50.52270.02090.02721.43190.24610.65210.0467-0.002-0.06030.1077-0.0409-0.06270.03420.007-0.00730.31670.0004-0.00890.13030.00780.14993.495539.624-19.8655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:33 )A1 - 33
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 34:59 )A34 - 59
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 60:178 )A60 - 178
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 179:220 )A179 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 221:280 )A221 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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