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- PDB-4ndf: Human Aprataxin (Aptx) bound to RNA-DNA, AMP, and Zn - product complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ndf
タイトルHuman Aprataxin (Aptx) bound to RNA-DNA, AMP, and Zn - product complex
要素
  • 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3'
  • Aprataxin
キーワードDNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / protein-DNA complex / DNA repair / 5'-DNA end processing / Histidine Triad domain / HIT domain / Zinc finger / 5'-DNA end recognition / DNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / polynucleotide 3'-phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / phosphoglycolate phosphatase activity / mismatched DNA binding / single strand break repair / phosphoprotein binding ...adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / polynucleotide 3'-phosphatase activity / single-strand break-containing DNA binding / phosphoglycolate phosphatase activity / mismatched DNA binding / single strand break repair / phosphoprotein binding / regulation of protein stability / single-stranded DNA binding / double-stranded RNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / PNK, FHA domain / FHA domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain ...: / Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / Scavenger mRNA decapping enzyme C-term binding / PNK, FHA domain / FHA domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / SMAD/FHA domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / BETA-MERCAPTOETHANOL / : / DNA / DNA/RNA hybrid / Aprataxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.944 Å
データ登録者Schellenberg, M.J. / Tumbale, P.S. / Williams, R.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Aprataxin resolves adenylated RNA-DNA junctions to maintain genome integrity.
著者: Tumbale, P. / Williams, J.S. / Schellenberg, M.J. / Kunkel, T.A. / Williams, R.S.
履歴
登録2013年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Aprataxin
B: Aprataxin
D: 5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3'
G: 5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,76914
ポリマ－54,7266
非ポリマー1,0448
水10,016556
1
A: Aprataxin
D: 5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9168
ポリマ－27,3633
非ポリマー5535
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12870 Å2
手法PISA
2
B: Aprataxin
G: 5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3'
H: 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8546
ポリマ－27,3633
非ポリマー4913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area12930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.429, 116.211, 117.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 / DNA/RNAハイブリッド / DNA鎖 , 3種, 6分子 ABDGEH

#1: タンパク質 Aprataxin / Forkhead-associated domain histidine triad-like protein / FHA-HIT


分子量: 21259.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APTX, AXA1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7Z2E3
#2: DNA/RNAハイブリッド 5'-R(P*G)-D(P*TP*TP*AP*TP*GP*AP*TP*TP*C)-3'


分子量: 3066.014 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3'


分子量: 3037.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 6種, 564分子

#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#8: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 200 mM potassium sodium tartrate, 20% w/v PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.944→50 Å / Num. all: 41560 / Num. obs: 41518 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Χ2: 1.061 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.944-2.023.90.58840960.974199.9
2.02-2.140.42340531.0591100
2.1-2.24.10.30640911.0911100
2.2-2.3140.22940841.14199.9
2.31-2.464.10.18241181.1811100
2.46-2.654.10.1341311.151100
2.65-2.914.10.09241521.13199.9
2.91-3.334.10.05641560.934199.9
3.33-4.23.90.04442131.054199.9
4.2-503.80.03344240.886199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
DENZOデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4NDH

4ndh


解像度: 1.944→32.409 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.18 / FOM work R set: 0.865 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2047 2082 5.02 %RANDOM
Rwork0.1712 ---
obs0.1729 41440 99.69 %-
all-41560 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.51 Å2 / Biso mean: 24.6341 Å2 / Biso min: 4.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.944→32.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2954 818 58 556 4386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094193
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1545882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066633
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004579
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.7041649
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.944-1.98940.3171200.24482505262597
1.9894-2.03910.26971400.227926032743100
2.0391-2.09430.2831300.217225752705100
2.0943-2.15590.24931500.189625952745100
2.1559-2.22540.23171310.189525972728100
2.2254-2.3050.22771490.18125632712100
2.305-2.39720.22071360.186126172753100
2.3972-2.50630.2051350.187826182753100
2.5063-2.63840.23861300.18626122742100
2.6384-2.80360.24741400.18526202760100
2.8036-3.01990.22611450.184326162761100
3.0199-3.32350.19541350.155226642799100
3.3235-3.80380.16361550.146226292784100
3.8038-4.78990.16021250.136127222847100
4.7899-32.41350.17261610.168228222983100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81220.1604-1.1042.0582-0.924.5177-0.1193-0.2321-0.2587-0.0941-0.1749-0.12960.08980.60.2510.1041-0.0181-0.01870.13140.04670.122224.8462-19.4886-6.7046
22.0381-0.7074-0.03173.6201-0.50153.224-0.1886-0.17660.20360.26380.2115-0.1185-0.27380.1079-0.00750.1482-0.003-0.00140.17730.0140.041615.8862-18.01088.3592
31.6009-0.0715-0.10113.6062-1.11151.7747-0.0396-0.2010.17380.2808-0.0627-0.239-0.3430.22340.0790.1039-0.0021-0.02380.0763-0.02240.048714.232-7.65640.0306
41.60911.22740.82352.9993-0.18171.13610.0031-0.0451-0.03720.09780.03710.03470.0452-0.0459-0.02960.0670.01370.01850.10360.02620.03877.1071-20.15880.4587
52.13750.72670.31741.6814-0.93573.3905-0.1799-0.31870.74190.05130.13380.136-0.3459-0.4784-0.11160.0760.0556-0.02040.1807-0.06050.22552.1727-6.2819-0.6701
61.9434-0.137-0.66361.5929-0.46741.3728-0.0350.09530.1595-00.00180.0016-0.0329-0.02750.02410.0568-0.0032-0.02390.06860.00720.036811.4985-8.5372-7.1087
71.72891.5374-0.12232.5305-0.41180.4842-0.1740.21420.3225-0.17110.28490.3265-0.0513-0.235-0.13380.11870.0037-0.02680.13390.04520.09632.3264-13.6854-10.9996
80.66280.9966-0.47332.3174-1.8421.9549-0.24710.3549-0.0214-1.28440.14560.02330.493-0.0403-0.05480.3233-0.0663-0.12790.23360.1965-0.41154.4645-16.6479-20.2346
93.42530.2835-0.2154.0688-0.08873.543-0.1458-0.25660.427-0.01430.04831.1798-0.4678-0.99540.01070.33010.0727-0.09790.34450.07950.42030.99113.541-15.77
102.01811.83431.03183.7382-2.45814.32630.1292-0.91551.37890.88560.08030.1522-1.1075-0.436-0.35110.45890.05110.03460.2354-0.01360.38325.44358.7663-8.6255
112.07851.5877-0.98822.8767-0.24153.23540.1074-0.08040.3210.0262-0.05740.2446-0.24820.1522-0.02090.11610.0089-0.00450.15570.05020.14266.6981-10.4252-35.7528
120.9370.27690.30693.0983-0.85462.74140.03010.17420.1613-0.08620.02090.1054-0.2042-0.1352-0.07780.14290.0060.01950.19930.07440.11053.7756-6.1466-48.4402
132.29320.46420.32784.3786-1.59412.7311-0.05380.37240.043-0.34570.16410.33110.1503-0.193-0.11130.1323-0.016-0.01650.17940.01660.1212-4.1638-16.8282-47.1593
145.75970.1976-0.20055.6338-0.85237.45890.06330.8615-1.0453-1.0827-0.1303-0.09491.23410.60960.06240.53880.0175-0.02260.2802-0.06130.3721-4.2059-34.6959-46.9683
150.8948-0.40490.66532.8133-2.22853.70460.13740.11140.2922-0.1676-0.3158-0.1243-0.52730.47330.31980.25390.00640.03910.13160.0670.247922.4321.0579-22.1385
164.1098-3.56740.49523.3424-0.6640.98120.28240.3382-0.2877-0.1741-0.32510.503-0.26450.12620.01420.24160.0129-0.03410.12680.04550.263921.3908-0.1963-23.7611
171.93421.47310.70072.7739-0.31421.84170.4855-0.2836-0.35150.7146-0.80180.65590.3834-0.11640.01280.3752-0.09520.13220.1405-0.12490.3558-12.1066-27.7657-27.0668
180.3159-0.68560.21926.0643.03652.70990.059-0.1047-0.5521-0.444-0.22440.5608-0.0435-0.34670.10260.3015-0.0470.02870.1140.01190.3476-13.135-27.3637-26.9704
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 161 through 176 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 177 through 187 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 188 through 200 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 201 through 239 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 240 through 251 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 252 through 275 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 276 through 300 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 301 through 314 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 315 through 328 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 329 through 340 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 163 through 200 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 201 through 239 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 240 through 314 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 315 through 340 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 10 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 1 through 10 )E0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 1 through 10 )G0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'H' and (resid 1 through 10 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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