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- PDB-4ndd: X-ray structure of a double mutant of calexcitin - a neuronal cal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ndd
タイトルX-ray structure of a double mutant of calexcitin - a neuronal calcium-signalling protein
要素Calexcitin
キーワードSIGNALING PROTEIN / EF-hand / calcium binding / neuron
機能・相同性EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / metal ion binding / Mainly Alpha / Calexcitin
機能・相同性情報
生物種Doryteuthis pealeii (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Erskine, P.T. / Fokas, A. / Muriithi, C. / Razzall, E. / Bowyer, A. / Findlow, I.S. / Werner, J.M. / Wallace, B.A. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: X-ray, spectroscopic and normal-mode dynamics of calexcitin: structure-function studies of a neuronal calcium-signalling protein.
著者: Erskine, P.T. / Fokas, A. / Muriithi, C. / Rehman, H. / Yates, L.A. / Bowyer, A. / Findlow, I.S. / Hagan, R. / Werner, J.M. / Miles, A.J. / Wallace, B.A. / Wells, S.A. / Wood, S.P. / Cooper, J.B.
履歴
登録2013年10月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calexcitin
B: Calexcitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9668
ポリマ－49,7262
非ポリマー2406
水2,144119
1
A: Calexcitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9834
ポリマ－24,8631
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Calexcitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9834
ポリマ－24,8631
非ポリマー1203
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.806, 69.387, 133.466
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Calexcitin


分子量: 24862.766 Da / 分子数: 2 / 変異: T61D, T188D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Doryteuthis pealeii (無脊椎動物)
遺伝子: cex / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O76764
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15-40% w/v PEG 4000, 100 mM sodium citrate, 200 mM ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
PH範囲: 5.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月3日
放射モノクロメーター: single bounce / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→67.95 Å / Num. all: 9969 / Num. obs: 9969 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 69.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.1 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 1425 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2CCM

2ccm


解像度: 2.9→46.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 38.18 / SU ML: 0.378 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.494 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2829 575 5.8 %RANDOM
Rwork0.17142 ---
obs0.17767 9359 97.91 %-
all-9359 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.174 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.72 Å20 Å20 Å2
2---1.18 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3082 0 6 119 3207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.023161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5781.9264268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.335374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.4724.941170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.42415562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9291514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2439
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022430
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 58 -
Rwork0.211 583 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5297-0.2788-0.56552.96480.45432.447-0.0290.1540.1927-0.1689-0.0149-0.141-0.2372-0.10380.04390.08040.0325-0.01330.18610.0050.12093.5529-9.6205-7.9592
22.20780.0219-1.61811.1951-0.7194.58370.08520.07730.0544-0.2557-0.14260.14070.04710.02520.05740.25540.05570.05360.06720.02140.132720.5574-9.1515-41.8785
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 191
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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