ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | REFMAC | 5.7.0029精密化 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1RFO 解像度: 1.11→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.69 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.141 | 525 | 4.8 % | RANDOM |
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Rwork | 0.12133 | - | - | - |
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obs | 0.12229 | 10461 | 99.47 % | - |
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all | - | 10986 | - | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 10.026 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.19 Å2 | -0.19 Å2 | -0 Å2 |
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2- | - | -0.19 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.61 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.11→15 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 219 | 0 | 0 | 69 | 288 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.005 | 0.02 | 225 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.007 | 0.02 | 209 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.151 | 1.982 | 306 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.635 | 3 | 480 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.04 | 5 | 26 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.542 | 22.727 | 11 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg9.196 | 15 | 34 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg12.787 | 15 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.06 | 0.2 | 31 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.005 | 0.021 | 253 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 53 | X-RAY DIFFRACTION | r_rigid_bond_restr5.145 | 3 | 434 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_free31.534 | 5 | 14 | X-RAY DIFFRACTION | r_sphericity_bonded6.787 | 5 | 484 | | | | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.11→1.139 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.157 | 40 | - |
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Rwork | 0.126 | 756 | - |
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obs | - | - | 99.25 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -5.9649 Å / Origin y: 1.7438 Å / Origin z: 8.2541 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0045 Å2 | 0.0004 Å2 | -0.0011 Å2 | - | 0.0028 Å2 | 0.002 Å2 | - | - | 0.0028 Å2 |
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L | 0.6276 °2 | -0.0904 °2 | -0.0135 °2 | - | 0.4979 °2 | 0.0328 °2 | - | - | 0.0023 °2 |
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S | -0.009 Å ° | -0.001 Å ° | 0.0062 Å ° | -0.0095 Å ° | 0.0083 Å ° | 0.0289 Å ° | -0.0004 Å ° | 0.0002 Å ° | 0.0008 Å ° |
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