PDB-4nc4: Crystal structure of photoreceptor AtUVR8 mutant W285F and light-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nc4

タイトル

Crystal structure of photoreceptor AtUVR8 mutant W285F and light-induced structural changes at 120K

要素

Ultraviolet-B receptor UVR8

キーワード

SIGNALING PROTEIN / 7-blade beta-propeller

機能・相同性

機能・相同性情報

entrainment of circadian clock / response to UV-B / plastid / photoreceptor activity / response to UV / guanyl-nucleotide exchange factor activity / chromatin binding / chromatin / protein homodimerization activity / identical protein binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Yang, X. / Zeng, X. / Zhao, K.-H. / Ren, Z.

引用

ジャーナル: Nat Plants / 年: 2015
タイトル: Dynamic Crystallography Reveals Early Signalling Events in Ultraviolet Photoreceptor UVR8.
著者: Zeng, X. / Ren, Z. / Wu, Q. / Fan, J. / Peng, P.P. / Tang, K. / Zhang, R. / Zhao, K.H. / Yang, X.

履歴

登録	2013年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nc4.cif.gz	602.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nc4.ent.gz	494.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/4nc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4naaSC 4nbmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dd7-1 4nbm-1 4naa-1 6dd7-2 4dnu-1 4dnv-2 4dnw-d 4nbm-2 4dnv-1 4naa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

164 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

C: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

D: Ultraviolet-B receptor UVR8

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.798, 79.119, 189.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.18, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-921- HOH
2	1	A-923- HOH

#1: タンパク質	Ultraviolet-B receptor UVR8 / Protein UV-B RESISTANCE 8 / RCC1 domain-containing protein UVR8 分子量: 40836.398 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 13-382 / 変異: W285F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g63860, MGI19.7, UVR8 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9FN03
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1643 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.82 %
結晶化	温度: 290 K / pH: 9.2 詳細: protein concentration 8mg/ml, mother liquor 0.1M MgCl2 15-18% PEG8000 and 0.1M Tris HCl pH 9.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月5日
放射	モノクロメーター: DIAMOND LAUE MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 164911 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.047

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER
開始モデル: 4NAA

4naa

解像度: 1.75→28.49 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE AUTHOR STATES THAT ENTRIES 4NAA, 4NBM, AND 4NC4 WERE DERIVED FROM DYNAMIC CRYSTALLOGRAPHIC DATA SETS. SPECIFICALLY, EACH ENTRY PROVIDES THREE ASPECTS OF EXPERIMENTAL DATA THAT ARE NEEDED ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.184	6434	5.04 %
R_work	0.149	-	-
obs	0.15	127770	77.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11188	0	18	1643	12849

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	11730
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.055	15954
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.414	4168
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1673
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2116

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.3074	40	0.2109	713	X-RAY DIFFRACTION	14
1.7699-1.7908	0.2811	68	0.1995	975	X-RAY DIFFRACTION	19
1.7908-1.8126	0.2102	59	0.2228	1342	X-RAY DIFFRACTION	26
1.8126-1.8355	0.2288	91	0.2085	1717	X-RAY DIFFRACTION	33
1.8355-1.8597	0.2474	134	0.201	2113	X-RAY DIFFRACTION	41
1.8597-1.8852	0.2687	128	0.2042	2477	X-RAY DIFFRACTION	47
1.8852-1.9121	0.2285	146	0.1957	2959	X-RAY DIFFRACTION	57
1.9121-1.9406	0.2108	159	0.2	3319	X-RAY DIFFRACTION	63
1.9406-1.9709	0.2115	229	0.1971	3826	X-RAY DIFFRACTION	73
1.9709-2.0032	0.2382	233	0.1883	4274	X-RAY DIFFRACTION	82
2.0032-2.0378	0.2221	251	0.174	4705	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0378-2.0748	0.2115	257	0.1734	4979	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0748-2.1147	0.1995	267	0.174	4873	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1147-2.1579	0.2095	297	0.1696	4973	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1579-2.2048	0.2049	262	0.1621	5014	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2048-2.256	0.2209	262	0.1605	4981	X-RAY DIFFRACTION	96
2.256-2.3124	0.2245	268	0.1591	4958	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3124-2.3749	0.1973	239	0.1589	5018	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3749-2.4448	0.2118	282	0.1562	5004	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4448-2.5236	0.2218	248	0.1614	4955	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5236-2.6138	0.1935	267	0.1619	4924	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6138-2.7183	0.2261	257	0.1635	4953	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7183-2.8419	0.2	255	0.1714	4931	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8419-2.9916	0.2166	264	0.1685	4856	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9916-3.1788	0.1747	269	0.151	4853	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1788-3.4239	0.1755	245	0.1313	4870	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4239-3.7678	0.1371	248	0.1158	4788	X-RAY DIFFRACTION	91
3.7678-4.3113	0.1285	244	0.1072	4702	X-RAY DIFFRACTION	88
4.3113-5.4257	0.1238	227	0.1128	4667	X-RAY DIFFRACTION	88
5.4257-28.496	0.1744	238	0.1464	4617	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0006	0.0398	-0.1262	0.6661	-0.0005	1.2073	0.0261	0.0585	-0.0371	-0.0418	-0.0075	-0.0928	0.046	0.1334	-0.022	0.1206	0.0334	0.0061	0.1522	0.0161	0.132	10.8304	-7.7192	-22.9718
2	1.1806	-0.0527	-0.2479	0.757	0.0042	0.9277	0.0758	0.175	0.1968	-0.0944	-0.0263	0.1012	-0.1502	-0.1866	-0.0394	0.1642	0.0565	-0.0089	0.2035	0.054	0.1926	-18.9136	7.8297	-22.0396
3	0.9258	-0.0795	-0.1361	0.5861	0.0932	1.107	0.0229	-0.1105	-0.0133	0.0591	-0.0278	0.0904	0.058	-0.1049	0.0032	0.1204	-0.0432	0.0105	0.1457	-0.0176	0.1368	-1.8067	-5.1475	-71.442
4	1.1301	0.0322	-0.2909	0.6523	-0.0041	0.7884	0.0855	-0.2	0.2097	0.0779	-0.0441	-0.0475	-0.1491	0.1618	-0.0322	0.1556	-0.0628	0.0061	0.1927	-0.0513	0.187	27.6152	10.6215	-72.5299

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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