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- PDB-4nac: Crystal Structure of the N-terminal Domain of p15RS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nac
タイトルCrystal Structure of the N-terminal Domain of p15RS
要素Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A
キーワードTRANSCRIPTION / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II promoter clearance / mRNA 3'-end processing / transcription preinitiation complex / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase II C-terminal domain binding / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A/B / Cell-cycle alteration and expression-elevated protein in tumour / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...: / Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A/B / Cell-cycle alteration and expression-elevated protein in tumour / CID domain / RPR / CID domain / CID domain profile. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #90 / ENTH/VHS / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Mei, K. / Jin, Z. / Ren, F. / Wang, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the N-terminal Domain of p15RS
著者: Mei, K. / Jin, Z. / Ren, F. / Wang, Y. / Chang, Z. / Wang, X.
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A
B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6412
ポリマ－32,6412
非ポリマー00
水3,981221
1
A: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3211
ポリマ－16,3211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3211
ポリマ－16,3211
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.691, 47.326, 68.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A / Cyclin-dependent kinase inhibitor 2B-related protein / p15INK4B-related protein


分子量: 16320.582 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-131 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P15RS, RPRD1A / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96P16
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 2.2M DL-Malic acid, 0.1M Bis-Tris propane, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.002→30.33 Å / Num. obs: 18187 / % possible obs: 97.69 %
反射 シェル最高解像度: 2.002 Å / % possible all: 97.69

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_596精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.002→30.33 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8627 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 930 5.11 %
Rwork0.174 --
obs0.1761 18187 97.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.477 Å2 / ksol: 0.402 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 67.22 Å2 / Biso mean: 22.3606 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0811 Å2-0 Å22.3875 Å2
2---2.5809 Å2-0 Å2
3---1.4998 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→30.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2206 0 0 221 2427
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9083041
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061333
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.69851
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0015-2.1070.27351310.20042332246394
2.107-2.2390.21691200.17182416253696
2.239-2.41180.23361420.16322433257597
2.4118-2.65440.23441380.17572481261998
2.6544-3.03810.22421120.18832499261199
3.0381-3.82650.1931370.16262532266999
3.8265-30.3330.19511500.17232564271499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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