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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n7k | ||||||
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タイトル | Zinc Substituted Reaction Center of the Rhodobacter sphaeroides | ||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / Zinc bacteriochlorophyll | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.85 Å | ||||||
データ登録者 | Hardjasa, A. / Murphy, M.E.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013 タイトル: Structural and kinetic properties of Rhodobacter sphaeroides photosynthetic reaction centers containing exclusively Zn-coordinated bacteriochlorophyll as bacteriochlorin cofactors. 著者: Saer, R.G. / Pan, J. / Hardjasa, A. / Lin, S. / Rosell, F. / Mauk, A.G. / Woodbury, N.W. / Murphy, M.E. / Beatty, J.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n7k.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n7k.ent.gz | 166.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n7k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4n7k_validation.pdf.gz | 3.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4n7k_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4n7k_validation.xml.gz | 48.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4n7k_validation.cif.gz | 62.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 H
#1: タンパク質 | 分子量: 26122.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y7 |
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-Reaction center protein ... , 2種, 2分子 LM
#2: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: pufL / プラスミド: pRS1 / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y8 |
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#3: タンパク質 | 分子量: 34003.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: 2.4.1 / 遺伝子: pufM / 発現宿主: Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株 (発現宿主): 2.4.1 / 参照: UniProt: P0C0Y9 |
-非ポリマー , 12種, 302分子
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-GGD / | #6: 化合物 | ChemComp-2GO / [ #7: 化合物 | ChemComp-LDA / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-FE / | #12: 化合物 | ChemComp-SPO / | #13: 化合物 | ChemComp-CDL / | #14: 化合物 | ChemComp-PC1 / | #15: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.26 % |
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-データ収集
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 Å |
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検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12709 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→120.767 Å / Num. obs: 46994 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.85→36.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 11.364 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.393 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.402 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→36.91 Å
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拘束条件 |
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