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- PDB-4n7b: Structure of the E-1-hydroxy-2-methyl-but-2-enyl-4-diphosphate re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n7b
タイトルStructure of the E-1-hydroxy-2-methyl-but-2-enyl-4-diphosphate reductase from Plasmodium falciparum
要素LytB
キーワードOXIDOREDUCTASE / Iron-sulfur-cluster binding
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase activity / dimethylallyl diphosphate biosynthetic process / apicoplast / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / LytB protein / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase / LytB
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.198 Å
データ登録者Rekittke, I. / Jomaa, H. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2013
タイトル: Structure of the (E)-4-hydroxy-3-methyl-but-2-enyl-diphosphate reductase from Plasmodium falciparum.
著者: Rekittke, I. / Olkhova, E. / Wiesner, J. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Jomaa, H. / Ermler, U.
履歴
登録2013年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LytB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0627
ポリマ－63,4361
非ポリマー6266
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.960, 115.960, 76.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LytB


分子量: 63436.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: lytB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BJX6, UniProt: Q8I295*PLUS

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非ポリマー , 5種, 195分子

#2: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 30 % w/v PEG 4000, 100 mM sodium citrate (pH 5.6), 100 mM ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→42.048 Å / Num. all: 30710 / Num. obs: 30552 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.198→42.048 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1949 1540 5.04 %Random
Rwork0.1716 ---
obs0.1728 30533 99.52 %-
all-32073 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.198→42.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2532 0 25 189 2746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092636
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1323573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.1121000
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004450
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1985-2.26940.27881240.26022627X-RAY DIFFRACTION100
2.2694-2.35050.32091390.23742603X-RAY DIFFRACTION100
2.3505-2.44460.24641380.22262611X-RAY DIFFRACTION100
2.4446-2.55590.29321350.22922613X-RAY DIFFRACTION100
2.5559-2.69060.24681500.20962612X-RAY DIFFRACTION100
2.6906-2.85910.24731370.20152621X-RAY DIFFRACTION100
2.8591-3.07980.20431350.19362645X-RAY DIFFRACTION100
3.0798-3.38960.18821410.17042637X-RAY DIFFRACTION100
3.3896-3.87980.17661480.14762648X-RAY DIFFRACTION100
3.8798-4.8870.1451480.12592657X-RAY DIFFRACTION99
4.887-42.05580.16071450.15162719X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4876-0.1388-0.40041.4046-0.40061.6162-0.03220.2958-0.067-0.32360.08050.2991-0.0966-0.0569-0.02020.2470.0762-0.06650.2120.01950.230443.257227.337-18.6885
21.55440.0573-0.04461.20950.17650.65040.1329-0.04290.07150.22510.02111.1121-0.0803-0.505-0.12260.31880.02870.0090.53440.05180.765125.515319.1756-11.6463
31.18380.4064-0.04531.7265-0.26521.64850.0957-0.1071-0.18520.22360.03610.58510.4001-0.2997-0.09250.403-0.04450.00210.27710.00010.384337.37126.9365-5.9762
41.43280.4282-0.48742.0527-0.38781.74620.2294-0.3802-0.25360.879-0.06560.22120.44460.0678-0.11010.7334-0.0717-0.02760.36540.04280.378645.77084.85514.8304
50.60740.269-0.18712.7014-0.87211.05850.1381-0.1331-0.20340.1832-0.1994-0.25950.27130.25980.07710.37140.0339-0.03230.30090.02560.250454.93613.5887-3.8699
61.43810.00320.69191.6056-0.03781.60440.1324-0.07930.03090.4135-0.05380.1350.01250.0596-0.05940.26040.03150.01540.2864-0.01050.170850.852129.1509-3.688
71.76640.2671-0.0791.9483-0.85421.79160.0031-0.13410.2420.1925-0.03410.163-0.5317-0.11770.00370.38440.04630.0170.2613-0.03150.234151.174839.7044-10.9841
82.9078-0.01781.20661.43680.732.3766-0.00380.86440.0377-0.67450.14510.40340.0941-0.1994-0.13610.5685-0.0108-0.19340.54930.010.463435.551814.3509-26.82
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 88 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 89 through 135 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 136 through 169 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 170 through 212 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 213 through 237 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 238 through 294 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 295 through 318 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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