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- PDB-4n77: Crystal structure of Cas protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n77
タイトルCrystal structure of Cas protein
要素Uncharacterized protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / crispr / RRM
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2660 / CRISPR-associated protein, CasD / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / CRISPR-associated protein Cas5, N-terminal / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type I-E CRISPR-associated protein Cas5/CasD
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.999 Å
データ登録者Tian, W. / Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Wang, Y.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal strucute studies of CasD
著者: Tian, W. / Sheng, G. / Zhao, H. / Wang, J. / Wang, Y.
履歴
登録2013年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0381
ポリマ－28,0381
非ポリマー00
水2,504139
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.618, 62.618, 93.344
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / CasD


分子量: 28038.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: TTHB191 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q53WH0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 24.62 % / Mosaicity: 0.742 °
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris.HCl, 5% PEG8000, 28% PEG300, 10% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.97
シンクロトロンBSRF 3W1A21.7
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年6月6日
MAR CCD 165 mm2CCD2012年8月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971
21.71
反射解像度: 1.999→50 Å / Num. obs: 13127 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.999→2.07 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 1275 / % possible all: 99.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.999→20.003 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.65 / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2312 639 4.92 %RANDOM
Rwork0.1693 ---
all0.1723 12992 --
obs0.1723 12992 98.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.69 Å2 / Biso mean: 21.3517 Å2 / Biso min: 6.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.999→20.003 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1544 0 0 139 1683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2162150
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.855613
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.999-2.15320.25991260.16942389251598
2.1532-2.36960.24081230.17742392251598
2.3696-2.71170.26921190.18262450256999
2.7117-3.41370.24671350.17724892624100
3.4137-20.00350.19771360.157226332769100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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