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- PDB-3r0l: Crystal structure of crotoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r0l
タイトルCrystal structure of crotoxin
要素
  • (Crotoxin chain ...) x 3
  • Phospholipase A2 CB
キーワードTOXIN/HYDROLASE / crotoxin / presynaptic neurotoxin / snake venom / phospholipase A2 / heterodimer interface / hydrolase / lipid degradation / metal-binding / TOXIN-HYDROLASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


venom-mediated edema / venom-mediated muscle damage in another organism / venom-mediated myocyte killing in another organism / venom-mediated platelet aggregation / ion channel regulator activity / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation ...venom-mediated edema / venom-mediated muscle damage in another organism / venom-mediated myocyte killing in another organism / venom-mediated platelet aggregation / ion channel regulator activity / phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid metabolic process / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Phospholipase A2 homolog crotoxin acid subunit CA / Phospholipase A2 crotoxin basic subunit CBb / Phospholipase A2 crotoxin basic subunit CBc
類似検索 - 構成要素
生物種Crotalus durissus terrificus (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Saul, F.A. / Faure, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Crotoxin Reveals Key Residues Involved in the Stability and Toxicity of This Potent Heterodimeric Beta-Neurotoxin
著者: Faure, G. / Xu, H. / Saul, F.A.
履歴
登録2011年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / struct_ref_seq_dif / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Crotoxin chain A
B: Crotoxin chain B
C: Crotoxin chain C
D: Phospholipase A2 CB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8339
ポリマ－23,6384
非ポリマー1955
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area9430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.664, 65.309, 37.429
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE BIOLOGICAL UNIT IS A HETERODIMER FORMED BY THE NON-COVALENT ASSOCIATION OF THE CROTOXIN ACID SUBUNIT (CHAINS A, B, C) WITH THE BASIC SUBUNIT (CHAIN D).

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要素

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Crotoxin chain ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質・ペプチド Crotoxin chain A / CA / Crotapotin / Crotoxin chain A


分子量: 4159.536 Da / 分子数: 1 / 断片: Crotoxin acidic subunit isoform CA2 alpha chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: from South American rattlesnake venom / 由来: (天然) Crotalus durissus terrificus (ヘビ) / 参照: UniProt: P08878
#2: タンパク質・ペプチド Crotoxin chain B / CA / Crotapotin / Crotoxin chain B


分子量: 3753.091 Da / 分子数: 1 / 断片: Crotoxin acidic subunit isoform CA2 beta chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: from South American rattlesnake venom / 由来: (天然) Crotalus durissus terrificus (ヘビ) / 参照: UniProt: P08878
#3: タンパク質・ペプチド Crotoxin chain C / CA / Crotapotin / Crotoxin chain C


分子量: 1536.599 Da / 分子数: 1 / 断片: Crotoxin acidic subunit isoform CA2 gamma chain / 由来タイプ: 天然 / 詳細: from South American rattlesnake venom / 由来: (天然) Crotalus durissus terrificus (ヘビ) / 参照: UniProt: P08878

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#4: タンパク質 Phospholipase A2 CB / Crotoxin basic chain / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 14188.321 Da / 分子数: 1 / 断片: Crotoxin basic subunit CB / 由来タイプ: 天然 / 詳細: from South American rattlesnake venom / 由来: (天然) Crotalus durissus terrificus (ヘビ)
参照: UniProt: P62022, UniProt: P0CG56*PLUS, phospholipase A2

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非ポリマー , 5種, 270分子

#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細IN CHAINS B AND C, THE N-TERMINI ARE MODIFIED WITH A PCA IN PLACE OF GLN. CHAIN A ISOFORM CA2 ...IN CHAINS B AND C, THE N-TERMINI ARE MODIFIED WITH A PCA IN PLACE OF GLN. CHAIN A ISOFORM CA2 CONTAINS 39 AMINO ACID RESIDUES (FAURE ET AL. (1991) BIOCHEMISTRY 30:8074-8083). CHAIN D REPRESENTS A NEW ISOFORM DIFFERENT FROM CB1 (P62022) AND CB2 (P24027). THIS HAS BEEN IDENTIFIED THROUGH EXAMINATION OF ELECTRON DENSITY MAPS IN THIS STRUCTURE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M magnesium chloride, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日
放射モノクロメーター: Si (111) channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.35→36.33 Å / Num. obs: 35132 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 12.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 1.35→1.42 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QOG

2qog


解像度: 1.35→36.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.088 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.061 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 1762 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.166 33344 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å2-1.11 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→36.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 8 265 1755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211597
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021109
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9442165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8432677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4635204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.53223.275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.57315258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0351512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02353
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1742987
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3062409
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97531564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1443610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3334594
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.37 Å / Total num. of bins used: 40
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 56 -
Rwork0.305 1127 -
obs--90.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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