PDB-4n6q: Crystal structure of VosA velvet domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n6q

タイトル

Crystal structure of VosA velvet domain

要素

VosA

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Ig-fold / NFKB / beta-sandwich / transcription factor / VelB

機能・相同性

機能・相同性情報

conidium formation / trehalose biosynthetic process / sporulation resulting in formation of a cellular spore / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Emericella nidulans (カビ)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Ahmed, Y.L. / Dickmanns, A. / Neumann, P. / Ficner, R.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: The Velvet Family of Fungal Regulators Contains a DNA-Binding Domain Structurally Similar to NF-kappa B.
著者: Ahmed, Y.L. / Gerke, J. / Park, H.S. / Bayram, O. / Neumann, P. / Ni, M. / Dickmanns, A. / Kim, S.C. / Yu, J.H. / Braus, G.H. / Ficner, R.

履歴

登録	2013年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb4n6q.ent.gz	67.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4n6q_full_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n6rC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cwl-d 3v9u-1 6thb-2 4ce8-d 1uqx-1 3qry-1 5nw9-2 1vlp-3 4isd-1 3sid-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VosA

ヘテロ分子

23.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VosA

ヘテロ分子

A: VosA

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.400, 45.400, 189.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-305- NO3
2	1	A-305- NO3
3	1	A-582- HOH

#1: タンパク質	VosA 分子量: 22591.584 Da / 分子数: 1 / 断片: velvet domain (UNP residues 1-190) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / プラスミド: pETM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: A0SP16, UniProt: Q5BBX1*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES, pH 6.5, 32% PEG 2000 MME, 150 mM KI, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年10月13日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 142535 / R_merge(I) obs: 0.036 / D res high: 1.79 Å / Num. obs: 35476 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs
5.66	8	721	100	1	0.024
4.62	5.66	950	100	1	0.026
4	4.62	1132	100	1	0.025
3.58	4	1271	99.9	1	0.027
3.27	3.58	1388	99.8	1	0.029
3.02	3.27	1522	99.9	1	0.03
2.83	3.02	1647	100	1	0.033
2.67	2.83	1716	99.9	1	0.037
2.53	2.67	1856	99.7	1	0.039
2.41	2.53	1945	99.9	1	0.045
2.31	2.41	2026	99.8	1	0.052
2.22	2.31	2142	99.9	1	0.059
2.14	2.22	2190	99.7	1	0.066
2.07	2.14	2235	99.7	1	0.078
2	2.07	2389	99.9	1	0.092
1.94	2	2437	99.8	1	0.118
1.89	1.94	2475	99.8	1	0.166
1.84	1.89	2602	99.9	1	0.233
1.79	1.84	2440	92	1	0.286

反射

解像度: 1.79→32.1 Å / Num. obs: 19471 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.01 % / B_iso Wilson estimate: 28.917 Å² / R_merge(I) obs: 0.036 / R_sym value: 0.042 / Net I/σ(I): 22.17

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
1.79-1.84	0.286	4.64	8132	2440	1	92
1.84-1.89	0.233	5.96	9800	2602	1	99.9
1.89-1.94	0.166	7.98	9361	2475	1	99.8
1.94-2	0.118	10.62	9272	2437	1	99.8
2-2.07	0.092	13.06	9135	2389	1	99.9
2.07-2.14	0.078	15.28	8679	2235	1	99.7
2.14-2.22	0.066	17.92	8582	2190	1	99.7
2.22-2.31	0.059	20.18	8515	2142	1	99.9
2.31-2.41	0.052	22.93	8224	2026	1	99.8
2.41-2.53	0.045	25.71	8127	1945	1	99.9
2.53-2.67	0.039	30.31	7976	1856	1	99.7
2.67-2.83	0.037	32.85	7409	1716	1	99.9
2.83-3.02	0.033	36.51	7127	1647	1	100
3.02-3.27	0.03	41.06	6595	1522	1	99.9
3.27-3.58	0.029	43.64	6017	1388	1	99.8
3.58-4	0.027	46.33	5542	1271	1	99.9
4-4.62	0.025	47.4	4944	1132	1	100
4.62-5.66	0.026	48.68	4184	950	1	100
5.66-8	0.024	47.47	3199	721	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
PHENIX	1.7.2_869	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.79→32.1 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.31 / FOM work R set: 0.8839 / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / σ(I): 0 / 位相誤差: 17.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2203	976	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1833	-	-	-
obs	0.1851	19471	98.67 %	-
all	-	19471	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 25.822 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.87 Å² / B_iso mean: 27.1545 Å² / B_iso min: 8.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.2009 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2009 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.4018 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→32.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1412	0	11	192	1615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	1453
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.567	1965
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.109	213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	260
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.842	552

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.79-1.8839	0.3418	129	0.2609	2448	2577	94
1.8839-2.0019	0.2261	136	0.1774	2560	2696	98
2.0019-2.1564	0.2258	138	0.1658	2605	2743	99
2.1564-2.3733	0.2216	139	0.178	2611	2750	99
2.3733-2.7166	0.2497	140	0.1846	2657	2797	100
2.7166-3.422	0.2158	142	0.1796	2703	2845	100
3.422-32.1078	0.1925	152	0.1822	2911	3063	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2678	0.2336	0.1171	0.0969	0.2667	0.3994	0.0016	-0.0285	0.1272	-0.047	-0.0446	0.0787	-0.2113	-0.1143	0.0019	0.1573	0.0549	-0.0268	0.2001	0.0593	0.1861	7.6731	12.7597	-8.4887
2	0.3622	-0.4039	0.1154	0.5691	-0.0893	0.0987	0.285	-0.2886	-0.335	0.1781	0.0602	0.2127	0.0834	0.0495	0.0451	0.1589	-0.0312	-0.0367	0.385	0.0091	0.1101	14.418	-2.853	18.3397
3	0.0456	0.1013	-0.0623	0.2375	-0.0783	0.1406	-0.1307	-0.3353	-0.841	0.0606	0.0613	-0.0904	0.266	0.263	0.007	0.1786	0.0479	-0.0589	0.3486	0.143	0.2531	17.9307	-6.2728	14.9881
4	0.252	0.2974	0.0601	0.4513	-0.1523	0.1929	-0.0793	0.1189	0.3063	-0.0995	0.2404	0.1567	0.1072	-0.208	0.0585	0.0924	0.0074	-0.0281	0.2421	0.0727	0.1841	8.7085	7.564	-10.7335
5	0.3669	0.0938	-0.0389	0.0364	-0.2003	0.2621	-0.0649	-0.1009	0.1915	0.086	0.0312	0.0024	-0.1344	0.0001	0	0.1488	0.0339	-0.0006	0.2137	-0.0326	0.1626	13.5988	12.2891	11.8579
6	0.3414	0.11	-0.3323	0.2772	-0.0245	0.2831	0.0529	0.0423	-0.0288	0.0155	-0.0223	-0.0051	0.0552	0.0865	-0.0001	0.1082	0.0096	-0.0124	0.1944	-0.0025	0.1105	13.6109	0.4434	1.4836
7	0.3767	0.1858	0.1809	0.2952	0.1381	0.3322	0.0138	-0.0193	0.0239	-0.0341	-0.0372	-0.0591	-0.0221	-0.0131	-0.001	0.0885	0.0162	0.0031	0.1423	-0.003	0.1041	14.9139	8.2532	4.1806
8	0.1652	0.1658	0.0226	0.1003	-0.0209	0.2192	0.3356	-0.1692	-0.2872	-0.0299	-0.0062	0.0005	0.2567	-0.2441	0.0061	0.1947	-0.0504	-0.0656	0.2476	0.043	0.1739	9.6845	-1.7718	20.8194
9	0.0237	-0.0349	0.0017	0.0986	0.0368	0.0357	0.1404	0.0002	-0.2072	0.1153	-0.1886	-0.2418	0.4376	-0.2458	0.0003	0.1763	-0.0223	-0.0225	0.187	-0.0035	0.1593	6.4624	-10.2471	3.5236
10	0.0137	-0.0124	0.0304	0.0855	-0.0673	0.0426	-0.1493	-0.0446	-0.1733	-0.1182	-0.0494	-0.328	0.3578	0.6471	0.001	0.2264	0.1185	0.0194	0.4052	0.0306	0.2329	13.6076	-11.1162	3.6121

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 8:26)	A	8 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 27:37)	A	27 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 38:47)	A	38 - 47
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 48:70)	A	48 - 70
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 71:89)	A	71 - 89
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 90:111)	A	90 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 112:150)	A	112 - 150
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN A AND (RESSEQ 151:166)	A	151 - 166
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN A AND (RESSEQ 167:176)	A	167 - 176
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN A AND (RESSEQ 177:185)	A	177 - 185

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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位相決定

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)