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万見
- PDB-4n6j: Crystal structure of human Striatin-3 coiled coil domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n6j
タイトルCrystal structure of human Striatin-3 coiled coil domain
要素Striatin-3
キーワードSIGNALING PROTEIN / WD40 / scaffolding protein / PP2A / CCM3 / CaM / CaV / Rassf.
機能・相同性
機能・相同性情報


armadillo repeat domain binding / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / FAR/SIN/STRIPAK complex / negative regulation of hippo signaling / protein phosphatase 2A binding / small GTPase binding / response to estradiol / protein-macromolecule adaptor activity / calmodulin binding / negative regulation of DNA-templated transcription ...armadillo repeat domain binding / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / FAR/SIN/STRIPAK complex / negative regulation of hippo signaling / protein phosphatase 2A binding / small GTPase binding / response to estradiol / protein-macromolecule adaptor activity / calmodulin binding / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Striatin, N-terminal / : / Striatin family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. ...Striatin, N-terminal / : / Striatin family / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #300 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Chen, C. / Shi, Z. / Zhou, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Striatins contain a noncanonical coiled coil that binds protein phosphatase 2A A subunit to form a 2:2 heterotetrameric core of striatin-interacting phosphatase and kinase (STRIPAK) complex.
著者: Chen, C. / Shi, Z. / Zhang, W. / Chen, M. / He, F. / Zhang, Z. / Wang, Y. / Feng, M. / Wang, W. / Zhao, Y. / Brown, J.H. / Jiao, S. / Zhou, Z.
履歴
登録2013年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.name / _citation.journal_volume ..._audit_author.name / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Striatin-3
B: Striatin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3132
ポリマ－12,3132
非ポリマー00
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area7590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.064, 34.064, 161.388
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Striatin-3 / Cell cycle autoantigen SG2NA / S/G2 antigen


分子量: 6156.616 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 86-131 / 変異: F99M, Y123M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GS2NA, SG2NA, STRN3 / プラスミド: HST-pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) codonplus / 参照: UniProt: Q13033
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2M MgCl2, 23% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年9月17日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 8009 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 16.2 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 43.11
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Mean I/σ(I) obs: 24.19 / Num. unique all: 8009 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.001→29.5 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2521 1404 9.99 %RANDOM
Rwork0.2035 ---
obs0.2085 7949 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→29.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数790 0 0 114 904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9241046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.063332
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056113
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003136
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.001-2.07260.30641330.2151118897
2.0726-2.15560.27591450.19381296100
2.1556-2.25360.34691380.221290100
2.2536-2.37240.25841330.2104124599
2.3724-2.5210.29771480.22061254100
2.521-2.71550.24541420.20831261100
2.7155-2.98850.29391320.19961292100
2.9885-3.42040.21691520.20831296100
3.4204-4.30720.1781420.16931265100
4.3072-29.50350.26881390.22291266100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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