PDB-4n6f: Crystal structure of Amycolatopsis orientalis BexX complexed with G6P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n6f

タイトル

Crystal structure of Amycolatopsis orientalis BexX complexed with G6P

要素

Putative thiosugar synthase

キーワード

LYASE / Tim barrel / BexX / thiosugar synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

thiazole synthase activity / thiazole synthase / thiamine diphosphate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Amycolatopsis orientalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Zhang, X. / Zhang, Y. / Kinsland, C. / Sasaki, E. / Sun, H.G. / Lu, M.J. / Liu, T. / Ou, A. / Li, J. / Chen, Y. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Co-opting sulphur-carrier proteins from primary metabolic pathways for 2-thiosugar biosynthesis.
著者: Sasaki, E. / Zhang, X. / Sun, H.G. / Lu, M.Y. / Liu, T.L. / Ou, A. / Li, J.Y. / Chen, Y.H. / Ealick, S.E. / Liu, H.W.

履歴

登録	2013年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月25日	Group: Database references
改定 1.2	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n6f.cif.gz	100.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n6f.ent.gz	81.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n6f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n6f_validation.pdf.gz	1013.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n6f_full_validation.pdf.gz	1015.1 KB	表示
XML形式データ	4n6f_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	4n6f_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n6eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y7f-1 1xff-d 3kxp-3 6fe2-3 6qi1-d 4isr-2 5obt-d 2gr9-7 4isq-3 4isr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative thiosugar synthase

B: Putative thiosugar synthase

ヘテロ分子

55 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.94, 168.94, 42.367
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-301- CA
2	1	B-303- CA
3	1	A-410- HOH
4	1	B-412- HOH

#1: タンパク質	Putative thiosugar synthase 分子量: 27126.107 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Amycolatopsis orientalis (バクテリア) 株: subsp. vinearia / 遺伝子: bexX / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D7RFL7
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-F6R / FRUCTOSE -6-PHOSPHATE / フルクト-ス6-りん酸分子量: 260.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₉P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 40% (v/v) PEG300, 0.1 M sodium cacodylate/HCl, pH 6.5, 0.2 M calcium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: A1 / 波長: 0.9767 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9767 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 29855 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.5 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 0.883 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.25-2.29	14.8	0.325	1435	0.825	1	100
2.29-2.33	14.7	0.296	1474	0.864	1	100
2.33-2.38	14.7	0.24	1464	0.835	1	100
2.38-2.42	14.8	0.215	1460	0.838	1	100
2.42-2.48	14.7	0.199	1461	0.858	1	100
2.48-2.53	14.7	0.178	1460	0.882	1	100
2.53-2.6	14.7	0.155	1469	0.896	1	100
2.6-2.67	14.6	0.137	1488	0.978	1	100
2.67-2.75	14.7	0.123	1458	1.02	1	100
2.75-2.83	14.6	0.103	1483	1.03	1	100
2.83-2.94	14.8	0.087	1474	0.97	1	100
2.94-3.05	14.6	0.08	1496	0.997	1	100
3.05-3.19	14.6	0.069	1481	0.97	1	100
3.19-3.36	14.6	0.063	1479	0.953	1	100
3.36-3.57	14.5	0.054	1515	0.88	1	100
3.57-3.85	14.4	0.05	1505	0.799	1	100
3.85-4.23	14.4	0.047	1516	0.78	1	100
4.23-4.85	14.3	0.044	1524	0.758	1	100
4.85-6.1	13.9	0.048	1557	0.722	1	100
6.1-50	12.8	0.047	1656	0.805	1	99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→46.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2221	1512	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1911	-	-	-
obs	0.1926	29801	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.16 Å² / B_iso mean: 39.0295 Å² / B_iso min: 19.86 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3597	0	36	107	3740

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	3675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	3626
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	2.007	4999
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.648	3	8318
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.516	5	482
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.827	23.151	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.632	15	599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.149	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4142
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.713	3.691	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.711	3.689	1933
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.828	5.527	2414

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	111	-
R_work	0.218	2022	-
all	-	2133	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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