PDB-4n69: Soybean Serine Acetyltransferase Complexed with Serine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n69

タイトル

Soybean Serine Acetyltransferase Complexed with Serine

要素

Serine Acetyltransferase Apoenzyme

キーワード

TRANSFERASE / acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Yi, H. / Dey, S. / Kumaran, S. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of soybean serine acetyltransferase and formation of the cysteine regulatory complex as a molecular chaperone.
著者: Yi, H. / Dey, S. / Kumaran, S. / Lee, S.G. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.

履歴

登録	2013年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n69.cif.gz	209.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n69.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n6aC 4n6bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n6a-1 4n6a-2 6gyh-1 4w6y-1 6fwb-2 2bm7-d 6itx-1 6fbn-d 3s82-d 3mc4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

61.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

A: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

A: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.8 kDa, 3 ポリマー
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2

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	111.368, 111.368, 143.456
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-302- PO4
2	1	A-302- PO4
3	1	B-502- PO4
4	1	B-502- PO4

#1: タンパク質	Serine Acetyltransferase Apoenzyme 分子量: 30401.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1KHY6, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-SER / SERINE / セリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE DISCREPANCIES ARE ARISING FROM THE DIFFERENT UNPROT SEQUENCE AND THE SPECIFIC CLONE USED FOR ...THE DISCREPANCIES ARE ARISING FROM THE DIFFERENT UNPROT SEQUENCE AND THE SPECIFIC CLONE USED FOR STRUCTURAL STUDIES

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.32 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→32.15 Å / Num. all: 59887 / Num. obs: 57084 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→32.149 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1956	3030	5.06 %
R_work	0.1671	-	-
obs	0.1685	54204	97.37 %
all	-	61256	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→32.149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3628	0	24	465	4117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.987	5184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.911	1354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	604
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	670

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7998-1.8279	0.2638	153	0.2402	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8279-1.8579	0.2563	142	0.2289	2633	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8579-1.8899	0.2664	130	0.2183	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8899-1.9242	0.2705	136	0.2154	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9242-1.9613	0.2423	151	0.2009	2607	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9613-2.0013	0.225	128	0.1969	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0013-2.0448	0.2111	139	0.1771	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0448-2.0923	0.194	145	0.1752	2640	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0923-2.1447	0.2127	130	0.1767	2630	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1447-2.2026	0.2053	128	0.1736	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2026-2.2674	0.1881	140	0.1654	2631	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2674-2.3406	0.1902	145	0.1692	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3406-2.4242	0.21	127	0.1642	2659	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4242-2.5212	0.2322	140	0.1654	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5212-2.6359	0.1773	150	0.1708	2579	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6359-2.7748	0.1962	133	0.1668	2569	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7748-2.9486	0.1794	143	0.1635	2593	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9486-3.1761	0.1868	153	0.1682	2541	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1761-3.4953	0.1934	146	0.1553	2569	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4953-4.0003	0.1694	123	0.1402	2521	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0003-5.0368	0.1609	127	0.1375	2508	X-RAY DIFFRACTION	94
5.0368-32.1543	0.2206	121	0.1983	2274	X-RAY DIFFRACTION	86

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2598	-0.3775	-0.0134	2.7757	0.9448	2.3101	-0.0693	0.2251	-0.1578	-0.0786	0.1107	-0.4326	0.228	0.4559	-0.1389	0.1935	0.0513	0.0362	0.3332	-0.0633	0.2829	-31.9805	22.1018	15.5117
2	2.5198	0.0841	-0.2081	2.3932	0.7448	3.4419	-0.1207	0.1225	-0.2149	-0.0553	0.096	-0.1168	0.4342	-0.0377	-0.0019	0.1848	0.0116	0.0116	0.1482	-0.0139	0.1804	-48.0484	16.6043	16.6284
3	2.8596	1.4126	-1.1488	4.6582	-2.2654	5.5909	-0.2293	0.2372	-0.4677	-0.4988	0.0767	-0.5256	0.2976	0.3915	-0.0389	0.3838	0.0469	0.0875	0.3392	-0.0887	0.3128	-37.7887	13.9181	2.0606
4	3.0285	-0.009	-0.7184	0.6369	0.6276	3.1707	-0.0891	0.2229	-0.1736	-0.2416	0.0543	-0.1179	0.039	0.0942	-0.0209	0.3092	-0.0138	0.02	0.2405	-0.0207	0.1859	-49.5813	18.1589	4.1742
5	4.2985	-0.8563	-0.915	2.4789	-1.1507	2.5663	0.1122	0.7966	-0.0343	-0.1408	-0.0242	0.2316	0.2313	-0.4485	-0.0939	0.313	0.0238	0.0244	0.4305	-0.0763	0.2729	-53.9801	18.2421	-9.2362
6	5.6024	-1.0398	-0.5948	3.445	-0.724	3.4133	0.2877	1.2169	-0.0861	-0.6113	0.0052	0.1203	0.7643	-0.4454	-0.0486	0.5212	0.0974	-0.0389	0.7324	-0.0223	0.2786	-51.7545	17.5677	-17.9507
7	2.1716	-1.2675	-1.7666	5.3663	0.9773	3.8814	0.5168	1.4372	0.2382	-0.5799	-0.4155	-0.1324	0.1947	-0.1828	-0.0944	0.7031	0.2258	0.0628	1.0683	0.048	0.3518	-48.8105	20.0646	-23.5344
8	5.0082	1.1786	-1.2029	1.597	-0.4064	1.8968	0.1097	0.0774	0.4059	0.488	0.0786	0.3364	-0.5186	-0.6042	-0.1725	0.3546	0.1263	0.1137	0.3675	-0.0115	0.3378	-24.0984	17.044	-12.4075
9	1.2089	0.3637	-0.1926	2.3149	-0.0382	2.2386	0.0372	-0.0058	0.0433	0.1111	-0.025	0.2467	0.04	-0.2809	-0.0204	0.1317	0.0151	0.0237	0.198	0.0011	0.1807	-16.8869	3.8622	-18.0346
10	2.7989	1.2967	1.2877	4.0888	1.7502	5.0294	0.1647	-0.3288	0.2649	0.4668	-0.3427	0.5393	-0.1468	-0.5407	-0.0165	0.3035	-0.0044	0.1243	0.4184	-0.0369	0.2858	-24.7486	6.3813	-2.3759
11	1.5726	-0.6404	-0.5076	4.5418	0.2329	2.7173	0.0741	-0.1304	-0.0231	0.4082	-0.1287	0.2178	-0.0615	-0.1524	-0.0254	0.2651	-0.0255	0.0309	0.2707	0.0046	0.1569	-15.1447	-1.5757	-6.6151
12	3.4444	-1.4187	0.4784	3.7139	1.6495	3.1667	-0.2804	-0.2827	-0.1147	0.3569	0.3415	-0.0618	0.3816	0.0982	-0.0796	0.3294	0.0138	0.0832	0.3409	0.0002	0.2463	-13.6297	-4.4577	6.5667
13	3.1471	-0.5484	-0.4824	3.5104	1.29	3.0189	-0.199	-1.2569	0.0021	1.1015	0.4833	-0.1035	0.7293	-0.3238	-0.054	0.6642	0.2044	-0.0034	0.8162	-0.0027	0.3038	-14.3504	-2.3341	20.0815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 13:51 )	A	13 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 52:85 )	A	52 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 86:102 )	A	86 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 103:170 )	A	103 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 171:220 )	A	171 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 221:240 )	A	221 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 241:255 )	A	241 - 255
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 13:34 )	B	13 - 34
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 35:85 )	B	35 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 86:102 )	B	86 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 103:151 )	B	103 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 152:220 )	B	152 - 220
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 221:255 )	B	221 - 255

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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